script qui modifie header (ASCII) d'un fichier

Bonjour

Je ne connais que quelques bases en scripts shell linux (mais j'apprends vite...) et j'aurais besoin d'aide.

Je souhaite ecrire un script qui gere les headers d'images en format FITS.
Une image FITS est composee d'un header en format ASCII, suivi de l'image en format binaire. Le header contient plusieurs champs de 80 caracteres. Chaque champ contient un mot-cle suivi d'un contenu. Le dernier champ du header contient le mot-cle "END" : ensuite c'est l'image.

Je voudrais ecrire des scripts qui lorsqu'on leur donne un nom de fichier "image.fit", permettent de faire des operations diverses sur les mot-cles:
- par exemple, balayer tous les headers et s'arreter aux headers ayant le mot-cle "EXPOSURE" et remplacer "EXPOSURE" par "EXPTIME".
- ou alors renvoyer (avec l'instruction echo) le contenu du header ayant pour mot-cle "DATE-OBS"
etc

Est-ce c'est possible ?
De quelles instructions j'aurais besoin ?
Si vous pouviez m'orienter dans la bonne direction, et eventuellement me donner quelques bouts de code, je devrais pouvoir me debrouiller...

Merci pour votre aide :?

Si je veux remplacer la premiere occurrence de EXPOSURE par EXPTIME dans le header de l'image, ca a l'air de marcher

Code:

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$ sed -i 's/EXPOSURE/EXPTIME/' image.fit

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Maintenant, si je veux afficher le champ EXPTIME du header ? Il faut afficher les 80 caracteres qui commencent par EXPTIME, comment faire ?:?

Il faudrait savoir ce qui signale la fin du header. Ou est-il toujours de la même taille (les N premiers octets) ?.
Pour être le plus complet possible il faudrait:

1. séparer l'ensemble du header (selon le critère expliqué plus haut)
2. l'éditer
3. le recoller à l'image. (sans soucis dans *nix)

Le header est compose d'une successions de champs de 80 caracteres, qui sont comme ca:

Code:

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'MOT-CLE = valeur '

---

La fin du header est un champ de 80 caractere qui commence par 'END' suivi de 77 espaces:

Code:

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'END '

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Ce qu'il faudrait c'est un script qu'on appelle avec

Code:

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./print_header MOT-CLE

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qui renvoie:

Citation:

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MOT-CLE = valeur

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Ça ne me semble pas poser de problèmes.
J'aimerais faire l'essai avec un ou deux échantillons.
Les poster ou poster des URLs seraient une aide précieuse...

Voici un lien ou on peut telecharger une image FITS:
http://astrosurf.com/caron/mediane/test.fit

Voilà déjà de quoi lire l'entête (brut de décoffrage)

Code:

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1 2 3 4 5 6

#!/bin/bash while read -n80 L do [ "${L::3}" = "END" ] && break echo $L done <test.fit

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résultat :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

SIMPLE = T BITPIX = 16 NAXIS = 2 NAXIS1 = 736 NAXIS2 = 482 MIPS-HI = 5081 MIPS-LO = 4681 MIPS-X1 = 0 MIPS-Y1 = 0 MIPS-X2 = 0 MIPS-Y2 = 0 MIPS-BIX= 1 MIPS-BIY= 1 MIPS-CCD= 1 MIPS-FL = 0 MIPS-SX = 0 MIPS-SY = 0 MIPS-NOR= 0.000000 MIPS-CST= 0.000000 DATE-OBS= '2010-04-17T23:05:39' UT-START= '23:05:39' EXPTIME = 60.

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Visiblement les mots-clés font systématiquement 8 caractères. Est-ce une des contraintes du format ?

Et voici le script qui extrait la valeur souhaitée

Code:

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1 2 3 4 5 6

#!/bin/bash while read -n80 L do [ "${L::3}" = "END" ] && break [ "${L%% *}" = "$1" ] && echo $L done <test.fit

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Excellent, merci fransoo !! :D
Oui les mot-cles font toujours 8 caracteres, c'est le format qui veut ca.

Sinon je me demandais comment faire pour passer le fichier a examiner en paramètre ?
J'ai essayé avec

Code:

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1 2 3 4 5 6

#!/bin/bash while read -n80 L do [ "${L::3}" = "END" ] && break [ "${L%% *}" = "$1" ] && echo $L done <$2

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mais si j'ai plusieurs images et que je fais

Citation:

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get_header.sh NAXIS *.fit

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ca ne renvoie le header que de la premiere image. Comment faire pour balayer toutes les images, et puis aussi pour afficher le nom des fichiers ?

Ok. Essaye ça:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9

#!/bin/bash for File in $2 do while read -n80 L do [ "${L::3}" = "END" ] && break [ "${L%% *}" = "$1" ] && echo "$L dans $File" done <$File done

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Ca ne renvoie que le header pour le premier fichier...
(je suis dans un repertoire qui contient 20 fichiers .fit)

Citation:

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Envoyé par jejerome

Ca ne renvoie que le header pour le premier fichier...
(je suis dans un repertoire qui contient 20 fichiers .fit)

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Si on veut tous les fichiers .fit du répertoire courant alors c'est

Code:

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for File in *.fit

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Il ya un moyen de vérifier dans un terminal en tapant

Code:

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echo *.fit

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ça doit retourner la liste des fichiers séparés par espace. Donc attention à ce que leurs noms n'en contiennent pas !

Si je tape

Code:

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echo *.fit

---

dans un terminal, alors j'ai bien toute la liste des fichiers

Citation:

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ngc6781_10.fit ngc6781_11.fit ngc6781_12.fit ngc6781_13.fit ngc6781_14.fit ngc6781_15.fit ngc6781_16.fit ngc6781_17.fit ngc6781_18.fit ngc6781_19.fit ngc6781_1.fit ngc6781_20.fit ngc6781_2.fit ngc6781_3.fit ngc6781_4.fit ngc6781_5.fit ngc6781_6.fit ngc6781_7.fit ngc6781_8.fit ngc6781_9.fit

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Si je met

Code:

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for File in *.fit

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dans le script alors ca donne bien la réponse pour tous les fichiers. Mais c'est très lent, et j'ai l'impression que le script balaye les fichiers en entier sans s'arrêter au mot-clé 'END'. Chaque fichier fait 774 ko, alors que l'en tête est très court donc ca devrait être rapide...

Enfin, mon problème c'est que je ne peux pas utiliser

Code:

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for File in $2

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et passer "*.fit" en second paramètre. Alors j'ai le résultat seulement pour le premier fichier ngc6781_10.fit... Si j'ajoute

Code:

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echo $2

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au script ca n'affiche que

Citation:

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ngc6781_10.fit

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Est-ce que c'est normal ?

On va y arriver... merci pour toutes ces réponses!! :)

Bon, après test je confirme que le script s'arrête bien au mot-clé 'END' (désolé d'avoir douté...:oops:)

Sinon je ne vois pas comment passer un nom de fichier *.fit au script...