module Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 !

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09/05/2011, 14h29
Philou67430

Ce n'est pas plus compliqué d'installer un logiciel "packagé" que sous Windows. Cependant, Sim4 semble seulement livré sous forme de sources pour Unix à compiler. Dans ce contexte, il est donc plus facile de l'installer sous Linux que sous Windows (bien suivre la procédure).
Si tu as des soucis, je pourrais éventuellement t'aider avec mon VirtualBox/Ubuntu.
09/05/2011, 14h41
Jasmine80

Voila, je l'ai installé sans problème. Comment faire pour indiquer le chemin vers mes fichiers?

Windows :

Code:

my $cdna_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa";

Avec VirtualBox sur un autre disque : D:\VirtualBox\ubuntu-vm

Quand sur VB j'ouvre la console, j'ai un raccourci 'minguet' vers mes documents, je dois donc mettre 'minguet/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa' ... mais quoi devant?

Je quitte le boulot à 15h00, je m'y remettrai demain.
09/05/2011, 14h54
Philou67430

Tu l'as installé sous Linux ?
Les raccourcis Gnome ne seront pas reconnus par perl. Il faut que tu indiques le chemin complet.

Edit : à moins que ce module soit utilisable dans ce cas : File::BaseDir
09/05/2011, 14h57
Jasmine80

Citation:

Envoyé par Philou67430

Tu l'as installé sous Linux ?
Les raccourcis Gnome ne seront pas reconnus par perl. Il faut que tu indiques le chemin complet.

Oui, je l'ai installé en passant par la console de VirtualBox. Quel chemin complet, à partir de quelle racine? Je n'ai jamais travaillé avec linux, je ne sais pas comment écrire un chemin. .
09/05/2011, 14h57
Philou67430

On verra demain donc ;)

script lancé avec l'éditeur scite dans VB

J'obtiens l'erreur :
setui/gid script is writable by world

est-ce à cause de

Code:

#!/usr/bin/perl

Code:

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4;
 
 
 
 
my $cdna_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa";
my $genomic_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/ref_DNA_sequences/p16.fa";
 
my $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$cdna_seq,-format=>"fasta");
 
my @est_seq=();
while(my $seq = $sio->next_seq){
	push @est_seq,$seq;
}
 
 
$factory->executable("C:/Sim4.exe");
 
my @exon_sets = $factory->align(\@est_seq,$genomic_seq);

Code:

$factory->executable("C:/Sim4.exe");

10/05/2011, 13h37
Philou67430

Jasmine, tu as laissé tes chemins Windows inchangés sous Linux ? Ca ne marchera pas ainsi, P: et C: n'étant pas reconnu sous Ubuntu.

Depuis ton virtualbox, as-tu accès aux chemins où tes fichiers d'entrées sont stockés ?
Par ailleurs, sous VB/Ubuntu, tu dois mettre dans

Code:

$factory->executable("C:/Sim4.exe");

le chemin où tu as compilé Sim4.
10/05/2011, 14h00
Jasmine80

merci pour ton aide

Citation:

Envoyé par Philou67430

Jasmine, tu as laissé tes chemins Windows inchangés sous Linux ? Ca ne marchera pas ainsi, P: et C: n'étant pas reconnu sous Ubuntu.

Je ne sais pas quoi mettre, d'où ma question d'hier Comment faire pour indiquer le chemin vers mes fichiers? Je n'ai jamais utilisé linux.

Citation:

Envoyé par Philou67430

Depuis ton virtualbox, as-tu accès aux chemins où tes fichiers d'entrées sont stockés ?

oui Quand sur VB j'ouvre la console, j'ai un raccourci 'minguet' vers mes documents, je dois donc mettre 'minguet/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa' ... mais quoi devant?
10/05/2011, 14h42
Philou67430

Ton raccourcis "minguet", il est dans le menu "raccourcis", entre le menu "Applications" et le menu "Systeme" ?
Si oui, passe la souris sur le raccourci "minguet" et note le chemin qui s'affiche. C'est ce chemin que tu dois ajouter devant Theorie/Driss...

Et quand est-il de sim4 ? comment l'as-tu installé ? As-tu corrigé le chemin de Sim4 ? (ne pas mettre le .exe sous Linux, il n'existe pas).
10/05/2011, 14h54
Jasmine80

Citation:

Envoyé par Philou67430

Ton raccourcis "minguet", il est dans le menu "raccourcis", entre le menu "Applications" et le menu "Systeme" ?
Si oui, passe la souris sur le raccourci "minguet" et note le chemin qui s'affiche. C'est ce chemin que tu dois ajouter devant Theorie/Driss...

Je vais y regarder ... je ne sais pas ce qui se passe, mais depuis hier, la VB plante, et se bloque, je dois quitter puis redémarrer VB. Je vais devoir appeler le service technique d'informatique.

Citation:

Envoyé par Philou67430

Et quand est-il de sim4 ? comment l'as-tu installé ? As-tu corrigé le chemin de Sim4 ? (ne pas mettre le .exe sous Linux, il n'existe pas).

J'ai été dans la console de VB, je me suis placée dans le répertoire 'windows' où j'avais télécharger Sim4 compressé et j'ai fait :

Citation:

Note: sim4 was written to work on a Unix (ANSI/POSIX standard) system. It may require a few modifications to compile and run on a different platform.

1. Download the gzipped tar file sim4.tar.gz. (If the name appears to be altered by the web browser used, rename the package sim4.tar.gz.)

# Unpack the downloaded files.

gunzip < sim4.tar.gz | tar -xvf -

# The tar file will unpack into a directory named sim4.[some-date]. (You'll see what the precise name is while tar is unpacking.) Make that directory current.

cd sim4.*

# Compile.

make

:ccool: sans aucun message d'erreur :mouarf: ça c'est rare chez moi

... j'ai peut-être fait une fausse manœuvre et c'est pour ça que ça plante, enfin, c'est ainsi qu'on apprend.
10/05/2011, 15h21
Philou67430

Pour Sim4: retourne depuis VB dans le répertoire où tu as lancé le make et fait :

Code:

cp sim4 ~

et dans ton script, remplace la ligne

Code:

$factory->executable("C:/Sim4.exe");

par

Code:

$factory->executable("$ENV{HOME}/sim4");

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