problème pour déployer un script python utilisant pybel / swig

Bonjour,

j'essaie de faire une exécutable contenant python, mon script python et les librairies utilisées afin de ne rien avoir à installer sur la machine de la personne qui voudra utiliser cette application.
J'ai réussi à faire marcher pyinstaller (je suis sous ubuntu) et cxfreeze mais dans les deux cas j'obtiens le même résultat. J'ai des erreurs à l'exécution. Je pense que c'est du au fait que le script python utilise pybel. Pybel utilise swig et je pense que swig pose problème.

Quelqu'un d'autre a eu ce genre de souci ? si oui, y a-t-il une solution ?

merci pour votre aide, toute idée est bienvenue pour résoudre ce problème :p

Jenny

Bonjour,


Je ne connais pas bien ces sujets mais en lisant ta question je me fais quelques réflexions:



- pourquoi, si tu pense que l’utilisation de SWIG dans le cadre de Pybel est à l’origine du problème, n’essaierais tu pas d’inclure directement les bibliothèques C/C++ dans le code Python via l’utilisation de la bibliothèque ctypes de Python ?

Je tire l’idée que tu veux importer des bibliothèques C/C++ de ceci:

Citation:

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...Pybel, a Python module that provides access to the OpenBabel C++ library from the Python programming language

http://www.journal.chemistrycentral.com/content/2/1/5

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- si cette inclusion directe de bibliothèques C/C++ est trop lourde, pourquoi ne pas court-circuiter Pybel et essayer d’utiliser toi-même directement SWIG dans ton code?

Quand je lis ce qui suit, je me dis que le problème n’est peut être pas dû à SWIG mais à la façon dont Pybel manipule SWIG en voulant en faire trop:

Citation:

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The SWIG bindings provide direct access from Python to the C++ objects and functions in the OpenBabel API (application programming interface). The purpose of the Pybel module is to wrap these bindings to present a more Pythonic interface to OpenBabel (Figure </content/2/1/5/figure/F1>). This extra level of abstraction is useful as Python programmers expect Python libraries to behave in certain ways that a C++ library does not. For example, in Python, attributes of an object are often directly accessed whereas in C++ it is typical to call Get/Set functions to access them. A C++ function returning a particular object might require a pointer to an empty object as a parameter, whereas the Python equivalent would not. Even something as simple as differences in the conventions for the case of letters used in variable and method names is a problem, as it makes it more likely for Python programmers to introduce bugs in their code

http://www.journal.chemistrycentral.com/content/2/1/5

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- enfin si utiliser toi-même directement SWIG est trop lourd aussi, je lis, toujours dans l’article cité, qu’il existe d’autres interfaces avec d’autres toolkits de chemoinformatique:

Citation:

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Several commercial cheminformatics toolkits have interfaces in Python: etc....

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Donc abandonner Pybel qui ne marche pas pour un autre , pourquoi pas ?