module Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 !

Bonjour,

J'essaie d'utiliser le module Sim4

Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 - Wrapper for Sim4 program that allows for alignment of cdna to genomic sequences

mais j'obtiens l'erreur :

Citation:

Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm line 282.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm line 290.

et un des fichier s'ouvre

Voici mon code :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4; my $cdna_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa"; my $genomic_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/ref_DNA_sequences/p16.fa"; my @params = (W=>15, K=>17, D=>10, N=>10,cdna_seq=>$cdna_seq, genomic_seq=>$genomic_seq); my $sim4 = Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4->new(@params); my @exon_sets = $sim4->align;
Merci beaucoup

Pour t'aider, il faudrait que tu fournisses les deux fichier .fa ... :aie:

Merci

$genomic_seq

Citation:

>genomic_p16
ATGTGATGTTTTGTTTTTAATTCTGTTTTCGTGGTGTATCACATATGTTAAATCATCCCTACATTCCTGG TATGAAACCCACTTGATCATGTCATGGTGGATTATTTTTTGATATGTTGTTGGATTCTGTTAGCTAGTAT TTTGTTAAGGATTTTAGCATCAATGCCCAACAAGGATATCAATCTGTAGTTTTTAAATGTGCTTTTCTGG ACCGGCACGGTGGCTAAGGCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGTCGAGGAGGGCGGACCACTTGAGGTC AGGAGTTCGAGATCAGCCTGGCCAAAATGGTGAAAATCCGTCTCTACTAAAAAGGTGTTGTGGCGGGCGC CTGTAATCTCAGCTACTGAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGCACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTG AGCCGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGAAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAGTTGTTTTCTGCTATTTCCTGAACTTTATTACGTAAATGAGACACGTGAGATCTGGAAGGA GGTGGAGGTGAAGACCCTCCCACCTGGCCTGCATCCAGAGTACTTGGGGTGTGGCACTGGCGTGGGCCCC AGGAAGGATCCCAGCCAGTTTTGGTGCTGGAGGCCCGGCCAAAGGAAGGGCTGCTCTCCCGTCCCGCGGG CTCCGAGGTCGCCGCACCCGGGCGCGCCTGGGCCTCGTCACCCGCGCTCGTGACGCGTGCTTACAAAGGA AACTTTTACAGGTTTCGGTGGGCAGGGCCTTTTATTGCCCTTCTGCTCCACAGCCCCCGTGCTTAATCGG TTGGTTGGGAGGTTTCTTTCGTCCGTGGTTTTGGAAAGTCCCCGCCTCCAAACCGCAGTCCCGCAGTCAG TTCTGCAGCCTCAGGGCCTCGAACAGCCATGCTTAGAATCCGTCCTTCTTTCCTGCTCCATCTACCCTTC CCCTCTGGCTTCTTTTTTTTCACTGGAGAAAGCCCACCCGAGTCTCTCAGCCTGCTTCGGAGGTTACTGC GGCCTCCTCCACGGGTAGTTCTGGGACCCGGGTCTAGTCCGCGGTTCCGGAGCAGGTCCCTCCCTGGAGT CGTCAGGCCCAGTATGCGTGTGCTCAGTGTGCTCGGGAAACACGCGTGGGCTTTAACAGCAGATCTCCAT AAAAGGGTCCCGGAGATAGCCTCTGCCTGGCCCGAGGCCCAGTGCCTCAAAGCGGACGCCTTTGCGCTCC CGGAGGTGCTCACACCACAGCGGAGCCTGCTGGCGAGTGGAGCGTAGGACTGCGAACCAGCAATCTCCCG AGAAGCGGCGAGGGGGAGGGGAATGTCTGTGAATCGGTTATCCCTCCCACCCCCAGCAGAAGTCGGGGAA ATGGGGGTGGAAGGGGGAAAAAGGGAGAGAACAGGAGTGGGGTTGAGGAAGGGTAAGGAGGAAGGTGAGC TTCCTACAGCTGCGGGGGAAGGTGGAGAAAATTTTCAGGGGGACAGCTGAGTGGTAGAGCTAGCGAGCTT CAGAGAAATGTTGACAGACAGATGCCCAGAAAGTGAGGATGCCGGGCATGGGCACTGCGTACCAGGCACA GGAGATATATGGAGGCAGGAAATTGGCACATCATAAGCATTTGACCATCCTGCCCTAAAACAAAACAAAT TGAACAACAACAACAACAAAAGATAATAGCAAAAGTGGCACAGTAGTGAGCTCGCAGGGCCCATTCCTAT ATAGAAACACAGAAAAATAAGCAAAAGCTGCCAGAATTGACTTCGTGGGAACTCTGGGAAACAGTAAGAA AGTTTTACAGCAACCAAGTGAGTGCTGAACCAAGGCAAAGGTAACTGAAACGCAATGATAGAGAAGAGGG GCAGGGAAGTGTTGGGTAGACAAAGGCGGGTCCCTGGTAAGGGCCCTCCCCTGGGCCTGTGCCCACTGGA CCTAGGTGAGGACAGGCACTCCTTCCTTCACGCCCAAATGTTGCATATCCCAAGACCACCCTGTCCCGCC ACGCCCCCATCCTTTGCCTATGAAAACCCTGAGACCCTAGCAGGCAGACACACAAGCGGCTCTATGTCCA GAGGAACTCATCGGAGGAACTGGACGTGGAGCGGGGCACCCCAGCGGAAGGGAGCACGCCAGTGGAAGAG CACACTGACAGACCATAGGAGTCAGTCTGTTATATTATCATAGTATAATATTATAAAATTATTATAATAC AATAAAAATATAAAAATATAAATAATGTAATAAATATGGATAAAAATAATAATTACATATTTATATTTAT ATGAGAACACTATGAATAATTTTAAGCCAAAAAACAACTCGATGTTCATCACTGGATGAGTAGACGAGCA ATTTCCAGTATATTCATACAATGGAATATGATTCAGCCATAAAATGAAATGAGGTACTGATACATGCTGC AGCAGGAATGAACCCCCAAAACACTACACTTGGTGAAAGAAGCCAGACACGGAAGGTCACATATTGTATG ATCCCATTTATAAGAAATATTCAGAATAGGTAAATCCATAGAGACAAAAGGAGTTTTGTAGTTGCCAGGA GTTGGAGGCAAGAAGAGTTTAACAGGTATGCTTAATGGGGCCTCCTATGCAGTTGACGAAAATGTTTTGG GCTAGATAGGAGTGATGGTTGCATAACATTGTACTAAATGCCACTGAATTCTACTCTTTAAAATTTTTAG