Compilation à la volée

Bonjour,
Je dois effectuer une compilation à la volée.
J'ai regarder sur google et j'ai trouver comment compiler une fonction avec CodeDOM.

Mon problème c'est que moi j'ai tout un projet à compiler.
Ajout des références de mon application : pas de problème.

Mais après il faut passer un fichier qui contient le code source.
Si il y a plusieurs fichiers fait-on ?
Il y aurait la solution de tout réunir en un seul fichier mais ca me parait très fastidieux.

D'autre solution ?

Merci d'avance.

Désolé pour le double post.
Je vais rajouter quelques précisions pour orienter vos réponse car je n'ai peut être pas besoin de la compilation à la volée.

J'ai récupérer un projet open source http://sharpsnmplib.codeplex.com/.

Ce que je veux faire c'est rajouter des informations diverses à l'agent.
Pour cela, à partir d'un utilitaire que je développe, je complète mon agent avec les classes dont il a besoin.

Après il me reste plus qu'à ouvrir la solution est la compiler dans visual studio.

Le problème c'est que ce qui utilise l'agent modifié n'ont pas visual studio et n'ont pas la compétence pour compiler l'agent.

Donc il faut que je trouve un moyen pour compiler l'agent tout seul.

Merci de votre aide.
A bientôt