memoire, variable et erreur de segmentation

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15/03/2010, 17h54
simastion

memoire, variable et erreur de segmentation

Bonjour à tous.

Voila, j'utilise ipython, et python 2.6.4 sous Ubuntu 9.10.
Je fais tourner un script (Biosig) qui permet de charger et afficher des signaux d'Electro Encepahalo Gram, et j'ai plusieurs problèmes.

1) Tout d'abord, je ne peut pas charger la totalité des données sinon, j'ai une erreur de mémoire de type :

Code:

MemoryError: Could not allocate memory for path

Est il possible de lancer ipython en lui allouant plus de mémoire que par défaut (comme cela est faisable avec eclipse par exemple) ?
Au passage, lors de ce bug, le script ne s'arrête pas, et ne reconnais pas le ctrl+c, du coup je suis obliger de sortir de ipython

2) Ensuite, j'ai un autre bug, si je lance 2 fois de suite mon script ("run testBiosig.py") avec un nombre de données qu'il est capable d'afficher, au deuxième coup, j'ai une erreur de segmentation (sans plus d'explication mais peut etre un lien avec mon 3).

3) une fois que mon script est fini d'exécuter, les variables créées sont encore en mémoire (vu avec la commande who), donc j'ai rajouté dans mon script à la fin un del de toute les variables (ce qui ne règle pas le problème 2).
Mais je voulais savoir si il existe une commande pour supprimer manuellement toute les variable d'un coup genre un "del all"...

Merci beaucoup !

PS : même si l'utilisation de ce script est du calcul scientifique, je pense que mes problèmes rentrent dans le cadre général d'où mon post dans cette section du forum.
Cependant, si les modérateurs estime qu'il n'y a pas sa place, je comprendrais.
16/03/2010, 12h44
Sve@r

Citation:

Envoyé par simastion

Voila, j'utilise ipython, et python 2.6.4 sous Ubuntu 9.10.
Je fais tourner un script (Biosig) qui permet de charger et afficher des signaux d'Electro Encepahalo Gram, et j'ai plusieurs problèmes.

1) Tout d'abord, je ne peut pas charger la totalité des données sinon, j'ai une erreur de mémoire de type :

Code:

MemoryError: Could not allocate memory for path

Est il possible de lancer ipython en lui allouant plus de mémoire que par défaut (comme cela est faisable avec eclipse par exemple) ?
Au passage, lors de ce bug, le script ne s'arrête pas, et ne reconnais pas le ctrl+c, du coup je suis obliger de sortir de ipython

Ben tu sais, Python comme tout langage a ses limites (qui dépendent surtout de ta config). Ma dernière appli gérait à un moment donné 20000 info et chacune d'elle générait des fils de recoupement pour pouvoir retrouver les infos selon certains critères (une sorte d'index en quelque sorte). Ca marchait mais ça en devenait hyper long (le temps de calcul se comptait en minutes).
J'ai tout déporté dans des tables temporaires sous une bdd Postgres avec des index associés. Le temps de calcul est descendu à 15 sec. Quand ça peut plus, ça peut plus !!!

Citation:

Envoyé par simastion

2) Ensuite, j'ai un autre bug, si je lance 2 fois de suite mon script ("run testBiosig.py") avec un nombre de données qu'il est capable d'afficher, au deuxième coup, j'ai une erreur de segmentation (sans plus d'explication mais peut etre un lien avec mon 3).

Ou avec le 1

Citation:

Envoyé par simastion

3) une fois que mon script est fini d'exécuter, les variables créées sont encore en mémoire (vu avec la commande who), donc j'ai rajouté dans mon script à la fin un del de toute les variables (ce qui ne règle pas le problème 2).
Mais je voulais savoir si il existe une commande pour supprimer manuellement toute les variable d'un coup genre un "del all"...

Incompréhensible. Déjà la commande "who" ne donne pas l'état de la mémoire mais la liste des utilisateurs connectés. De plus, quand un processus se termine, la mémoire associée au processus est totalement libérée.
De plus, faire un del d'une variable n'apporte rien si la variable est encore référencée. Mais pour répondre à ta question, il n'existe pas de "delall" car c'est théoriquement inutile. Tu peux toutefois demander au garbage collector (module "gc") de travailler plus souvent que ce qui est prévu à l'origine.
16/03/2010, 13h56
simastion

Merci des reponses.

Dans 3 jours je recois un nouvel ordi, ce qui devrait resoudre pas mal de probleme, si tout est lié a la memoire. Je vous tiendrais au courant.

Pour mon 3), la commande %who (j'ai oublié le pourcent ce qui a pu créer une ambiguité effectivement) est une commande "magique" de ipython qui liste les variables en mémoire pour la session courante et les variables et objets persistants.
Mais ca, a mon avis, ca veut juste dire que le script de biosig ne les libere pas a la fin de son execution, ce que j'ai corrigé

Pour le 2, je comprend pas pourquoi si il arrive a le lancer (et finir correctement) 1 fois, en vidant les variables en mémoire, il n'y arrive pas une deuxieme fois...
Et pourquoi il m'avertirait avec une erreur de segmentation et pas avec l'alerte du cas 1) ?