TTTTATGTTATGTGGCGTGTACCCTAAAAAAAAAAATAGAGGTGCAGTGCTCCAGCACGGGATGAGGCAG CGTGGACAGGAGCATCTCCCAACCTCAGTGAAGTCTGAGCCGCGTGCCTGCAACAATCCCACTGTGGCAG AGAACCGCAGAGTTCCTTCCGGTTTGGCAGCAGTCATTCGCAACCTCACAGCCCTCTGGAACCCCAGCCT GGGGGTCTCAGAACGCCGAGGCGGGGACTGGGAGCCGAGTCGGATTCCGAGACTATGGGCCAGGGTTGGC TGGATTCAGTTACCTGGCTGAGGCCTGGTGAGCAAAATATCCCAAACCTCGCGTGATCTGGAAGGGGAAG CCGGATAAATACGGATCTCCAGATGTGCCAGTCTCGAGTCTATCGATATGAGGTCCCCCTAGAGTTTCTA TTCATCATTTTAACCGCATTTCATCGATCTTGAGACACGGCTTTTGATATTTTATCACCTCAAGATAAAT AGTGTTAGATGTCTAATAGCAGCGTTTTTCTAAGAGATACATGAAACAACAGTGTCAGAAACGATGCTGT CTTCCATGCGATGAAATTGTTGTAATAGGTGCTCAATAAATGTTGACAATAAATGAGTGAATGAATGAAA ATTATTTTATTTTTATTTGAGCTTTGGTTCTGCCATTTGCTAGCAGTGTGACTCAAGAGAAGCCAGTAAC CCCCCTGAGCTTCCCTAGTTCACAAAATGCTTGTCATGAAGTCGACAGCTTCCGGAGGCTGCGAGGCTCG CAAGAAATGCCCACATGAATGTGCGCTTAGGGCGTGAGTGCTCACTCCAGAAAACTCCAACACAGTGAAA AGGCAGAAGCGGTGTTTTTCTTTTTTACATTTTTATAAGAATATATAAAAAATGATATAAATGGACATTT ACGGTAGTGGGGGAAGGCATATATCTACGTTAAAAGGCAGGACATTTTTAAAAGCTCTATTTTCTAAATG AAAACTACGAAAGCGGGGTGGGTTGTGGCGGGGGCAGTTGTGGCCCTGTAGGACCTTCGGTGACTGATGA TCTAAGTTTCCCGAGGTTTCTCAGAGCCTCTCTGGTTCTTTCAATCGGGGATGTCTGCAGAGGGCAGAAA GAAAACAGGCGTTAGAAACCTGAGGTCAAAGATGTGTGGCACATCCCGCCCTCCTCTCTTGCCGTCCCTA CCGGCATTGAAATACTTATGGATAAAGTTCTCGCAATGGCTTCACGTGCATGTACCCGCCGCCACCGCTC TCCCACACCTCCCTGGTCCAGCAGCTAGTCCACTGCCCGCCTGGCTGCTCCAGGCGCGCCGACCGCTCAA GCGCTCCAGGTCCACCCGGCGGAGGGCAGAGAAAGCGCGACCGCGCGGCCCGCAGGGTTGCAAGAAGAAA ACGAGTGTTATATAATGAGTCTCAGTGGTTGCTCACAATGCCAGGCGCGAAGGCGTGAAGATGTGGCCTT TCCCTTCCCGCATCCCCAGGCATCTTTTGCACCTGGTGCGGAGTGAGCCAGCCAGCTTGCGATAACCAAA GGGCGCCTCAGGCTCTGGCGCTCCTCGGCGGAATCCCGTAGCTTCCCTACGCATGCCTGCTTCTACAAAC CCACAAATGGTTTCCGATCATTTCTGAAACAAAATGGATGCTCATTTATTCATGTGCTCTGGCTTCTGCC TTCCTCTCTAATCTCGTTGCGTATGGGCTCCAGCTCGCCGTTCGGTTCTCCCGAGGCAGCATTTACACTT GAGAGTCTCAAGATTATTTTATTCCTGAGGGAGCATTTGCACTTGAAAGTCTCTTTTTACGTTTATTCCT GAGGCAGCATTTGCACTTGAGTTTCTTTCTCCCGTAGCTTGCATTAGATTCTCCGACCACTCTTTAGCTT CTCCTCCTATTCACACTTCATATTTACCCATTGCATTGGTTTTATAAACTCGCTCTCTGAAAATAGATTG TTATCTTCCTTAACGTCTGTTTCCCAGGTCGGGCAAGATAGCTTGGGACTGTAATCCCAGTACTTTAGGA GGAGGAGGGGGGATGATCGCTTGAGCCCAGATAACATGGTGAGACCTTCGTCTCTATTAAACAAACAAAC AAACCCAGGCGTCGTGGCGTGCACCTGTGGTCCCAGCTAGTCGGGAGGCTCAGGTGGGAGAACCCCTTGA GCCAGGGAGTTTGAGGCTGCAGTGAGCTGTGATCGCGCCACTGCACTCCAGGTTGGGCAACAGATCGACT CTGTCTCCAAATGTAAACCCCATGAGGGCAAGACTCTTGTTTGGTCTCATTCACCTTGGCGTGCCCACCA CCTAGAACAGGGCTGATCACGCAGTAGAATCTAACCATATAATTAATTGTGCTTGAAGAGGGGGTGTTGG GGAGTAAGAGAAGGAAGGGAGGAGGGAAGAAATGAAAGACTTGTGTGTTTGGATTAAATATATTAGGTTT GGTTAAGAGTCGTTCAGTTTATTCATTTGCTTGTGGCCCAATTCAGTAGTTTTACTCCCTCTCCCACTTG GCTCCTCAGGCTTTTTGCTCAGCCCTGGAACCGCGCTGTAATTGGCAGCTCCTTCTAAATCGGGACCCGG ATGCTAGCTGTAACTGGAGCCGAAGTCTCCTTCTTCACCTCCCGGGACCTGGATGCTAGCTGTAACTGGA GGGAATTGGCGGGGGGGAGGGGAGGAGGGGCCGAGTAAAGAAGAACTTCGCGTCTTTAACTTCGAAGGTG ATTTTGCGTTCTGTATTTACAGCATCTCCAAGCAGAGGGCTTAGAGCTAACTCTTCACCCTGTCCTCCCC AGCTCCCCTATGGCCCAAGGAGCCCAATGCCCCCGTTCTGGGCCAAAATAAGATGGATTTCATAATCTTC AAGGTCATGTTTTACCTTAAATATTCGTGTTAATTCCCGTGTACTGTTTCATATATCTATTTTGTTTCAA AAAAAAATGTTCCTCCCCCCAGAAACAATTGAGTAATGTTGGCAGTTTCAGCAGACAGCTGTGGGAGTAG GGAACTGGGGCCATGGAATGGGGGCGGAGGGAGGATGCTTTGAGATCACAAAAAGGAAAGGCAAGGGCAA GGAGGACCATAATTCTACCTTCATCGCTCAGCGATCTCTTGCACAAGTTTAAGAGGGAAAGGAGCCAACT CCGGTGCACAGACTGCCAGGGTCAGCGAAGTCTTGGTCCTGATGTCCCCAGAACCCCCTGGGGCAGCTCT GGAAAACTCTACCGCATAAAGCGGAGGGTCAGATTAGCTGAGGAGGGTCAGATTAGTTGAGTTGTGCAGA AGAGCCGAGATCGAGAGATCTCCAGATGATGCCACGCACAATTGGGTTTGGAAATCCTGAGGTTGGTCCA GCCAGCTTGGTATGCAAATGAGGAAACAGACCTGGTAAGTGGATGCAACTGGCCCTAGTTTGGAGGAAGA GGGGGCACTAGACCTCTAGCCTCTTGAGTCTTCATTGCTCCGCAGTCTAGGCCTTGAACTAGCAGAGGGT AGGTGTTTGGGTGGTGGTATGCTTTGGGAAGTATAATGTACAAAATGGGCTTTCACGTGCGCAAGTCCAT TTCGGGATTATTTCCCATTTGCCGCCCTGGCGGGGCAGGGCGATAGGGAGACTCAGGCCGTCCCACCGAT TGGCGCGTGAGCTGAGGCAAGACCGGAGACTGGTCTCCCGGGCTGAACTTTCTGTGCTGGAAAATGAATG CTCTGAGCTTTGGAAGCTCTCAGGGTACAAATTCTCAGATCATCAGTCCTCACCTGAGGGACCTTCCGCG GCATCTATGCGGGCATGGTTACTGCCTCTGGTGCCCCCCGCAGCCGCGCGCAGGTACCGTGCGACATCGC