Problème avec le module Bio::Tools::Run::Phrap
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| #!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::Tools::Run::Phrap;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
my $s1 = 'AGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCT';
my $s2 = 'AGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGC';
my $seq1 = Bio::Seq->new(-id => 'E1', -seq => $s1);
my $seq2 = Bio::Seq->new(-id => 'E2', -seq => $s2);
my @seq = ($seq1, $seq2);
my $prun =Bio::Tools::Run::Phrap->new(arguments=>'-penalty -3 -minmatch 10');
my $assembly = $prun->run(\@seq); |
J'obtiens l'erreur :
Citation:
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Phrap.pm line 238.
Le processus ne peut pas acc‚der au fichier car ce fichier est utilis‚ par un autre processus.
------------- EXCEPTION -------------
MSG: Phrap call ( -penalty -3 -minmatch 10 D:\DOCUME~1\Minguet\LOCALS~1\Temp\QQYbSW36IS 1> D:\DOCUME~1\Minguet\LOCALS~1\Temp\gXwmoYvqrV\l9uWa0CM1d 2> /dev/null) crashed: 256
STACK Bio::Tools::Run::Phrap::_run C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Phrap.pm:241
STACK Bio::Tools::Run::Phrap::run C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Phrap.pm:202
STACK toplevel test.pl:22
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Lien vers le CPAN Bio::Tools::Run::Phrap - a wrapper for running Phrap
Avez-vous une solution? Merci.
