création d'un fichier fasta via Bio::SeqIO

bonjour

voici mon problème :
je récupère des identifiants et les séquences associées dans une base de données.
J'ai besoin de formater ces informations sous la forme d'un fichier fasta.
En utilisant Bio::SeqIO de cette manière là :

Code:

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my $in = Bio::SeqIO-> new ( -file =>">$file", -format =>'fasta' ); $in-> write_seq($seq);

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le problème c'est que j'ai ceci et non pas d'objet séquence :

Code:

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foreach my $sequence (@tot_seq) { my $seq_id = $$sequence[1]; my $seq = $$sequence[2];     }

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ma question serait comment créer un objet séquence permettant l'utilisation des fonctions de Bio::SeqIO.

Ou bien comment à partir directement de l'identifiant et de la séquence créer un fichier multifasta.

Peut-être est-il possible également de faire une conversion à partir de ce format de fichier qui est facile d'obtenir ? ( j'ignore le nom de ce format, format brute peut-être ?)

Code:

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1 2	>Glyma2227s00200.1 EWIYILSVSGHFVLTNLLVKKMVETAKETGVQGRIVNVSSSIHGWFSGDAISYLALISRNKRHYDATRAYALSKLANVFHTKELSRRLQQMGANVTVNCVHPGIVRTRLTREREGLLTDLVFFLASKLLKTIPQVIKYNMK*

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merci par avance, de vos remarques et suggestions

j'ai résolu le problème.

Je poste la solution au cas ou pour quelqu'un qui aurait le même soucis que moi.

il suffit de créer un objet séquence avec le module Bio::Seq

Code:

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#creation d'un objet sequence my $obj_seq = Bio::Seq -> new (-seq => $seq, -id => $seq_textid,);   $in-> write_seq ($obj_seq);

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