GATGGCCCAGCTCCTCAGCCAGGTCCACGGGCAGACGGCCCCAGGCATCGCGCACGTCCAGCCGCGCCCC GGCCCGGTGCAGCACCACCAGCGTGTCCAGGAAGCCCTCCCGGGCAGCGTCGTGCACGGGTCGGGTGAGA GTGGCGGGGTCGGCGCAGTTGGGCTCCGCGCCGTGGAGCAGCAGCAGCTCCGCCACTCGGGCGCTGCCCA TCATCATGACCTGCCAGAGAGAACAGAATGGTCAGAGCCAGGGTGGGGGCCGGCATGACGGAAAGGAAGC TTGTGTAGAGCCCCCTCACCGCCAAGCAGACCCCCACACAAGCCCCAGGTGTCTAATTACCCCTACATTT GCTTCCAGTTTCCAATTTCCTTCTTGAGTTCTCTATCCATTCTTCAGTACACAATGAATTCCATTATATC CTCCGAACTTCTGCGGAGCTGTCGTCACAGGCAGAGAGCACTGTGAGGCACGGGCAAAATAGCAAAGGGG CAGGGACAGACTGACTTTTACTCCAGGCTAACTTCCTGTATTTCCCCTGAGATACAACTACTGAAATTTC TTCCTGAAATTATGTTAGGCCTGGAGATTTTTTTTTTTTTTTTTGTTCACTGCTGTATATCCAAGCGCAG AATGTGGTAATTGTTAAAAAGAGAAAACTTGTTTGTTTGTTAAAACAAATTCTCACAAAACTTTTAAGTT ACACTTAGCTTCTGGGAATGTTGAACTTCAATTTCTTTTTCATTATATTAGTTTTAAAATTATATATTGG GATAGTACAGTTGTATATATTTATGTGGTACAATATGAAGTTATGATCTTTGAACACAATGGGGAATTAT TAAGTCAAGCTAAGTAACCTATCCATCATCTCAAATATTTGACATTTTTGTCAAATGAGAGCATTTGGGA TTTACTATTTAGCTATATTCATCATGCTATGAAACACATCTCAAAAAAAACAATCAAACTTATTCCTCCC ATCTTAACTGAGGCTTTATATCTTGATTACCATCTCCCCATTCCTCCCACCCCCCAGCTCTAGTAACCAC CATTCTACTCTTTACTGCTAAGAATGTAATTGTTTTATATTTCACAGATAAGTGAGAACATGTGATATTT GTCTTTCTGTGTTTGGCTTATTTCATTTAGCATAATGCTCTCCAATTCCAAAACTTCAATTTCTTCAAGT ATAAAATAAGAAGGCTAGTTTAATTAACCCTAAAATTCCTTCCTGTGGTAGGCTGAATAATGCCCCCCCA CCCCCAATGTCTATGTCCTAATCCTCAAAAACTTTTAATACATTAACTTATGTGGCAAAAGAGGCTTTGC AGATGTGATTTAATTAATGGTCTTGAGGGAGATTATCCAGAATTTTCAGGGTGGGCCCAACATAACCCCA AGTGTTTTTATTAGAGGGTCACAGTCAGAGAGAAGATACAAGAATGGAAGCACAGGCCACAGAGAAAATA CAGAGACCATGAGCCAAGGAATTTGATGGTCACTAGAAGCTGGAAAAGACAAGGAAACAGATTGCCCCTT AGAGTTTCCAAAAGGAATGAAACCTTGTGGACCCATTTTTGACTTCTGATCTCTAGAACTGTAAAATAAT AATTTTGTGTTTGTTTTAGCTAACACATTTGTGATAATTTGTAACAGCAGCAGTAGGAAACTAAAACACT TCCCAGGTTTATGATTTGAGAGTTCATTAAACAAGAGATGGTCACCTCTTTGGTTCCTAAATCATCTTGG AAACAAAGCCATTTCCAGAGAGGAATTTTAAAATACTGTCTGCAGTCATAGCAACCTTAAAATTTGAGTG CTGCATGGTGGAAGTAGACAATTTATTTTAGGATAACTGTTATTTGTTATATTAGTTTGAGGATGGTGGT GTTAAAGAGGAGTTACTTATTTTTAGGTACATTTCATACTAAACACAAATTGCATAATTTGCCTAAATCA AGGAATTATACTAAATTATATTATGGTTATTAAATCCTGTCCTGAGAAAGTGAAACTGACTCAGTTTTCA AAGAGACAAAGAGAAAGTATAAGCAAACCAAATTGCAGCTACAAAAAGAAAGACAAAATGTTGCAGTATA TTTATTGTTTTGTGTATTCAATGAAGTCCTTCGTCTTGGTCATAAAACTAGCCTTAAAGGTTTTTCTTAT ATTTCATAGTATGAAAAATCTAAAAAGTAACCCATATGTAAATATTTAAATCATGATAGAAATCCAAAGC AAAAAGAAAATGAATCAATTGAATTAAAATGTGTAGGATGCTTAAACCCATTTGATAATATATCCATTTG ATAATATACTAATATGAATTTAGTACTTTAAAATGTTATATAAATAAATGTTCCTATATTAAACACCAAT GTAGTTAGGATTCTAAGCCAACATCATTTCCCCTTTTCTACATGTTCTTCTCCCGTCTCCATTAAAAATT GTCAAAACTATCCACTTTTCTTTTTCCTTTTTGTTTTTAAACAAATAAGGTCTCTTCTAAGATATTGTAG GACTACAAAGCCAAACTCCCGGGTTCAAGCTGTTGGCAAAATTTTAGAGATGCTAAGTTACCCATGTATT AATTACTTTTAAATCCTCCCCTAACTCCCTCACAAAACAGGAGTAGGGAGAGGAGAAACACCTCTGTTCA AAAATGAGGAATTGAAAACTCTTATCACAAATAAACTATATCAAGTAAGCTAAAGATAGTAAAAGAGCAA AAATGTTAGCAGATATTCCCAAAATGGTAACTACATATTACCTCTGGAATGATCACATGAATGTGGCTCA TTATTTCCTAAGTTCCTACAGCAAACATATATTTATTTGCCCTACTCAGTTAAAAATAAACACAATATGT AGTTGCTTCTGAATAATTTTTCTCTCTCTCTTTCTCTCTTTCTTTCTTTCGACAAAGTCTCACTCTGTCA CCCAGGCTGGAGTGAAGTGGCTCCATCTCGCTGTTCACTACAACCTCAGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTC TCCTGCCTCAACCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACCCCCGGCTACTTTTTGTATTT TTAGTAGAGGCGAGGTTTCACCTGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATTCCCCCCG CCTTGATCTCCCAAAGTGAAGGGATTACAAGGCGTGAGGCACCGCGCCCGGCCGCTTCTGAATAATTTCG ATCAAAATTTATATTCGATATTTATTCCAACATACACCACAGATTTCCACTGATAATCCCTCCTAGTAAG AAAGATAAGCTCCATCCAGGTATCTGTGAATTGGAGGCTAAGTAGTCCCAGCACATCTTACATTTCTTTA AGACTCCCTTTTTATCCCAAACGTTCGTAAATTTTGTATCTGATAAAGAGCATACTTCCATCTAATACAA ATATGTTCCCCCCTTCAGATCTTCTCAGCATTCGAGAGATCTGTACGCGCGTGGCTCCTCATTCCTCTTC CTTGGCTTCCCAAGCCCCCAGGGCGTCGCCAGGAGGAGGTCTGTGATTACAAACCCCTTCTGAAAACTCC CCAGGAAGCCTCCCCTTTTTCCGGAGAATCGAAGCGCTACCTGATTCCAATTCCCCTGCAAACTTCGTCC TCCAGAGTCGCCCGCCATCCCCTGCTCCCGCTGCAGACCCTCTACCCACCTGGATCGGCCTCCGACCGTA ACTATTCGGTGCGTTGGGCAGCGCCCCCGCCTCCAGCAGCGCCCGCACCTCCTCTACCCGACCCCGGGCC