options (couleur) module clustalw

bonjour,

j'ai un script perl tout basique qui me donne en sortie un fichier texte avec les différentes séquences alligné. De celles ci il faut que j'en déduisent des amorces possible.
Je sais que sur clustal il est possible de définir une couleur par base. Seulement je n'arrive pas à trouver un équivalent à intégrer dans mon programme. Est ce que ce que je souhaite est possible? Existe-t-il une commande ou une option permettant de colorer chacune des bases?

merci de votre attention