1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
| public static void listegenescibles()
{
listlignespredictions = new ArrayList<String>();
listlignesmrna = new ArrayList<String>();
//lecture du fichier texte
try
{
InputStream iii = new FileInputStream(humanpredictions);
InputStreamReader jjj = new InputStreamReader(iii);
BufferedReader kr = new BufferedReader(jjj);
String ligne2=kr.readLine();
StyledDocument doc = genes.getStyledDocument();
MutableAttributeSet center = new SimpleAttributeSet();
StyleConstants.setAlignment(center, StyleConstants.ALIGN_CENTER);
doc.setParagraphAttributes(0, 0, center, true);
StringBuilder premligne = new StringBuilder(1000);
premligne.append("Gène - - - mRNA\n---------------------------------------\n");
ArrayList<String> listetest = new ArrayList<String>();
while ((ligne2=kr.readLine())!=null)
{
String[] tabdonneespredictions = ligne2.split("\t", 0);
tabdonneespredictions[4]=tabdonneespredictions[4].toLowerCase();
if (tabdonneespredictions[4].regionMatches(0, recherche, 0, longrecherche))
{
String occurence = tabdonneespredictions[2] +" - - - " +tabdonneespredictions[1] +"\n";
if (!listetest.contains(occurence))
{
listetest.add(occurence);
premligne.append(occurence);
}
}
}
listetest=null;
premligne.append("* * * * * * * * * * * * * * * * *");
kr.close();
genes.setText(premligne.toString()); // l'erreur s'affiche au niveau de cette ligne de code
}
catch (Exception e1)
{
System.out.println(e1.toString());
}
} |