GCGGCCGTGGCCAGCCAGTCAGCCGAAGGCTCCATGCTGCTCCCCGCCGCCGGCTCCATGCTGCTCCCCG CCGCCCGCTGCCTGCTCTCCCCCTCTCCGCAGCCGCCGAGCGCACGCGGTCCGCCCCACCCTCTGGTGAC CAGCCAGCCCCTCCTCTTTCTTCCTCCGGTGCTGGCGGAAGAGCCCCCTCCGACCCTGTCCCTCAAATCC TCTGGAGGGACCGCGGTATCTTTCCAGGCAAGGGGACGCCGTGAGCGAGTGCTCGGAGGAGGTGCTATTA ACTCCGAGCACTTAGCGAATGTGGCACCCCTGAAGTCGCCCCAGGTTGGGTCTCCCCCGGGGGCACCAGC CGGAAGCAGCCCTCGCCAGAGCCAGCGTTGGCAAGGAAGGAGGACTGGGCTCCTCCCCACCTGCCCCCCA CACCGCCCTCCGGCCTCCCTGCTCCCAGCCGCGCTCCCCCGCCTGCCAGCAAAGGCGTGTTTGAGTGCGT TCACTCTGTTAAAAAGAAATCCGCCCCCGCCCCGTTTCCTTCCTCCGCGATACAACCTTCCTAACTGCCA AATTGAATCGGGGTGTTTGGTGTCATAGGGAAAGTATGGCTTCTTCTTTTAATCATAAGAAAAAGCAAAA CTATTCTTTCCTAGTTGTGAGAGCCCCACCGAGAATCGAAATCACCTGTACGACTAGAAAGTGTCCCCCT ACCCCCTCAACCCTTGATTTTCAGGAGCGCGGGGTTCACTAAGTCAGAAACCCTAGTTCAAAGGATTCCT TTTGGAGAGTCGGACTGCTCTCTCCTTCCCCTCCCCTTCCCCTCCTGCGTGTAAAACGGCTGTCTGGGGC AAGGGTTTCTCAGACGTGTACATTGCCTGGTATAAGAGCAGACTCTGAAAAGATGAGGTTTATTTAATAC GGACGGGGGAGAATTCTGCCTGTAGGCAGATAGGAAAATGGGGAGGGAGTCATTGGAAGGACGGACTCCA TTCTCAAAGTCATAATTCCTAGACCAGAAAAAGTGCTCAGTGTTCTAGAAGCAGAGTTGCACAGTGATCC AAAGACCAGCTTCAAATACTGTCCTGTCTCCTTCACACTTCTCACATTTCTCTTTCCTACTGAAAATACC TTGCATTTTTCGTAATTATAAAGGGGGAAGGGAATATGAGTGCCCCCTGCTTTATAGGGGTTGTTGTGAG TTTAAATGATGTATTAATACATATAAGCCTTAAGAACAGTGCCACACATCCTAAGCTAATACCTGTTAGC TCTTGAATTATCCGCTTTGAGGACTGGCTTGCAATCTTGTTTTGAGGCATAGAAAGAAAATGCTTTGGAG CAGGACGCGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGCCGAGGCGGGCAGATCACCTGAGGTC 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GCATTACTGTACCATTTATATTTTCCTCGGGGTACCTCTCAATTAGCTGTGTAGCAATGATAGGGAAAAT TCAAACTATCGATAAATAAAATTATTTTAGTTTAGTTTAAGATATTTTATGATGGAGGAGGAAGAAAGTG GTTGCCAGGATGGGAGGGAGGGAACACATTTCCATCACTAATACAATGGTTCTTTCTTTTTGTTTGTTTG TTTTGTGTGTTTTTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGAAATGGCACCGCACGATC TCTCTCGGTTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCGAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCT GGGATTACAGGCACATGCTGCCATACCCAGCTAATTTTTGTATTATTAGTAGAGACGGGGTTTCACTATG TTGGCTAGGCTTGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTAGCCTCCCAAAGTGCTGGGAT TACAGGCATGAGCCATCGTGCCCGGCCTACAGTGGTTCTTAATGGGGGTGGGAGAGTGGGAAGAGTAGGC TCCTTCAAGAGTCTGTTGAAATAAATACCTTCTTCTCAAAAAAGAAAGTAGGTAATGATTTTTTTTAAAA AAGATGTGTTCACTTGCACATGTATTTCTAGATAAAACTTTCAGTGAATTCAGGGATTTCTCTGAAACTC TACCATGGATTCCTACATCAAGAACTCTTTCAGCTCTTGTGAAAAATATATATAGCTATTGGTGAAGAAG ATGGGAGATGCAACCATATAAAAACAACATTTGGATGCATTATAAACAGGTGTAAAAGTTGACTGCTTTG GAAATACCAAGAACAAGTTTTAGATATGTATATCTCATATCTTGCAGTAGAGCTCTGGAAGGATTATGGC ATCCTTGGGTGGGGCCATTTTGCTCTAGAAATTGAAGTCCATTATCCATTATAAATCTTATGTAGGGGGG AGGGGGGAGGGATAGCATTAGGAGATATACCTAATGCTAAATGATGAGTTGATGGGTGCAGCACACCAAC ATGGCACATGTATACATATGTAACAAACCTGCACATTGTGCACATGTACTCTAAAACTTAAAGTATAAAT AATAATAAAATTAAAAAAATATTATGTAAATAATTAATAATAGTGGGAAAACTTTCCTAGTTTTTCTGTT AAAGAGCCCATTATACTCCCAGTTTACTCATACATATCGACCTGAGGTGCAAAATCCTAGAAGAATGAAA ATATAAAGTCCTGGATCTCTGTGCTCCTTATGCCAGTCTCAGATTTCCTATGTGCAAAATGGGATTATAA TATATTTCATGTGGCCATAAAATATGATAATGTATGTCCAAAAGCTTTTAATGTAAAAATTTACTACATT TACTAAATTTACTAAAGTTTGTTGGTTATTGTTATTATTATTCTCACACTTACTTTTCCTCTTTCCTGAG AATGCCATTCTTTTTTTAGATTTGCACTGCCTTTGCAGTTTTGAAAATTCTACACGTGAAATTTAAACCT GTCTTAATTCTGATCAGTCTTATAACAAAAAAAGACTACCACCTGTTCATTCATTCAACAAGCTCAGAAA CTAAGGGCAGACATGGGGTGGGGGCAGAGGGGAGTAGGTCAAACATAGTATCTCTACAGTCAGACTGCCA GGGTTCAAACCTCAACTGTTCCACTTATTGGTTCTTTAACTTTTATCAAAGTTACTCAACATGTCTGGGC CTCTGTTTTCTCATTTGCATGATTAGGATAATAACTGTACTTGCCTCAAACAGTTGTTTAGGGATTAAAT GAAGCATGTAACGCTCTTAGAAGAGCAAAATAAAGCACAGAATGATACAAGAAAATGAAAAGGTGACCAA ACTCATTCTCATTTGTCTCTAGTAGGCAAAGGCTTCCGGATGCTGAGAGCTGATCCCAGTCTTGAAGAAT 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TACGTGTATATATATATATACGTGTATATATATACGTGTATATATATATATACGTGTATATATATATATA CGTGTATATATATATATACGTGTATATATATATATACGTGTATATATATATATACGTGTATATATATATT TGCTTCTCTGGAGGAGGAAGGTGGTCTTGAACTGGGATGAGCTCTTGAGTGGAGCCTACAGTAATCATTT GAGGAGGGAAGACTGGGGTGATGCATTCTGATAAATGACACCTCACACTTGTGTTACCAGGAAAAAAAGA