Ontologies et l'API Protégé

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Salut,

Je dois utiliser l'api protégé pour réaliser une application d'utilisation des ontologies (l'alignement d'ontologies).

Le principe de mon projet est de charger deux ontologies à partir de mon disque local, puis l'algorithme doit extraire les concepts et les relation de la première ontologie sources et les comparer avec les concepts et les relation de la deuxième ontologie cible, et puis analyser ces concepts (le premier concept source avec tous les concept cibles, puis le deuxième avec tous le concepts cibles....etc). Malheureusement, la difficulté que je rencontre dans ce projet est d'extraire les concepts des ontologies. J'ai trouvé dans le guide de l'api de protégé que l'instruction qui charge l'ontologie à partir de disque local c'est :

Code:

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String uri = "file:///c:/Work/Projects/travel.owl";
OWLModel owlModel = ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(uri);

Mais pendent l'exécution du programme une erreur se produite comme suit :
http://img685.imageshack.us/img685/801/sanstitrevbb.png
Ensuite quand j'ajoute « throws Exception » à la méthode main l'erreur suivante se produit à la console:

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Code:

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CONFIG: Protege 3.0 Build 141, JVM 1.6.0_17-b04, memory=66M, Windows XP, encoding=UTF-8, language=fr, country=FR
WARNING: Plugins directory not found: C:\Documents and Settings\Abdellah\Mes documents\workspace\base\plugins -- PluginUtilities.getPluginsDir()
java.io.FileNotFoundException: C:\Documents and Settings\Abdellah\Mes documents\workspace\base\plugins\edu.stanford.smi.protegex.owl\ont-policy.rdf (Le chemin d'accès spécifié est introuvable)
at java.io.FileInputStream.open(Native Method)
at java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:106)
at java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:66)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.ui.jena.OntPolicy.loadOntPolicy(OntPolicy.java:132)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.ui.jena.OntPolicy.loadOntPolicy(OntPolicy.java:126)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.initCache(JenaLoader.java:1596)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.createOntModel(JenaLoader.java:272)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.init(JenaLoader.java:229)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.<init>(JenaLoader.java:141)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.loadFile(JenaLoader.java:1338)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaOWLModel.load(JenaOWLModel.java:180)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(ProtegeOWL.java:55)
at OWLAPIDemoApplication.main(OWLAPIDemoApplication.java:11)
[JenaOWLModel.initCache] Warning: java.io.FileNotFoundException: C:\Documents and Settings\Abdellah\Mes documents\workspace\base\plugins\edu.stanford.smi.protegex.owl\ont-policy.rdf (Le chemin d'accès spécifié est introuvable)
java.io.FileNotFoundException: C:\Documents and Settings\Abdellah\Mes documents\workspace\base\plugins\edu.stanford.smi.protegex.owl\ont-policy.rdf (Le chemin d'accès spécifié est introuvable)
at java.io.FileInputStream.open(Native Method)
at java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:106)
at java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:66)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.ui.jena.OntPolicy.loadOntPolicy(OntPolicy.java:132)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.ui.jena.OntPolicy.loadOntPolicy(OntPolicy.java:126)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.initCache(JenaLoader.java:1596)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.init(JenaLoader.java:233)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.<init>(JenaLoader.java:141)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.loadFile(JenaLoader.java:1338)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaOWLModel.load(JenaOWLModel.java:180)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(ProtegeOWL.java:55)
at OWLAPIDemoApplication.main(OWLAPIDemoApplication.java:11)
[JenaOWLModel.initCache] Warning: java.io.FileNotFoundException: C:\Documents and Settings\Abdellah\Mes documents\workspace\base\plugins\edu.stanford.smi.protegex.owl\ont-policy.rdf (Le chemin d'accès spécifié est introuvable)
Starting to load OWL stream at Sat May 01 21:59:26 CEST 2010
Exception in thread "main" java.net.MalformedURLException: unknown protocol: d
at java.net.URL.<init>(URL.java:574)
at java.net.URL.<init>(URL.java:464)
at java.net.URL.<init>(URL.java:413)
at com.hp.hpl.jena.ontology.impl.OntModelImpl.read(OntModelImpl.java:1999)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.<init>(JenaLoader.java:142)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.loadFile(JenaLoader.java:1338)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaOWLModel.load(JenaOWLModel.java:180)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(ProtegeOWL.java:55)
at OWLAPIDemoApplication.main(OWLAPIDemoApplication.java:11)
com.hp.hpl.jena.shared.JenaException: rethrew: java.net.MalformedURLException: unknown protocol: d
at com.hp.hpl.jena.ontology.impl.OntModelImpl.read(OntModelImpl.java:2010)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.<init>(JenaLoader.java:142)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.loadFile(JenaLoader.java:1338)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaOWLModel.load(JenaOWLModel.java:180)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(ProtegeOWL.java:55)
at OWLAPIDemoApplication.main(OWLAPIDemoApplication.java:11)
Caused by: java.net.MalformedURLException: unknown protocol: d
at java.net.URL.<init>(URL.java:574)
at java.net.URL.<init>(URL.java:464)
at java.net.URL.<init>(URL.java:413)
at com.hp.hpl.jena.ontology.impl.OntModelImpl.read(OntModelImpl.java:1999)
... 5 more

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http://img24.imageshack.us/img24/7577/sanstitreho.png

Aidez moi S'il vous plait pour résoudre ce problème.

