Contig séquences répétées

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19/05/2010, 15h40
Lénou63

Contig séquences répétées

Bonjour,

Comme indiqué dans le titre, je souhaiterais assembler des séquences répétées (unités de quelques 100aines de pb ~, répétées en tandem).

J'ai à disposition tout un jeu de séquences de yac que je voudrais "contiguer", et qui contiennent ce type d'information.

J'ai cherché des logiciels (CD-Hit, CAP3), mais qui ne m'ont pas permis de réaliser cet assemblage.

Existe-il des modules bioperl qui pourrait m'être utile, ou d'autres logiciels??

Toute aide sera la bienvenue!

Merci d'avance.
19/05/2010, 16h45
angioedema

je ne comprends pas vraiment ce que tu souhaites. Pourrais-tu mettre un exemple de ce que tu as et ce que tu désire comme résultat stp ? :)
20/05/2010, 08h46
Lénou63

1 pièce(s) jointe(s)

En fait, j'ai des données de séquençage qui correspondent à une zone contenant des séquences répétées(très peu de polymorphisme entre mes repeats), et il faudrait que je puisse réaliser un contig de cette zone, à partir des séquences que j'ai.

Mais le problème c'est que lorsque j'essaie d'assembler mes séquences, les logiciels que j'ai mentionné, m'empilent mes séquences au lieu de les mettre bout-à-bout.

Je n'ai mis qu'une petite partie de ce que j'obtiens en pièce jointe.
Et donc ce que je voudrais c'est pouvoir mettre bout à bout ce type de données.

Mais j'ai peut être une solution avec un autre logiciel qui pourrait prendre en compte ce type de données

En espérant avoir été plus claire...

Merci d'avance!
20/05/2010, 11h14
angioedema

serait-il possible que tu nous passes ce que tu donne à ton logiciel en entrée stp? et ce que tu souhaiterais obtenir.
D'après ce que j'ai compris tu aurais en entrée diverse sequences soit:
ATC..... Seq1
GTC..... Seq2
ect
et tu voudrais en sortie :
ATC.....Seq1GTC.....Seq2

Si c'est cela il suffit d'un petit bout de code Perl. Sinon explique en détail un peu comme ce que j'ai fait au-dessus stp.
25/05/2010, 08h32
Lénou63
Désolé pour le retard,

En entré, j'ai ce type de séuqneces
Code:

1 2 3 seq1 : ATGATGATGATGATGATGATGATGATGATG seq2 : ATGATGATGATGATGATGATGATGATGATG
Comme j'ai des séquences répétées(très peu de polymorphisme), j'obtiens ce genre de résultat
Code:

1 2 3 4 5 ATGATGATGCTGATGATGATGATGATGTTG ATGATGCTGATGATGATGATGATGATGATG ATGATGATGATGATGATGATGATGATGATG ATGATGATGATGATGATGATGATGATGATG
Alors que je voudrais cela :
Code:

1 2 3 4 ATGATGATGCTGATGATGATGATGATGTTG ATGCTGATGATGATGATGATGTTGATGATGATGATGATGGTG ATGATGATGTTGATGATGATGATGATGGTGATGATGATGATG
voila,
Merci pour votre aide!

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Liste des logiciels testés : cd-hit, cap3
Logiciel en cour d'essai : MIRA

si tu as PERL d'installer sur ta machine j'ai fait un programme qui marche bien.
Je ne sais pas non plus si tu as qq notions.

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
 
#/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Cwd;
 
my @tab;
my $i;
my $reponsebis = 0;
my $dossier_courant= getcwd(); #donne le chemin de là ou le prog est lancé
 
open (FILE, "$dossier_courant\\exemple.txt") || die "canot open file";#a la place de exemple mettre le nom du fichier en entrée 
open (FILERESULT, ">>$dossier_courant\\result5.txt") || die "cannot create fileresult";
 
print "Donner le nombre de bases\n";
my $reponse = <STDIN>;
chomp $reponse;
while (<FILE>)
{
	my $ligne = $_;
	chomp $ligne;
	if ($ligne =~ /^seq\d+\s+:\s+(\D+)/)#expression reguliere a revoir selon ton fichier entrée je l'ai mise selon l'exemple que tu m'as donné
	{
		my $impression = $1."\n";
		print "passe if\n";
		for ($i=0; $i<$reponsebis; $i++)
		{
			print "passe\n";
			push (@tab, " ");
		}
		push (@tab, $impression);
		$reponsebis = $reponsebis+$reponse;
		print "$reponse\n";
	}
}
 
foreach (@tab)
{
	print FILERESULT "$_";
}
 
close (FILE);
close (FILERESULT);

Donc voila en gros sa va te demander de combien tu veux décaler dans ton cas 6 selon ton exemple et sa te met un fichier resul5 en texte avec ce que tu souhaites.
Si tu as des question n'hésite pas ;)

25/05/2010, 15h33
Lénou63

Merci de me proposer des solutions, mais ce n'est pas exactement ce que je souhaite faire...

Dans mon cas, je dois réaliser un contig, basé sur des séquences répétées.
on sait que la région qui m'intéresse fait quelques 100aine de kb, mais mes résultats me donnent un contig de 2kb :cry:

Après renseignements, il apparaitrait que MIRA soit le logiciel le plus approprié, mais mes résultats ne sont pas convaincants, bien que je fasse varier pas mal de paramètres...
Sachant aussi que je suis entrain de me procurer la suite phred/phrap/consed pour la tester en parallèle.

Merci encore pour vos idées!!
31/05/2010, 15h26
Jasmine80

Bonjour,

J'ai 2 séquences, une forward et une reverse dont j'aimerais obtenir le contig. J'ai recherché les modules pouvant m'être utiles et j'ai trouvé Bio::Tools::Run::Phrap, Bio::Tools::Alignment::Consed et Bio::Tools::dpAlign mais je n'arrive pas à les utiliser. Les premiers pourraient te servir si tu utilises Phrap et Consed.