TTTCAGAGTCTGGAAAAGCTCCCATAATTAAAGAGAATTCCTTAGGAAGTAGCTTATGAGAGCGAGATAT ATGCCCTGTAATGGAGCTCCCAGGTACAGCTGTGTTAAGCCTTCATAGATGAGTTCTAGAATAGGATGTT GGGTGCAATAGATAATTATTTGAAGGCAAAGGCAATGGAGGAATAATTCCATGCATCCCTTTAATTTAGA AAAGCAATAATGTAAGGAAATTAGAGTCCCTGTCCTAGTTCTACCACCTACTTTGTTACCCTGAAAAAAT GACTTTTTTTTTTTTTTACTAGCTTCAATGTCTTGATCTACAAAACGGGTATAATCACAAACATGTAAAA ACAGATTGTGGTTTAGCCCCGAAGTGCCAAAGTGCTCCTGAAGCTGCCCCGGATAAAAATTCTGATAATC GAGTCCAATGTGGGTGGTAAGAGCATTTTAAACGGGAAAGAAACACTTTCTTAGGTAAATAATTGCAAGG TATTTAATTACTTATGTTCCACAAGGAAAAAAGATAGCTTCAGCATGAAAGGGAGACCTCTGAGAAAGTA GAGCAGACCTCCAAACAGATTTGCTAAGAAAAAACAATGTGTCCCTGGGAGTAGATCTCTAGAAGTTTCA AAACATTGGATGTTTCTTTCTCCCTTTTACTATTCTCTATTTAATTAAATTCAATATAGCACAATTATTT 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GCGTCTAAATTCTTGTTGGAGGACCTCGTTCCAGCTGCCAGTTAAGCCTCTGGGATCCGCAGCGTCTCTA GGAATTGAGAGAGTGGGGAAGTTAGGATCCAGGAGGAGGATGGTGGGGGCTGAGGAGTGGAGGAGCAGCG TGCATCTCATCTCTTGTCGCCGGGCGGGCGCTCTTTCGGGTCCAGGGCCCTTGCACCCCCAGCGTGGCTC CGGAGGCGGCGAGACCTGCCTGAAATTGATTGGAGGGGACTAGAGTGTGCTTGTGGGGTGGGGTAGTGGG GGCGGAGAGAAGAGATCCCAAGAAGGGCGCCAAGTGCTGTGACCAGAGGCCTAACACGAGGCACCTTGGA AACAGGTATAGCTACGGATTTATGGGTTTTAAAATGGAACGTCTTGGTGAATGGACATAGCGTGCATTTC ACAGTCTGACGTCACAGCCCTCGCAGGTTTTCCCAGACCTTAAAGCCACGTTCTCGTGTATGACACTTAA ACAACTCAGTTTCCTTGTCTTTCCTCCCTCCCTACCCATCTAAGGGTAGAGAAGCTCTTAGTTCATCCAC TGTGTAGGACTGTTACCGTGTGTCAAAGGCTTTGGAAATGTATATTTTACTGATGATGGTCATAGCACTT TGGAAAACTCAAAAGTGAAACGAAGAAAATAAATATCACCAAACTTTTTCCCAACCCCTCTCATCCTGCG GAAACCATTATAACTAATTTGGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAACTGTT TACTGTTTGGAATCTTGCTTTAAAAAAACCTGACTTTATAATGCAATCATTTAACAGTCTATGAAATATT CTTCAGATACCTGATGATCCAGAATGTAACTGTACCATAATTTAACACTTTATTGCTAGAATTTTATGCA GTTTTTGATTTCTTGCTACTACTTATCCATCTGTATTAATCTTTGTCAGAACCTTTCTTTCCTTAGGATG ATGCCTGAATATAAAATAGCTGAATGAAAGTGGATGGGTTCATTTTAAAATACAAAATTGTTTTTCTTGA TGGTGAAGTGTTTAAGAGGTGGATTAATCTCATTGGGCAACAAATAGAGAAGATATTAGTAGTTAGGTAT ATGAGAATCAGAATTCAGATAATTTGTCTTAAAAATTCATATTCAATGTAAAAATTTTATATTTAGAAAA TGAAACTGTACCCATTGTTTATATAACTTAAACTGCCAAAATAAAGCACCACAAAAACTTTTTATCACGT TGGTTTTTGTATCAGGCTGGGCTTTGCAGCAGATGGAGGAGCTAGGGCAAGCTTGTCCAACCTGTGGGCC CGAGGGTCACATGCAGCCCAGGATGGTTTTGAATGCTGCCCAACACAAATTCATACACTTTCTTAAAGTA TCATGAGTTTTTTTTTTTTTTTAAGCTCATCAGCTATTGTTAGTGTTAGTGTATTTAATGTGTGTCCCAA GACAATTCTTCTTCTTCCTATGTGGCCCAGGGAAGGTAAAAGATTGAACACCCCTGGCCTACAGTGTTCT ACTATGAAGTTTCAGTTTTAGTTCGGCCTAGAATGTTTTAGTACAGAAGGCAAGTGAGATTTTCTCTGTT TCTCCAAGGACTTTTGAAAAAGTGTAAAAGCACTGGGCCCACTGTTGAACCTTGCTATAAAAAAGTATTT TTGATACCATTTGTATCACTTTAGTAATAGGAGTTTTTCATATGTTGGGAAAATGGTTTAGCTTAACTCT ATCATGGTAGTTGATAGTGATGAACTAACGTGGAATAATAGATCTGTAAACCATCATAGACGGTAATAGG CTATGTTGTTGCTACCTTAGGATCATAATGGACTTTCTAAAATTCAAGAGTACTCAAAGAAGTAAAATGA ATATAAGTCTTGATTTCTGAAAGGGCTATGGTTCACTTGGAACACAATACAAACTGTGAATCATGTACAC ATGGGGAATAATGGTTTATACTAACTGCACAGTGCTTACCTTGAGAGGACTCTGTGCTATTAAAGAAAAA AATAACCTGAGCCTTCTGAAGTAGCTATAAACAAATGAATATTTAACTTCATAATAAAAATATGACTATT TTGTAAATGCACCAAGGTAGAAGTAACAAATCAACTATGGCAATTTTTCAGGTTTCTGTGGTTAAGAAAC TGGTAACGTGGAATTTTAGTATATGTATTTCCAATCATATAAAAATAAAAAGTCATAATAAACATATTTG CAGAAACTTAAAAAAAGTTAAAATAACATCTTATTTGCAATGATATTAAATAATTCATACAAGTAATTTT TAGCACTTGTGCCTCTCAAGGAATTGTATGAATCCTAACATAATTAGTATCCATATATATTCCCAAATCA ATATAGCCATGGGCATAAAATATATTAATGTGAAATATATAATTACATATCATTATAATTAACACCGCTA GATTTTATATTATGTATATCATTTTACATATGAAATTGGAAAATTGCATATATTTCAAGACATTCTATCC AAGCTGTGTTCTATCTTGAGAAACTTCCTGAAGATTGCGCTTTTCACATACGTCCTGAAAATTGATTTAT ACCTAAATAACAAAAAATGATCTATTTCAATGAACCTATCATTTAAATATTTTTGCATTTCATGCATATA CATTAACATACTATAAAATATTTTCTCTAACTTAAAATCACCACAATGTTATGTTTTATAGGCCTAAACT AAAAAATACATAATTATGGCATTTATATACATTGACATGTTCTACTTTGTTACTACAGATTTTCAGAGGC AACTTAATAATTTAAACAAAATGATTTTATATAGAATAATATTAACTAGAGTAATAAATATTTTTATATA GACAATAATATTAAGAACTATATTCATACAGTTACCGGTCACAGTGGCTAAACTTTTGCTGATACGGATA AACCACTGTTAAAAAAAACAACAACCAGGGTCTTGTCAATGTTTCAAAATGAATTAAAATCAAATCCAGC AACAGGCCCTGAAATCCTTTATAAGCTCCTTTGACTAAATTAAAAAAATTAACTTGCATAATATGAAAAG