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| function V = spm_vol(P)
%définition d'une structure de volume
if nargin==0, % nombre d'arguments données
V = struct('fname', {},...
'dim', {},...
'dt', {},...
'pinfo', {},...
'mat', {},...
'n', {},...
'descrip', {},...
'private',{});
return;
end;
% If is already a vol structure then just return;
if isstruct(P), V = P; return; end; %on vérifie que P est bien une structure de volume et V prends P
V = subfunc2(P); % le but de cette fonction est d'avoir la taille de V
return;
%_______________________________________________________________________
%_______________________________________________________________________
function V = subfunc2(P)
if iscell(P), % si p est un vecteur de cellule
%alors:
V = cell(size(P)); %on cree un vecteur de cellule de la taille de P
for j=1:numel(P), % on va de 1 jusu'au nombre d'éléments se trouvant dans le vecteur P
if iscell(P{j}),%si l'élément choisi est une cellule
V{j} = subfunc2(P{j}); % alors on passe à l'autre itération, en refaisant appel à notre fonction
else
V{j} = subfunc1(P{j}); % sinon appel de la fonction 1
end;
end;
%sinon:
else
V = subfunc1(P);
end;
return;
%_______________________________________________________________________
%_______________________________________________________________________
function V = subfunc1(P) % p n'est pas un vecteur de cellule
if isempty(P), % si il est vide
V = []; % on alloue de la mémoire pour V
return;
end;
%on cherche à remplir le vecteur V
counter = 0;
for i=1:size(P,1),
v = subfunc(P(i,:));
[V(counter+1:counter+size(v, 2),1).fname] = deal('');
[V(counter+1:counter+size(v, 2),1).mat] = deal([0 0 0 0]);
[V(counter+1:counter+size(v, 2),1).mat] = deal(eye(4));
[V(counter+1:counter+size(v, 2),1).mat] = deal([1 0 0]');
if isempty(v),
hread_error_message(P(i,:));
error(['Can''t get volume information for ''' P(i,:) '''']);
end
f = fieldnames(v); %vecteur cellule des chaines de caractere des en tête de chaque colonne
for j=1:size(f,1) %pour chaque colonne, on lui donne l'en tête qui lui correspond
eval(['[V(counter+1:counter+size(v,2),1).' f{j} '] = deal(v.' f{j} ');']);
end
counter = counter + size(v,2);
end
return;
%_______________________________________________________________________
%_vérifier si le fichier exsiste et son extension____________________________________________________________________
function V = subfunc(p)
[pth,nam,ext,n1] = spm_fileparts(deblank(p));
p = fullfile(pth,[nam ext]);
n = str2num(n1);
if ~spm_existfile(p),
%existance_error_message(p);
error('File "%s" does not exist.', p);
end
switch ext,
case {'.nii','.NII'},
% Do nothing
case {'.img','.IMG'},
if ~spm_existfile(fullfile(pth,[nam '.hdr'])) && ~spm_existfile(fullfile(pth,[nam '.HDR'])),
%existance_error_message(fullfile(pth,[nam '.hdr'])),
error('File "%s" does not exist.', fullfile(pth,[nam '.hdr']));
end
case {'.hdr','.HDR'},
ext = '.img';
p = fullfile(pth,[nam ext]);
if ~spm_existfile(p),
%existance_error_message(p),
error('File "%s" does not exist.', p);
end
otherwise,
error('File "%s" is not of a recognised type.', p);
end
if isempty(n),
V = spm_vol_nifti(p);
else
V = spm_vol_nifti(p,n);
end;
if isempty(n) && length(V.private.dat.dim) > 3
V0(1) = V;
for i = 2:V.private.dat.dim(4)
V0(i) = spm_vol_nifti(p, i);
end
V = V0;
end
if ~isempty(V), return; end;
return;
%_______________________________________________________________________
%_______________________________________________________________________
function hread_error_message(q)
str = {...
'Error reading information on:',...
[' ',spm_str_manip(q,'k40d')],...
' ',...
'Please check that it is in the correct format.'};
spm('alert*',str,mfilename,sqrt(-1));
return;
%_______________________________________________________________________
%_______________________________________________________________________
function existance_error_message(q)
str = {...
'Unable to find file:',...
[' ',spm_str_manip(q,'k40d')],...
' ',...
'Please check that it exists.'};
spm('alert*',str,mfilename,sqrt(-1));
return; |
