graphiques avec perl

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23/04/2010, 15h10
Jasmine80

graphiques avec perl

Bonjour,

J'aimerais faire un simple graphique 2D en perl. J'ai donc une série de valeurs (x, y). Quels modules me conseillez-vous? J'avais pensé à un fichier de sortie excel, mais ça peu-être sous une autre forme.

Merci,
23/04/2010, 15h15
djibril

Le module GD
23/04/2010, 15h48
Jasmine80

Merci, je vais y regarder.

Que signifie :

Citation:

# make sure we are writing to a binary stream
binmode STDOUT;
23/04/2010, 15h52
djibril

Quand tu créeras ton image, il ne faudra pas oublier de faire

Code:

binmode $filehandle;

histoire de bien créer ton fichier binaire.

J'ai essayé de créer un graphique à partir du script du CPAN mais je n'arrive pas à écrire dans le fichier de sortie.

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD.pl
 
use strict;
use warnings;
 
use FileHandle;
 
# Interface to Gd Graphics Library
use GD;
 
 
# create a new image
my $filehandle = FileHandle->new(">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/test.jpg") or die;
# make sure we are writing to a binary stream
binmode $filehandle;
 
my $im = new GD::Image($filehandle);
 
 
# allocate some colors
my $white = $im->colorAllocate(255,255,255);
my $black = $im->colorAllocate(0,0,0);       
my $red = $im->colorAllocate(255,0,0);      
my $blue = $im->colorAllocate(0,0,255);
 
 
# make the background transparent and interlaced
$im->transparent($white);
$im->interlaced('true');
 
# Put a black frame around the picture
$im->rectangle(0,0,99,99,$black);
 
# Draw a blue oval
$im->arc(50,50,95,75,0,360,$blue);
 
# And fill it with red
$im->fill(50,50,$red);
 
 
# Convert the image to PNG and print it on standard output
print $im->png;

Comment faire afin de donner mes coordonnées (x,y) et pour y faire passer une droite de régression? Ce module le permet-il, ou doit-on le combiner à un autre?

Merci pour votre aide,

26/04/2010, 09h39
Jasmine80

Regression.pm - weighted linear regression package (line+plane fitting)

Ou qui parait plus simple :
Statistics::LineFit - Least squares line fit, weighted or unweighted

J'aimerais faire un premier graphique afin de voir l'aspect général en espérant que ce sera une droite mais ce sera plus probablement une courbe.

Citation:

Envoyé par Jasmine80

J'ai essayé de créer un graphique à partir du script du CPAN mais je n'arrive pas à écrire dans le fichier de sortie.

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD.pl
 
use strict;
use warnings;
 
use FileHandle;
 
# Interface to Gd Graphics Library
use GD;
 
 
# create a new image
my $filehandle = FileHandle->new(">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/test.jpg") or die;
# make sure we are writing to a binary stream
binmode $filehandle;
 
my $im = new GD::Image($filehandle);
 
 
# allocate some colors
my $white = $im->colorAllocate(255,255,255);
my $black = $im->colorAllocate(0,0,0);       
my $red = $im->colorAllocate(255,0,0);      
my $blue = $im->colorAllocate(0,0,255);
 
 
# make the background transparent and interlaced
$im->transparent($white);
$im->interlaced('true');
 
# Put a black frame around the picture
$im->rectangle(0,0,99,99,$black);
 
# Draw a blue oval
$im->arc(50,50,95,75,0,360,$blue);
 
# And fill it with red
$im->fill(50,50,$red);
 
 
# Convert the image to PNG and print it on standard output
print $im->png;

Comment faire afin de donner mes coordonnées (x,y) et pour y faire passer une droite de régression? Ce module le permet-il, ou doit-on le combiner à un autre?

Merci pour votre aide,

Lit bien la documentation.

Code:

my $im = new GD::Image($filehandle);

Dans le constructeur, tu ne dois pas mettre le filehandle, mais plutôt la dimension de ton image.

Ensuite :

Code:

print $im->png;

écrit sur la sortie standard, or tu souhaites écrire dans le fichier, donc ce sera

Code:

print {$filehandle} $im->jpeg;

Ce qui te donne au final :

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD.pl
 
use strict;
use warnings;
 
use FileHandle;
 
# Interface to Gd Graphics Library
use GD;
 
 
# create a new image
my $filehandle = FileHandle->new(">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/test.jpg") or die;
# make sure we are writing to a binary stream
binmode $filehandle;
 
my $im = new GD::Image(300,300);
 
 
# allocate some colors
my $white = $im->colorAllocate(255,255,255);
my $black = $im->colorAllocate(0,0,0);       
my $red = $im->colorAllocate(255,0,0);      
my $blue = $im->colorAllocate(0,0,255);
 
 
# make the background transparent and interlaced
$im->transparent($white);
$im->interlaced('true');
 
# Put a black frame around the picture
$im->rectangle(0,0,99,99,$black);
 
# Draw a blue oval
$im->arc(50,50,95,75,0,360,$blue);
 
# And fill it with red
$im->fill(50,50,$red);
 
 
# Convert the image to PNG and print it on standard output
print {$filehandle} $im->jpeg;

26/04/2010, 12h23
Jasmine80

Merci, cela fonctionne. Je vais essayer de voir comment placer mes points maintenant.