TAAAAAATAAAATGTGCATTTATCCTATAGATTATAAATTTTTGCTAATAGAAATTGAGACACTAAATTA AACACTGATAGTTTTAACAGGTTTATATTTCCATGTCAAAGAGACAATTAACATTGCAGTAAAAAAATAA TTACCCCTCCGCTGGCCTTTGCTTTTTGAAGCTATATATTCCTGGCGAAGCATACCACAAGGACGGTCAT AAAAGTGAAGCCTCATTAAATTACTTTTAGACTTATTACACAAGTTTTAATTAGCATTGTACATATTTTA ACTGTACATATATTCTTTCAGTTTTCCTGGTTATAGGAAATTACACTGGCTGTGTCAACATTTGTCAATG TGAGGACAAAACTACCTTGGATTCTGTTTTTCAAGAAGTAGGCCTCATTTTTAAACTGTGCTAACTGTCG TCTGAGATGACTAAAATACTATCAGTTGGGATTTCTCAGGAACAGTTCTACAGTTCTGTCGTTTGCTAAA CATACGAGCATTGTCCCGAGCAGTTTCAATCACTCAGGCCGCCGGACCTCTACCTCTAACTCACAAAGAA AGCCCATTTCCCTGTTGGCTGCAAAACTCCCCCAAGAAGCAAGTGCTTGCTCCTCGCAGCAGTAACTGAT CCTACGATCCTTGTTAGCATTTCAGGAAGTCGCTGCCTGCGTGCCCCGTATCTCACGGGTCCTCCACTCT CCTGGAAGGTGGGAGAGGGTGACCCCGCCGGGAGGCTGGGGAGAAAAAAGGCCGCCTCCAGAAAACTTAG ATGGTTAGCAATAATTCTCCCCAAGGAGAAAGAAAGTGTGCTTGAAATACACCTTTCCTACTGTGTGTGT 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CTAGCTACATCCGTCACCTGACACGGCCCTACCAGGAACAGCCGCGCTCCCGCGGATTCTGGTGCTGCTC GCGTCCCCGCTCCCCTATTCCCCTTATTTTATTCCTGGCTCCCCTCGTCGAAAGTCTTCCATTCTTCAAA CTAGATTATTTAAAAATGAAAAAGGAAGAAAGGAAAGCGAGGTCATCTCATTGCTCTATCCGCCAATCAG GAGGCTGAATGTCAGTTTTGAACTAAAAGCCGCTCCGCTCCTCTTCTAGATTTGGAAAACAAGCGAAATT AAACTAAACCGCTGCACGCCTCTGACGCGACATCTGGACACGGCGCGGCGCTGGCGCTGCCGGAGCTGTC GACCCGGCCTGGCGCCGGACTAGGTAGGTGGAGTCGCACCCGGGGGTCCCAGCTGGGTCCGGGCGCCCAT TCCCCTCCCAGCTGCCCGCGTCGCCGAGGGCGCCTGGCTGGGACAAGCACCGAGTCCTTTGTGTCTAGCC CATTTTTATTTTCGGTTTTAACCTTCACGACAGCCGCGGAGCATCTGAGCGCTTCTTCCTCTTTCCTCTT CCCCCGCGCTCCCCTCCCCTGCTGGCCGCTCCCCTCCTGTCGCCGCGTCCTCGCGTAGAATGGTTGTCTT GGCGACCGTTGGCCGCTGCCGCCTCCACGCTCTGCCCCGCGCCCAGACACCCCGACTCCCCTTGATCCCG CCGCCTGACTCCTCGGCGTACGTTCTCTCTCCGGTCTCCCCCTCCATGTCCCCTCCTCCCCTTTTCTTCC ACATCACCGATCCTTTCTGGACTCTCTCCCTTCCTCCTTTCCAGCTGGGAGACAGGAAAAGCGGTCCTGT TTGGGAACAGTAAAAGCAGGGCAAGGAAAGGAAGGAGCGGCAGAAAGGAGGGGTGAGTCGAGGACACAGG GGCAGCCGGAGAATGCGGAGGAGCCGGGTCCTGAGCGCGGTCTAAGCGAGGCTCGGCTCTCGTCCAGGAA CTCGGACGCGGGCTCGCCGGCTCTCCGCGCGCGGGAAGTCGAGCCCAGGACGCCGCCTTCAGGCCGGCGC GCTGACCCGGTGCCCCGACCCGGAGCCTGCGGTCTGCCTGGATCCGTCCTAAACCTCGCGGGCTGGACCC GCGGCCTGAGTGGGTGGGTGTGTGCCAGAGGATTCGGGACTAGGCCCAGCTCCGGGAACCTGGAAATGTG GCCCGCTTCTCAGTGGCTTCCTGTTCATGCGCTTGGGCCTAGTGGCCTAGTTGAAGAAGTGGAACCACAG CGTGAGCCGACAGGGCCTTACAGATCAGACGTCAAGCCCCCCAGACCTTACAGGGGAGGAAAGTGAGGCC TGCACTGGCCGAGCCACCCACTTAAGGCGGTGCGGTAGCCTAGAGGAGCGGCAGACTTCTCTTTCCCCAT CCCCCGCCCCATCACTTGACGTTGCTGCCGGACCTCGGTACAAACCCAAGACAAAACGGGGCCCTTTGGA AAAAGTGAGATTTAGCGATCACTCTTACGTAGCCACTCTAAATATCTATCTAGATATTTACAAATGCACC TCCCCGGTAGGTAGATTTCACTCAGAATTTACCCAACACCGTGCTTTGTGCTGGGGCCACATGCCACCTT TCTGTCTAGTATGGCTGCTCTTTCTCCCTCTTCGCAAATATAGCTCTTTTTCCTTCAGGTCTCTTCTGAA GTAAGTAGCCCTTCCTCAGAAATGCTTCCCTTTTCAGGCACCCTCATACCACCGTGATTTTTTTCTTTAT AGCACTTAGGACGAAGAGATTATTTTACTTATGTACTTGTTTACTTGTTTGTTGTGTAGAATGTCAGCTC TATGGGAACCAGATCCTTTTATGGGTCTTCCTCTGCACCTATGCCACGCCCCCAGCATTCCCCTCCTACC ACCACCTTCAGCCGGCCTCCGCCTCTGTAGGGGGGCATTAGGTTTTCTGTCCCACAGAGGAAGGGCGCTT TAGAAAGGGTTAGTTCATCCTGGAAGAAAAACGATGTCGGATGCCAGCATAGTGTCATTTAAAGATACTG GAGGAATGGAGTGGGAGCGGTGAGGGTTTCTTGGGCCTAGACAATGTAACTAGTTGTTGCAATAAAGCAT GGTGGGGAAAGGAGAAAAGGCACGTATTAAACATCTTTTGAAGTCGCTATCTATATCAGTCAGTTCTCCA GGGAAACAGAACCCATTGTGTGTGTGTGCGTGCCAGTACCACACATATGTATATGTATATACACACCGTC ATGGGGTTGCTTAACAACAGGGATACATTCTCAGACATGTATCTTTAGGCGATTTCATTGTTGTGCAAAC ATCATATACAAACCTAGGTGGTATAGTCTATTATACATCTAGGCTGTATGGTATGGGCTATTGCTCCTAG GCTGCAAACCTTTACAACATGTTACTATACTGAATACTGTAGATAATTGTAACAAAATGTAGTTTTATAT CTAAACACATCTAAACATAGAAAAGGTAGTATGTTGTGCTACAACTTTAGGACAGCTATGACATCACTAG GGGATAGGAATTTTTCACATCCATTATAATCTTATGGGACACCACCAATATGTGACTGTGGTTGACTGAA GCATCGTTATCCAGCACATGACTCTGTGTGTGTATACAATTTTATATATACGTACATTATATGTCTACAC ACACATATGTGGGGGAGAGAAAGAGAGGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAAGAGAGA AAATACTTATTTTAAGGAATTGTCTCAGAAAATGGTGGGGGTTGACAAATTGGAGACCCAGGGAAGAGTT GTTGTTGCAAGACTTGAATCCAAAGGCAATCTGGAAGCAGAATTTCTTCTTCCTTGAGGGACCTCAGTCA TTTCTCTTAAGCTCTTCAACTGCTTGGATGAGGACCACCCATATTATTGAGGATAATCTGCTTTTTCA

