lecture de fichiers Blast
Bonjour à tous,
Quand j'effectue un blast sur une base de données locale via le module Bio::Tools::Run::StandAloneBlast, j'utilise le module Boulder::Blast afin d'analyser le contenu du fichier de sortie. Quand j'essaie d'analyser avec ce même module un fichier de résultat blast obtenu par le module Bio::Tools::Run::RemoteBlast, le fichier n'est pas reconnu. Il en va de même pour un fichier obtenu par la fonction bl2seq du module Bio::Tools::Run::StandAloneBlast.
Voici l'erreur que j'obtiens :
Citation:
Doesn't look like a BLAST stream to me - top line = '' at BOULDERBLAST_MC4R.pl line 47
P:/Theorie/YANN/MC4R/BLAST/test.txt
Voici à quoi ressemble le début d'un fichier que je n'arrive pas à lire avec le module Boulder::Blast et qui est obtenu par la fonction bl2seq du module blastallBio::Tools::Run::StandAloneBlast
Citation:
Query= A06_F1-11.ab1
(624 letters)
>gi|119508432|ref|NM_005912.2|
Length = 1438
Voici à quoi ressemble le début d'un fichier que j'arrive à lire avec le module Boulder::Blast et qui est obtenu par la fonction du blastall module Bio::Tools::Run::StandAloneBlast
Citation:
BLASTN 2.2.17 [Aug-19-2007]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= 1_ SSU05_0100_91767_92924
(843 letters)
Database: P:/Theorie/Driss/S473/Blastdb/IL1704db
1 sequences; 2,365,589 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
gi|13400022|gb|AE005176.1| Lactococcus lactis subsp. lactis Il14... 32 0.39
>gi|13400022|gb|AE005176.1| Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403,
complete genome
Length = 2365589
Avez-vous une idée de la façon de procéder afin de pouvoir utiliser le module Boulder::Blast sur un fichier obtenu pour un blast de 2 séquences (fonction bl2seq)?
Merci,
