installation du module bioperl-ext

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17/05/2010, 10h27
Jasmine80

installation du module bioperl-ext

Bonjour,

J'aimerais de l'aide afin d'installer le module bioperl-ext.

Quand j'essaie ppm install bioperl-ext ou ppm install bioperl::ext, le module n'est pas trouvé car probablement n'est-il pas dans les bibliothèques. J'ai trouvé un endroit où le télécharger mais je ne sais pas comment faire à partir de la console (Windows XP) afin de directement l'installer. De plus, je ne suis pas certaine que ce lien fonctionne.

Merci pour votre aide.
31/05/2010, 15h09
Jasmine80

Voici le message d'erreur que j'obtiens quand j'essaie d'utiliser le module Bio::Tools::dpAlign

Citation:

The C-compiled engine for Smith Waterman alignments (Bio::Ext::Align) has not been installed.
Please install the bioperl-ext package

Je n'arrive pas à installer le package bioperl-ext. L'installation de Bio::Ext::Align serait-elle suffisante? Comment faire?

Merci,
31/05/2010, 17h26
djibril

Salut Jasmine, quelle version de bioperl utilises tu ?
01/06/2010, 08h13
Jasmine80

Citation:

Envoyé par djibril

Salut Jasmine, quelle version de bioperl utilises tu ?

1.5.2_100
01/06/2010, 09h22
djibril

Lit le message que je viens de poster dans le sous forum bioinformatique, mets à jour ta version de BioPerl.

Citation:

Envoyé par djibril

Lit le message que je viens de poster dans le sous forum bioinformatique, mets à jour ta version de BioPerl.

Voila, c'est fait mais j'obtiens toujours l'erreur

Citation:

The C-compiled engine for Smith Waterman alignments (Bio::Ext::Align) has not been installed.
Please install the bioperl-ext package

Avec le script

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#-------------------------------- dpAlign.pl
 
 
=h
 
Dynamic Programming approach is considered to be the most sensitive way to align 
two biological sequences. There are currently three major types of dynamic 
programming algorithms: Global Alignment, Local Alignment and Ends-free Alignment.
 
Ends-free Alignment
 
=cut
 
use strict;
use warnings;
 
 
use FileHandle;
use Bio::Tools::dpAlign;
use Bio::SeqIO;
use Bio::SimpleAlign;
use Bio::AlignIO;
use Bio::Matrix::IO;
 
 
my $s1 = 'GGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAATATTTTGAACTGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAA';
my $s2 = 'AGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGAAAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCA';
 
my $seq1 = Bio::SeqIO->new(-file => $s1, -format => 'fasta');
my $seq2 = Bio::SeqIO->new(-file => $s2, -format => 'fasta');
 
 
# create a dpAlign object
# to do global alignment, specify DPALIGN_GLOBAL_MILLER_MYERS
# to do local alignment, specify DPALIGN_LOCAL_MILLER_MYERS
# to do ends-free alignment, specify DPALIGN_ENDSFREE_MILLER_MYERS
$factory = new dpAlign(-match => 3,
	     -mismatch => -1,
	     -gap => 3,
	     -ext => 1,
	     -alg => Bio::Tools::dpAlign::DPALIGN_ENDSFREE_MILLER_MYERS
);
 
# actually do the alignment
$out = $factory->pairwise_alignment($seq1->next_seq, $seq2->next_seq);
$alnout = Bio::AlignIO->new(-format => 'fasta', -fh => \*STDOUT);
$alnout->write_aln($out);

J'ai essayé

ppm install bioperl-ext et ppm install bioperl::ext mais sans résultat. As-tu une idée du problème?

Merci,

02/06/2010, 09h05
Jasmine80

Apparemment le module bioperl-ext est présent dans la bibliothèque DIST sous le nom current-ext-stable (cf lien). Pourtant quand j'utilise l'interface Tk, alors que DIST est bien dans la liste des bibliothèques, je ne retrouve pas ce module. A quoi cela est-il dû?

Quelle commande de la console dos me permettrait de directement installer ce module disponible en fichier compressé sur http://bioperl.org/DIST/current-ext-stable.tar.gz?

Merci,
02/06/2010, 09h16
djibril

Le fichier current_ext_stable.tar.gz existant date de 2003, je doute qu'il soit à jour.
Donc je te déconseillerais de l'utiliser. C'est d'ailleurs peut etre pour ça que tu ne le vois pas dans ton ppm car les mainteneurs de bioperl ne l'ont pas mis dans le ppd.
02/06/2010, 09h50
Jasmine80

Citation:

Envoyé par djibril

Le fichier current_ext_stable.tar.gz existant date de 2003, je doute qu'il soit à jour.
Donc je te déconseillerais de l'utiliser. C'est d'ailleurs peut etre pour ça que tu ne le vois pas dans ton ppm car les mainteneurs de bioperl ne l'ont pas mis dans le ppd.

D'accord et merci d'avoir pris le temps de faire ces recherches.

Il y a aussi current_ext_unstable ... qui me semble encore plus dangereux à utiliser.

Citation:

The BioPerl modules are distributed as a tar file that expands into a standard perl CPAN distribution. Detailed installation directions can be found in the distribution INSTALL file. Installing on windows using ActiveState Perl is covered in the INSTALL.WIN file. We highly suggest reading the installation instructions on the BioPerl website:

http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl

Some BioPerl-related distributions such as Bio::Graphics, BioPerl-db, BioPerl-run, BioPerl-gui, corba-server, BioPerl-ext, BioPerl-pipeline, BioPerl-microarray and corba-client packages are installed separately from BioPerl. Please refer to their respective documentation for more information. Note that only the following are supported at this time with the current API:

BioPerl-db
BioPerl-network
BioPerl-run
BioPerl-pedigree
Bio::Graphics

Que signifie la dernière ligne avec API?
02/06/2010, 09h56
Jasmine80

En fait l'algorithme dont j'ai besoin est celui de Smith-Waterman qui a été développé en 1981 et qui se trouve dans bioperl-ext. Je ne pense pas qu'il ait besoin de mise à jour et une vieille version est toujours mieux que rien ... je peux toujours essayer et je verrai vite en un coup d'oeil si mes séquences ne sont pas alignées correctement.
02/06/2010, 10h49
Jasmine80

Je dois faire un alignement pairé 'End free-space '. Sur Wikipédia, il est indiqué que les 2 programmes permettant cela sont dpAlign de BioPerl, créé en 2003 comme tu l'as fait remarquer et Biostrings::pairwiseAlignment de BioConductor datant de 2008 qui est un module du langage R ... que me conseillerais-tu comme solution? Merci

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of...nment_software
02/06/2010, 14h49
Jasmine80

N'ayant trouver aucune autre solution, je vais essayer d'installer Bio::Ext::Align

Quand j'effectue dans la console dos la commande suivante :

Citation:

cpan> install Bio::Ext::Align

Que dois-je répondre aux questions :

Citation:

> Please tell us where your Staden io_lib "read" library is installed:
> [/usr/local/lib]
> Please tell us where your Staden io_lib "Read.h" header is installed:
> [/usr/local/include/io_lib]

Merci