Limitation taille fichier en lecture?

Hello tous le monde, donc voila mon problème j'ai besoin de lire un fichier,
qui correspond a une BD de genes autant vous dire que c'est lourd très lourd...
(2.3Go) pour tout vous dire c'est le fichier suivant :
ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/genes/fasta/genes.pep

Donc bon je veux y aller par la methode classique :

Code:

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my $GeneFile = "genes.pep"; # Dans mon code j'utilise le path absolue   my $infh = new IO::File "<$GeneFile" or die "Can't read from file '$GeneFile': $!\n"; foreach my $line (<$infh>) { my $a = 0; }

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Seulement le problème c'est que ce code me fait planté mon pc !!! oui oui carrément planté en fait quand je fait un top je peux voir que la memoire utilisé par le programme augment très rapidement pui poufff mon pc galère totalement !!! plus de réponse de ca part je veux bien de l'aide car ce serait vraiment cool de pouvoir lire cette enorme fichier...

Une idée ?

Waohhh j'ai trouvé toute seule :)....

Code:

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my $GeneFile = "genes.pep"; # Dans mon code j'utilise le path absolue   my $infh = new IO::File "<$GeneFile" or die "Can't read from file '$GeneFile': $!\n"; while (my $line = <$infh>) { my $a = 0; }

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Et voila qui fonctionne, en fait avec le foreach perl cherche a prendre tous le fichier en memoire... du coup forcément ça plante... Ouff je suis vraiment contente :).

Le while a un deuxième avantage (kiss)cool :)
Lorsque tu souhaites savoir sur quelle numéro de ligne tu te trouves (pour afficher par exemple un message d'erreur), la variable $. contient la bonne valeur, alors qu'elle contient la dernière ligne dans tous les cas avec le foreach.
Ouf ! comme tu le dis.

Le souci ne venait pas du foreach en tant que tel..

Code:

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foreach my $line (<$infh>) { my $a = 0; }

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En fait, le fait d'écrire ainsi revient à écrire

Code:

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my @fichier = <$infh>; foreach my $line (@fichier) { my $a = 0; }

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Et du coup cette ligne

Code:

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my @fichier = <$infh>;

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met ton fichier en mémoire. D'où le plantage :mouarf:.

Merci pour la suite des explications ca me permet de clarifier les choses :).

Et le coup de la variable $_ risque egalement de mettre bien utile et m'eviteras de foutre un compteur a chaque fois :).

Euhhh en fait non il y a un truc que je pige toujours pas... du coup je fait comment pour savoir que je suis a la derniere ligne de mon fichier ? ... Y a t'il un truc.

Perl le saura :aie: et sortira du while.

Citation:

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Envoyé par loula427

Et le coup de la variable $_ risque egalement de mettre bien utile et m'eviteras de foutre un compteur a chaque fois :).

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Attention, si tu veux parler de la variable qui compte les lignes, ce n'est pas $_ mais $. (dollar point) 8O

Euhh oki je veux bien que perl le sais et qu'il sortira du while mon probleme et surtout que je veux le savoir car je fait un traitemet specifique pour la derniere ligne de mon fichier ...

Euh oups merci pour la correction Philou.

Dans ce cas, dans ta boucle while, tu peux tester la fin de fichier

Code:

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if (eof $infh) { # traitement de la dernière ligne }

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Parfait merci beaucoup je ne connaisais pas cette fonction en perl :).

Merci pour votre aide a tous les deux toujours aussi precieuse.