01/05/2010, 10h05
Tommy31
Faut préfixer le path de ton fichier par le protocole file comme dans l'exemple, sinon ça marche pas :
Code:

1 2 file:///d:/local.owl
Voir http://protege.stanford.edu/plugins/.../guide.html#IO

Citation:

Envoyé par Tommy31

Faut préfixer le path de ton fichier par le protocole file comme dans l'exemple, sinon ça marche pas :

Code:

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file:///d:/local.owl

Voir http://protege.stanford.edu/plugins/.../guide.html#IO

j toujour un probleme:

Code:

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CONFIG: Protege 3.0 Build 141, JVM 1.6.0_17-b04, memory=66M, Windows XP, encoding=UTF-8, language=fr, country=FR
WARNING: Plugins directory not found: C:\Documents and Settings\Administrateur\Mes documents\workspace\java\plugins --PluginUtilities.getPluginsDir() 
Exception in thread "main" java.lang.NoSuchMethodError: org.apache.xerces.parsers.SAXParser.<init>(Lorg/apache/xerces/xni/parser/XMLParserConfiguration;)V
	at com.hp.hpl.jena.rdf.arp.impl.RDFXMLParser$MySAXParser.<init>(RDFXMLParser.java:55)
	at com.hp.hpl.jena.rdf.arp.impl.RDFXMLParser.create(RDFXMLParser.java:83)
	at com.hp.hpl.jena.rdf.arp.JenaReader.<init>(JenaReader.java:62)
	at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method)
	at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstructorAccessorImpl.java:39)
	at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingConstructorAccessorImpl.java:27)
	at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:513)
	at java.lang.Class.newInstance0(Class.java:355)
	at java.lang.Class.newInstance(Class.java:308)
	at com.hp.hpl.jena.rdf.model.impl.RDFReaderFImpl.getReader(RDFReaderFImpl.java:113)
	at com.hp.hpl.jena.rdf.model.impl.ModelCom.read(ModelCom.java:220)
	at com.hp.hpl.jena.ontology.OntDocumentManager.findMetadata(OntDocumentManager.java:895)
	at com.hp.hpl.jena.ontology.OntDocumentManager.initialiseMetadata(OntDocumentManager.java:853)
	at com.hp.hpl.jena.ontology.OntDocumentManager.<init>(OntDocumentManager.java:201)
	at com.hp.hpl.jena.ontology.OntDocumentManager.<init>(OntDocumentManager.java:183)
	at com.hp.hpl.jena.ontology.OntDocumentManager.<init>(OntDocumentManager.java:167)
	at com.hp.hpl.jena.ontology.OntDocumentManager.getInstance(OntDocumentManager.java:245)
	at com.hp.hpl.jena.ontology.OntModelSpec.getDocumentManager(OntModelSpec.java:340)
	at com.hp.hpl.jena.ontology.OntModelSpec.<init>(OntModelSpec.java:224)
	at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.createOntModel(JenaLoader.java:244)
	at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.init(JenaLoader.java:229)
	at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.<init>(JenaLoader.java:141)
	at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.loader.JenaLoader.loadFile(JenaLoader.java:1338)
	at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaOWLModel.load(JenaOWLModel.java:180)
	at edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(ProtegeOWL.java:55)
	at OWLAPIDemoApplication.main(OWLAPIDemoApplication.java:24)

Salut,
est ce que tu as avancé sur ton objectif d'origine qui était de comparer deux modèles ? Parmi les outils de protégé, j'utilise notamment l'api Jena qui me permet d'extraire correctement mes classes et propriétés pour l'utilisation. Par contre, tout comme toi, je dois en plus pouvoir comparer deux modèles pour en extraire les mises à jour (le deuxième model étant une mise à jour du premier). Je cherche donc à extraire ces mises à jour. Dans la doc de l'api Jena et plus précisement sur les infos de l'objet OntModel, on trouve la méthode difference dont le fonctionnement parait logique à la vue des méthodes union et intersection aussi disponibles.

Voulant tester son fonctionnement, j'ai ouvert deux fois le même modèle de la manière suivante ( avec comme ontologie ciblée les pizza ) :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 private final String pizza_url = "http://www.co-ode.org/ontologies/pizza/2005/05/16/pizza.owl"; private final OntModel m; private final OntModel m_modified; private final Model m_dif; public MyOWLReader() { m = ModelFactory.createOntologyModel(OntModelSpec.OWL_MEM, null); m_modified = ModelFactory.createOntologyModel(OntModelSpec.OWL_MEM, null); m.read(pizza_url); m_modified.read(pizza_url); m_dif = m.difference(m_modified); }
Le problème c'est qu'il m'en trouve des différences ! Dans le doute, j'ai copié le fichier pizza.owl et je l'ai hébergé sur un autre server en appelant deux urls différentes, mais pareil, il trouve des différences. Ultime test, j'ai comparé un modèle à lui même, et là, de façon logique, il ne me trouve aucune modification.

Code:

m_dif = m.difference(m);

Donc voila mon problème. Est ce que tu as utilisé les outils proposés dans l'api pour effectuer ta comparaison, ou est ce que tu as fait un algo toi même, correspondant précisément à ton modèle ?