$cdna_seq

Citation:

>p16
CGAGGGCTGCTTCCGGCTGGTGCCCCCGGGGGAGACCCAACCTGGGGCGACTTCAGGGGT
GCCACATTCGCTAAGTGCTCGGAGTTAATAGCACCTCCTCCGAGCACTCGCTCACGGCGT
CCCCTTGCCTGGAAAGATACCGCGGTCCCTCCAGAGGATTTGAGGGACAGGGTCGGAGGG
GGCTCTTCCGCCAGCACCGGAGGAAGAAAGAGGAGGGGCTGGCTGGTCACCAGAGGGTGG
GGCGGACCGCGTGCGCTCGGCGGCTGCGGAGAGGGGGAGAGCAGGCAGCGGGCGGCGGGG
AGCAGCATGGAGCCGGCGGCGGGGAGCAGCATGGAGCCTTCGGCTGACTGGCTGGCCACG
GCCGCGGCCCGGGGTCGGGTAGAGGAGGTGCGGGCGCTGCTGGAGGCGGGGGCGCTGCCC
AACGCACCGAATAGTTACGGTCGGAGGCCGATCCAGGTCATGATGATGGGCAGCGCCCGA
GTGGCGGAGCTGCTGCTGCTCCACGGCGCGGAGCCCAACTGCGCCGACCCCGCCACTCTC
ACCCGACCCGTGCACGACGCTGCCCGGGAGGGCTTCCTGGACACGCTGGTGGTGCTGCAC
CGGGCCGGGGCGCGGCTGGACGTGCGCGATGCCTGGGGCCGTCTGCCCGTGGACCTGGCT
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GGCAGTAACCATGCCCGCATAGATGCCGCGGAAGGTCCCTCAGACATCCCCGATTGAAAG
AACCAGAGAGGCTCTGAGAAACCTCGGGAAACTTAGATCATCAGTCACCGAAGGTCCTAC
AGGGCCACAACTGCCCCCGCCACAACCCACCCCGCTTTCGTAGTTTTCATTTAGAAAATA
GAGCTTTTAAAAATGTCCTGCCTTTTAACGTAGATATATGCCTTCCCCCACTACCGTAAA
TGTCCATTTATATCATTTTTTATATATTCTTATAAAAATGTAAAAAAGAAAAACACCGCT
TCTGCCTTTTCACTGTGTTGGAGTTTTCTGGAGTGAGCACTCACGCCCTAAGCGCACATT
CATGTGGGCATTTCTTGCGAGCCTCGCAGCCTCCGGAAGCTGTCGACTTCATGACAAGCA
TTTTGTGAACTAGGGAAGCTCAGGGGGGTTACTGGCTTCTCTTGAGTCACACTGCTAGCA
AATGGCAGAACCAAAGCTCAAATAAAAATAAAATAATTTTCATTCATTCACTCAAAAAAA
AAAAAAA

J'ai du mal à comprendre, en insérant le texte de tes citations dans des fichiers .fa et en lançant, je m'appercois que Sim4 attends de ces fichiers qu'ils soient exécutables... ce qui échoue bien évidemment avec ces erreurs :

Code:

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$ perl sim4.pl
sh: cdna_p16.fa: command not found
 
------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: Sim4 call ( cdna_p16.fa genomic_p16.fa  A=0 W=15 K=17 D=10 N=10 > /tmp/oQfS81KEq9/TnBVxEEvbM) crashed: 32512
 
STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/lib/perl5/site_perl/5.10/Bio/Root/Root.pm:357
STACK: Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4::_run /usr/lib/perl5/site_perl/5.10/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm:296
STACK: Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4::align /usr/lib/perl5/site_perl/5.10/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm:260
STACK: sim4.pl:17
-----------------------------------------------------------

C'est étrange que nous ayons des erreurs différentes.

.fa c'est un fichier fasta, un fichier texte

Code:

$sio = Bio::SeqIO->new(-file=>"est.fa",-format=>"fasta");

C'est effectivement étrange... tu travailles dans quel environnement ?

Citation:

Envoyé par Philou67430

C'est effectivement étrange... tu travailles dans quel environnement ?

Windows XP

DOS/ActivePerl ou Cygwin/perl ?

Citation:

Envoyé par Philou67430

DOS/ActivePerl ou Cygwin/perl ?

DOS/ActivePerl

J'ai donc installé Bioperl (le bundle) et bioperl-run, mais lorsque je lance le script sous DOS/AP, il ne trouve pas le module Bio::SeqIO
Quel module faut-il installer ???

Merci beaucoup de faire tant d'efforts pour m'aider. Normalement BioSeqIO est dans le package BioPerl. Il faut bien indiquer 'use Bio::SeqIO;'. Je vais essayer de mon côté.

Voila, je viens d'installer bioperl, à la maison et Bio::SeqIO fonctionne, mais je suis sur Ubuntu. Au travail, ça fonctionne sur Windows. En conclusion, Bio::SeqIO est bien dans bioperl. Peut-être dois-tu utiliser la dernière version du module. Bonne soirée et merci.

Voici la documentation : Bio::SeqIO et aussi

J'ai installé le bundle bioperl 2.1.8 avec ppm (utilise bioperl 1.5.2), et perl ne me trouve pas Bio::SeqIO
Code:

1 2 3 D:\root\dev\DVP\Jasmine80>perl -MBio::SeqIO -e "1" Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (@INC contains: c:/perl/site/lib c:/perl/lib .). BEGIN failed--compilation aborted.
Après vérification, le répertoire c:\perl\site\lib\Bio ne contient pas SeqIO.pm
En conséquence, je suppose que l'installation de bioperl a partiellement échouée. J'essaye également d'installer bioperl 1.6.1.

Je pense essayer sur Ubuntu pour voir.

Les fichiers sont pourtant correctes, je les ouvre sans problème avec Bio::SeqIO mais avec Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4, ça ne va pas.

Philou, as-tu réussi a installer bioperl?

Après installation correcte, j'obtiens un problème similaire à celui que j'avais avec Cygwin : le script croit que cdna_p16.fa est un fichier exécutable et tente de lancer un programme windows pour le traiter (comme Windows n'as pas d'association avec les extensions .fa, il m'ouvre une fenêtre pour me demander de saisir un exécutable).

