Conversion Data.Frame en Matrix

Bonjour à tous

Mon but final est de réaliser une analyse différentielle de l'expression de gène (microarray).
Pour cela j'utilise le package limma.

j'ai un tableau de données au format csv contenant 7 colonnes : la première colonnes est l'intitulé des gènes et le reste ne contient que des valeurs numériques.

J'importe ce tableau sous R via la commande read.csv :

Code:

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data <- read.csv(file = "normdata.csv", header = TRUE, sep = ";", quote= "'", dec = ".")

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Ensuite, je convertis le data.frame en matrix en faisant :

Code:

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toto <- as.matrix(tata, rownames.force = TRUE)

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Ensuite, je voudrais transformer toutes ces valeurs en log2, alors je fais :

Code:

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log2(toto)

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mais cela ne marche pas, j'ai une erreur du type :

Citation:

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Argument non numérique pour une fonction mathématique

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Le truc c'est que je voudrais indiquer qu'il faudrait effectuer le calcul à partir de la 2ème colonne, mais je ne sais pas comment on fait cela, et c'est là que j'ai besoin de votre aide.

Merci d'avance ;)

Il semblerait que soit dans ta matrice t'a des données non numérique ou bien tu a des chiffres inférieurs à 0 (à cause du log) . Donc faudrait déja verifier cela......
sinon si tu veux commencer à partir de la seconde colonne tu peux faire :

Code:

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log2(Mat[,2:10])

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En supposant que ta matrice s'appelle Mat et qu'elle est 10 colonnes !!!

J'ai déjà eu le cas,

Code:

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1 2	class(toto)

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doit te renvoyer list