install gbrowse et mac

Bonjour,

J'ai grandement besoin de votre aide:
Je suis nouvelle sous mac mais familiere (enfin c'est ce que je pretends) du gbrowse.

Voici mon resultat de l'install gbrowse :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 *** Installing Generic-Genome-Browser *** Downloading http://easynews.dl.sourceforge.net/sourceforge/gmod/Generic-Genome-Browser-1.70.tar.gz... Unpacking gbrowse.tgz... Apache root directory (enter '' for none)? [/usr/local/apache] /Users/drula/scripts Apache conf directory? [/Users/drula/scripts/conf] Apache htdocs directory? [/Library/Webserver/Documents] Apache cgibin directory? [/Users/drula/scripts/cgi-bin] GBrowse root for static files? [gbrowse] ---------------------------------------------- File Paths CONF /Users/drula/scripts/conf HTDOCS /Library/Webserver/Documents CGIBIN /Users/drula/scripts/cgi-bin GBROWSE_ROOT gbrowse INSTALL_BASE LIB BIN YES PREFIX PACKAGE_DIR DO_XS 1 NONROOT SELINUX (Run perl Makefile.PL -h for help on changing) ----------------------------------------------
Comme vous le voyez j'ai un peu personnalise mon install ( du a l'architecture de mon projet) mais le repertoire /conf pointe vers /usr/local/apache/conf et pareil pour cgi-bin
Tout semble s'etre bien installe puisque je peux acceder a la page d'accueil via http://localhost/gbrowse.

Mon probleme est l'affichage de l'exemple yeast.
Voici ce que j'ai dans le error.log d'apache:
Code:

1 2 3 4 [Mon Oct 18 16:55:01 2010] [notice] Apache/2.2.14 (Unix) mod_ssl/2.2.14 OpenSSL/0.9.7l DAV/2 mod_perl/2.0.2 Perl/v5.8.8 configured -- resuming normal operations [Mon Oct 18 16:55:05 2010] [error] [client ::1] mkdir /Users///gbrowse: Permission denied at /Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level/Bio/Graphics/Browser.pm line 1707 [Mon Oct 18 16:55:05 2010] [error] [client ::1] Premature end of script headers: gbrowse
Avez vous une idee ? Le probleme vient de mon gbrowse_root: j'ai laisse par defaut gbrowse alors que me signifie ce

Code:

mkdir /Users///gbrowse

?

J'ai pense a parametrer mon httpd.conf aussi !

Merci beaucoup d'avance pour votre aide

Citation:

Envoyé par fripette

Avez vous une idee ? Le probleme vient de mon gbrowse_root: j'ai laisse par defaut gbrowse alors que me signifie ce

Code:

mkdir /Users///gbrowse

?

que les paramètres passés à une fonction de Bio/Graphics/Browser.pm ne sont pas corrects car la fonction cherche à créer un dossier-là où elle n'a pas les droits d'accès…
et que visiblement des paramètres sont laissés à blanc (les 3 / qui se suivent…) alors qu'ils ne devraient pas.
(Il faut peut-être aussi créé un compte utilisateur particulier… en plus de ce que vous avez fait jusqu'à présent)

Effectivement ta reponse simple est la bonne JeitEmgie: il faut bel et bien creer un utilisateur gbrowse dans le repertoire /Users/ (manip qu'on ne fait pas sous linux, sauf si je travaillais sur une version plus ancienne de gbrowse ?).

Il faut aussi rajouter un lien symbolique de /Users/gbrowse/tmp dans /Library/WebServer/Documets/gbrowse/tmp.