Voici le type de graphique que j'aimerais obtenir :

http://img41.imageshack.us/img41/397/graphrj.png

Voici mon code

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use Statistics::Lite qw(:all);
use GD::Graph::lines;
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my @data = ( 
    [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25],
    [12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23,  undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29,  undef, undef, undef, undef, 13.2, undef, 11.85, 11.45,11.14],
  );
 
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', 'A', 'T', 'C', 'T', 'G', 'C', 'C', 'G', 'C', 'T', 'G');
 
 
my $graph = GD::Graph::lines->new(600, 300);
 
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => 'Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage',
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;
 
 
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
open(IMG, '>P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap1_A1.jpg') or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

Comment ajouter une droite de régression? Calculer R2? Est-il possible d'associer sur le graphique une lettre à chaque point?

Merci,

Voici la dernière version du script : j'ai calculé l'équation de la droite et le R carré, comment l'afficher sur le graphique

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD_line.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use GD::Graph::lines;
use Statistics::LineFit;
 
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my $report = 1;
my $run = 'A1';
 
 
# recherche de l'équation de la droite
my $lineFit = Statistics::LineFit->new();
my @unic_val_position_x = (0, 1, 2, 4, 6, 7, 8, 10, 12, 16, 21, 23, 24, 25);
my @unic_val_y = (12.33, 13.53, 13.49, 14.22, 12.89, 13.04, 11.81, 11.23, 13.44, 13.29, 13.20, 11.85, 11.45, 11.14);
 
$lineFit->setData (\@unic_val_position_x, \@unic_val_y) or die "Invalid data";
my ($intercept, $slope) = $lineFit->coefficients();
my $rSquared = sprintf ( "%.3f",$lineFit->rSquared());
 
 
 
# valeurs des points mis sur le graphique
my @y_values_graph = (12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23, undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29, undef, undef, undef, undef, 13.20, undef, 11.85, 11.45, 11.14);
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
 
my @data = ( 
    [0..25],
    \@y_values_graph,
);
 
 
 
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
 
 
 
my $graph = GD::Graph::lines->new(650, 300);
 
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. $report $run : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;
 
$graph -> set(dclrs => ["dgreen"]);
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
if ($intercept >= 0){
	print "Y = $slope X +$intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
else {
	print "Y = $slope X $intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
 
 
open(IMG, ">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap${report}_$run.jpg") or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

Merci

Tu peux récupérer l'objet gd ainsi et ensuite dessiner ta ligne
Code:

1 2 3 my $gd_objet = $graph->gd(); my $noir = $gd_objet->colorAllocate(0,0,0); $gd_objet->line($x1,$y1,$x2,$y2,$noir)

Code:

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95
96
97
98
99
100
101
#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD_line.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use GD::Graph::lines;
use Statistics::LineFit;
 
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my $report = 1;
my $run = 'A1';
 
 
# recherche de l'équation de la droite
my $lineFit = Statistics::LineFit->new();
my @unic_val_position_x = (0, 1, 2, 4, 6, 7, 8, 10, 12, 16, 21, 23, 24, 25);
my @unic_val_y = (12.33, 13.53, 13.49, 14.22, 12.89, 13.04, 11.81, 11.23, 13.44, 13.29, 13.20, 11.85, 11.45, 11.14);
 
$lineFit->setData (\@unic_val_position_x, \@unic_val_y) or die "Invalid data";
my ($intercept, $slope) = $lineFit->coefficients();
my $rSquared = sprintf ( "%.3f",$lineFit->rSquared());
 
 
 
# valeurs des points mis sur le graphique
my @y_values_graph = (12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23, undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29, undef, undef, undef, undef, 13.20, undef, 11.85, 11.45, 11.14);
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
 
my @data = ( 
    [0..25],
    \@y_values_graph,
);
 
 
 
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
 
 
 
my $graph = GD::Graph::lines->new(650, 300);
 
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. $report $run : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;
 
$graph -> set(dclrs => ["dgreen"]);
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
if ($intercept >= 0){
	print "Y = $slope X +$intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
else {
	print "Y = $slope X $intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
 
# dessin de la droite sur le graphique
 
my $gd_objet = $graph->gd();
my $rouge = $gd_objet->colorAllocate(255,0,0);
 
my $x1 = 0;
my $y1 = $intercept;
my $x2 = 25;
my $y2 = $slope * 25 + $intercept;
 
$gd_objet->line($x1,$y1,$x2,$y2,$rouge);
 
open(IMG, ">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap${report}_$run.jpg") or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

La ligne se dessine dans le coin supérieur gauche du cadre, à gauche du titre, et en dehors de la zone du graphique. Vu que mon cadre est de GD::Graph::lines->new(650, 300), comment puis-je adapter la ligne?

Et n'y a-t-il pas moyen d'écrire une lettre à côté de chaque point sur le graph?

Merci pour ton aide.

10/05/2010, 08h44
Jasmine80
Problèmes résolus :

Citation:

Envoyé par Jasmine80

Et n'y a-t-il pas moyen d'écrire une lettre à côté de chaque point sur le graph?
Code:

1 2 3 4 5 6 my $data = GD::Graph::Data->new( [ [0..25], \@tag, ] );
Citation:

Envoyé par Jasmine80

j'ai calculé l'équation de la droite et le R carré, comment l'afficher sur le graphique

Code:

$graph->set_legend( ( 'données du pyroséquenceur', $equation ) );