Syntaxe lmer et interprétation

Bonjour,

ceci est ma première tentative de lmer, j'obtiens des résultats mais j'aurais besoin de confirmations et/ou corrections et conseils pour avancer.

Voici mon protocole :
lâcher de prédateurs dans une serre sur deux proies différentes, à des ratios proie/ prédateur différents, dans un design split plot. Comptage 2 fois par semaines des différentes espèces sur toutes les plantes de chaque bloc.

Concrètement, voilà la structure de mes données pour une espèce (Dsite = Traitement; Seance = Date, nTu variable de comptage)

Code:

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1 2 3 4 5 6

$ Dsite : factor 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... $ Block : factor 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 ... $ Plant : factor 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 ... $ Seance: factor 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... $ nTu : int 0 0 0 0 9 0 0 0 3 0 ...

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Comme il y a des mesures appariées, je fais un lmer. Après avoir un peu douté sur la syntaxe, et surtout sur la façon d'écrire les facteurs aléatoires aucun tuto didactique !), voilà ce qui est sorti

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28

lmer0 <- lmer(nTu ~ Dsite + Seance + (1|Plant:Block), data = data.nTu, family = poisson)   Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: nTu ~ Dsite + Seance + (1 | Plant:Block) Data: data.nTu AIC BIC logLik deviance 91701 91723 -45845 91691 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. Plant:Block (Intercept) 0.14976 0.38699 Number of obs: 720, groups: Plant:Block, 60   Fixed effects: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) 3.823755 0.087188 43.86 < 2e-16 *** Dsite2 -1.427753 0.122846 -11.62 < 2e-16 *** Dsite3 -0.746078 0.122667 -6.08 1.19e-09 *** Seance 0.193441 0.001111 174.07 < 2e-16 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1   Correlation of Fixed Effects: (Intr) Dsite2 Dsite3 Dsite2 -0.701 Dsite3 -0.702 0.498 Seance -0.110 0.000 0.000

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Ceci est simplement pour une des trois variables à tester, mais si la syntaxe est bonne, je comprends ici que mes Dsite 2 et 3 (traitements) sont corrélés et que leur effet est significatif, et que bien évidemment le nombre de bestiole évolue au cours du temps.

Mes questions :
1. Que pensez-vous de la syntaxe ? Surtout pour les effets aléatoires dont je ne suis pas sûr.
2. Que pensez vous des sorties et de mon analyse ?
3. On m'a dit de faire une analyse des contrastes pour faire ressortir également l'effet Dsite1 (que l'on ne voit pas ici), mais Kézako et comment ça marche ?
3. Quels sorties supplémentaires pourraient m'être utiles à partir du lmer ?

Merci beaucoup d'avance.

Maxime