etendre scipy.ndimage avec une fonction C

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10/09/2010, 15h23
erictronic

etendre scipy.ndimage avec une fonction C

Bonjour,

J'essaie d'utiliser geometric_transform de scipy.ndimage avec une fonction de mapping écrite en C pour accélerer le code.

J'essaie avec l'example du tuto ( " Extending ndimage in C" (http://docs.scipy.org/doc/scipy/refe...age-ccallbacks) mais celui ci ne semble pas être correct (pb de compilation).

##############################################
static int
_shift_function(int *output_coordinates, double* input_coordinates,
int output_rank, int input_rank, void *callback_data)
{
int ii;
/* get the shift from the callback data pointer: */
double shift = *(double*)callback_data;
/* calculate the coordinates: */
for(ii = 0; ii < irank; ii++)
icoor[ii] = ocoor[ii] - shift;
/* return OK status: */
return 1;
}
##############################################

gcc example.c --shared -lpython -o example.so
Compile error :

example.c: In function ?_shift_function?:
example.c:12: error: ?irank? undeclared (first use in this function)
example.c:12: error: (Each undeclared identifier is reported only once
example.c:12: error: for each function it appears in.)
example.c:13: error: ?icoor? undeclared (first use in this function)
example.c:13: error: ?ocoor? undeclared (first use in this function)
*************************************************************

Je modifie le code pour que la compilation passe :

##############################################
static int
_shift_function(int *output_coordinates, double* input_coordinates,
int output_rank, int input_rank, void *callback_data)
{
int ii;
/* get the shift from the callback data pointer: */
double shift = *(double*)callback_data;
/* calculate the coordinates: */
for(ii = 0; ii < input_rank; ii++)
input_coordinates[ii] = output_coordinates[ii] - shift;
/* return OK status: */
return 1;
}
##############################################

Mais le résultat attendu n'est pas correct.

##############################################
a = np.arange(12.).reshape((4, 3))
fnc= example.shift_function(0.5)
print ndimage.geometric_transform(a, fnc)

array([[ 0., 0., 0.],
[ 0., 0., 0.],
[ 0., 0., 0.],
[ 0., 0., 0.]])

au lieu de :

[[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 1.3625 2.7375]
[ 0. 4.8125 6.1875]
[ 0. 8.2625 9.6375]]
##############################################

Une idée du problème...?
Merci d'avance

Eric
10/09/2010, 19h18
Matthieu Brucher

Il y a une balise pour le code ;)

Outre le fait qu'on ne voit pas tout le code, clairement, tu n'as pas appliqué l'appel qui va bien :

Code:

array = arange(12, shape=(4,3), type = numpy.float64)

Ok merci pour la balise ;)
Voilà le code donc copier coller avec correction des erreurs pour la compilation :

Code:

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52
53
 
#include <stdio.h>
#include <Python/Python.h>
 
static int 
_shift_function(int *output_coordinates, double* input_coordinates,
                int output_rank, int input_rank, void *callback_data)
{
    int ii; 
    /* get the shift from the callback data pointer: */ 
    double shift = *(double*)callback_data;
 
    /* calculate the coordinates: */ 
    for(ii = 0; ii < input_rank; ii++){
        input_coordinates[ii] = output_coordinates[ii] - shift; 
        }
    /* return OK status: */ 
    return 1;
}
 
static void 
_destructor(void* cobject, void *cdata) 
{
    if (cdata) 
        free(cdata);
}
 
static PyObject * 
py_shift_function(PyObject *obj, PyObject *args) 
{
    double shift = 0.0; 
    if (!PyArg_ParseTuple(args, "d", &shift)) {
        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError, "invalid parameters");
        return NULL; 
    } 
    else {
    /* assign the shift to a dynamically allocated location: */
    double *cdata = (double*)malloc(sizeof(double)); 
    *cdata = shift; 
    /* wrap function and callback_data in a CObject: */ 
    return PyCObject_FromVoidPtrAndDesc(_shift_function, cdata,
                                        _destructor);
    }
}
 
static PyMethodDef methods[] = { 
    {"shift_function", (PyCFunction)py_shift_function, METH_VARARGS, ""}, 
    {NULL, NULL, 0, NULL}
};
 
void initexample(void) {
    Py_InitModule("example", methods);
}

Mais le résulat final n'est pas bon.
De plus,

Code:

1
2
 
array = arange(12, shape=(4,3), type = numpy.float64)

n'est pas une syntaxe correct de numpy...?

10/09/2010, 20h47
Matthieu Brucher

Oups, si tu as importé numpy, c'est :

Code:

array = numpy.arange(12, shape=(4,3), dtype = numpy.float64)

J'ai reporté le bug, comme tu as pu le constater, on verra les changements dans la doc.
10/09/2010, 21h00
erictronic

Oui merci. J'espère que ca réagira vite :)

Sinon même ce bout de code n'est pas correct :

Code:

array = numpy.arange(12, shape=(4,3), dtype = numpy.float64)

cf.

Code:

numpy.arange([start], stop[, step], dtype=None)

A moins que ce soit l'ancienne fonction de Numeric mais là je connais pas...
10/09/2010, 21h09
Matthieu Brucher

Ah, effectivement, le shape doit être placé dehors. On va dire que ça se sent que c'est le week-end !