De quelle version de Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 disposes-tu ? Pour ma part, c'est la 1.006.001.

Peut-être avec le script :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 my $cdna_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa"; my $genomic_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/ref_DNA_sequences/p16.fa"; my $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$cdna_seq,-format=>"fasta"); my @est_seq=(); while(my $seq = $sio->next_seq){ push @est_seq,$seq; } $factory->executable("C:/Sim4.exe"); my @exon_sets = $factory->align(\@est_seq,$genomic_seq);
J'ai essayé d'installer l'exécutable Sim4 mais je n'y arrive pas : http://globin.cse.psu.edu/html/docs/sim4.html

Peut-être que Sim4 ne fonctionne pas sur Windows

Citation:

Envoyé par Jasmine80

Peut-être que Sim4 ne fonctionne pas sur Windows

Issus de la page d'installation :

Citation:

Note: sim4 was written to work on a Unix (ANSI/POSIX standard) system. It may require a few modifications to compile and run on a different platform.

Tu devrais essayer de faire tourner ton script sous Linux (par exemple, avec une machine virtuelle sous Windows, comme par exemple VirtualBox). Autre voie : utiliser Cygwin sous windows, et tenter de compiler Sim4 sur cette plateforme (je peux essayer).

Citation:

Envoyé par Philou67430

Tu devrais essayer de faire tourner ton script sous Linux (par exemple, avec une machine virtuelle sous Windows, comme par exemple VirtualBox). Autre voie : utiliser Cygwin sous windows, et tenter de compiler Sim4 sur cette plateforme (je peux essayer).

Merci pour ton aide. Je ne connais pas du tout Cygwin. VirtualBox est déjà installée sur mon PC, je vais essayer ... j'espère que ce n'est pas trop difficile d'installer un programme sur linux.

Ce n'est pas plus compliqué d'installer un logiciel "packagé" que sous Windows. Cependant, Sim4 semble seulement livré sous forme de sources pour Unix à compiler. Dans ce contexte, il est donc plus facile de l'installer sous Linux que sous Windows (bien suivre la procédure).
Si tu as des soucis, je pourrais éventuellement t'aider avec mon VirtualBox/Ubuntu.

Voila, je l'ai installé sans problème. Comment faire pour indiquer le chemin vers mes fichiers?

Windows :

Code:

my $cdna_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa";

Avec VirtualBox sur un autre disque : D:\VirtualBox\ubuntu-vm

Quand sur VB j'ouvre la console, j'ai un raccourci 'minguet' vers mes documents, je dois donc mettre 'minguet/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa' ... mais quoi devant?

Je quitte le boulot à 15h00, je m'y remettrai demain.

Tu l'as installé sous Linux ?
Les raccourcis Gnome ne seront pas reconnus par perl. Il faut que tu indiques le chemin complet.

Edit : à moins que ce module soit utilisable dans ce cas : File::BaseDir

Citation:

Envoyé par Philou67430

Tu l'as installé sous Linux ?
Les raccourcis Gnome ne seront pas reconnus par perl. Il faut que tu indiques le chemin complet.

Oui, je l'ai installé en passant par la console de VirtualBox. Quel chemin complet, à partir de quelle racine? Je n'ai jamais travaillé avec linux, je ne sais pas comment écrire un chemin. .

On verra demain donc ;)

script lancé avec l'éditeur scite dans VB

J'obtiens l'erreur :
setui/gid script is writable by world

est-ce à cause de

Code:

#!/usr/bin/perl

Code:

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4;
 
 
 
 
my $cdna_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa";
my $genomic_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/ref_DNA_sequences/p16.fa";
 
my $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$cdna_seq,-format=>"fasta");
 
my @est_seq=();
while(my $seq = $sio->next_seq){
	push @est_seq,$seq;
}
 
 
$factory->executable("C:/Sim4.exe");
 
my @exon_sets = $factory->align(\@est_seq,$genomic_seq);

Code:

$factory->executable("C:/Sim4.exe");

Jasmine, tu as laissé tes chemins Windows inchangés sous Linux ? Ca ne marchera pas ainsi, P: et C: n'étant pas reconnu sous Ubuntu.

Depuis ton virtualbox, as-tu accès aux chemins où tes fichiers d'entrées sont stockés ?
Par ailleurs, sous VB/Ubuntu, tu dois mettre dans

Code:

$factory->executable("C:/Sim4.exe");

le chemin où tu as compilé Sim4.

merci pour ton aide

Citation:

Envoyé par Philou67430

Jasmine, tu as laissé tes chemins Windows inchangés sous Linux ? Ca ne marchera pas ainsi, P: et C: n'étant pas reconnu sous Ubuntu.

Je ne sais pas quoi mettre, d'où ma question d'hier Comment faire pour indiquer le chemin vers mes fichiers? Je n'ai jamais utilisé linux.

Citation:

Envoyé par Philou67430

Depuis ton virtualbox, as-tu accès aux chemins où tes fichiers d'entrées sont stockés ?

oui Quand sur VB j'ouvre la console, j'ai un raccourci 'minguet' vers mes documents, je dois donc mettre 'minguet/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa' ... mais quoi devant?

Ton raccourcis "minguet", il est dans le menu "raccourcis", entre le menu "Applications" et le menu "Systeme" ?
Si oui, passe la souris sur le raccourci "minguet" et note le chemin qui s'affiche. C'est ce chemin que tu dois ajouter devant Theorie/Driss...

Et quand est-il de sim4 ? comment l'as-tu installé ? As-tu corrigé le chemin de Sim4 ? (ne pas mettre le .exe sous Linux, il n'existe pas).

Citation:

Envoyé par Philou67430

Ton raccourcis "minguet", il est dans le menu "raccourcis", entre le menu "Applications" et le menu "Systeme" ?
Si oui, passe la souris sur le raccourci "minguet" et note le chemin qui s'affiche. C'est ce chemin que tu dois ajouter devant Theorie/Driss...

Je vais y regarder ... je ne sais pas ce qui se passe, mais depuis hier, la VB plante, et se bloque, je dois quitter puis redémarrer VB. Je vais devoir appeler le service technique d'informatique.

Citation:

Envoyé par Philou67430

Et quand est-il de sim4 ? comment l'as-tu installé ? As-tu corrigé le chemin de Sim4 ? (ne pas mettre le .exe sous Linux, il n'existe pas).

J'ai été dans la console de VB, je me suis placée dans le répertoire 'windows' où j'avais télécharger Sim4 compressé et j'ai fait :

Citation:

Note: sim4 was written to work on a Unix (ANSI/POSIX standard) system. It may require a few modifications to compile and run on a different platform.

1. Download the gzipped tar file sim4.tar.gz. (If the name appears to be altered by the web browser used, rename the package sim4.tar.gz.)

# Unpack the downloaded files.

gunzip < sim4.tar.gz | tar -xvf -

# The tar file will unpack into a directory named sim4.[some-date]. (You'll see what the precise name is while tar is unpacking.) Make that directory current.

cd sim4.*

# Compile.

make

:ccool: sans aucun message d'erreur :mouarf: ça c'est rare chez moi

... j'ai peut-être fait une fausse manœuvre et c'est pour ça que ça plante, enfin, c'est ainsi qu'on apprend.

Pour Sim4: retourne depuis VB dans le répertoire où tu as lancé le make et fait :

Code:

cp sim4 ~

et dans ton script, remplace la ligne

Code:

$factory->executable("C:/Sim4.exe");

par

Code:

$factory->executable("$ENV{HOME}/sim4");