Kernel 2d et exportation

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22/11/2009, 14h03
freetryall

Kernel 2d et exportation

Bonjour à tous,

Après de multiple essais et pas mal de recherche un peu de partout, j'en vient à votre aide pour terminer un travail.
Le principe de base étant de travailler sur des données 2d (ici deux concentrations d'éléments chimiques dans un roche!) et de remplacer quelques points (autour d'une dizaine) par un champ. En fait je veux calculer la densité de kernel de mes points, puis prendre uniquement le contour d'une certaine valeur et exporter le tout dans un fixhier texte afin de représenter ce champ dans un autre logiciel pour publier mes données.

J'ai un fixhier .txt avec deux colonnes x et y, donc un read.table classique me donne deux colonnes et en faisant attach, x s'appelle avec V1 et y s'appelle avec V2.
Ensuite je calcul kernel avec kde2d (avant j'ouvre la bibliothèque MASS) en faisant kde2d(V1,V2,n=50,lims=c(coordonnées dans lesquelles je veux travailler). A ce moment là j'obtient d'un fichier matrice 50*50 avec mes probabilité.

Jusqu'ici tout va bien. La suite c'est de tracer uniquement le contour qui vaut une valeur (typiquement 0.04). Avec R c'est facile puisqu'il suffit de faire contour sur cette valeur et j'ai bien mon plot.

Ainsi avec R ou autre chose (octave, si j'arrive à extraire en fichier.txt ma matrice de probabilité 50*50), je voudrais rechercher tous les points qui sont proches de ma valeur donnée (0.04) et noter leur coordonnées x,y dans un fichier que je pourrais exporter dans la suite.

Si vous avez quelques pistes, on pourrait voir ça.
Merci d'avance
Romain
22/11/2009, 14h29
TimoP

En fait, si j'ai bien compris, tu veux récupérer dans une matrice les valeurs qui sont proches de 0.04.

Soit tu fais quelque chose comme mat[(mat<0.05)&(mat>0.06)] qui va te donner des coordonnées, soit il faut passer par des méthodes plus sioux…

L'autre idée, ça peut être de faire des arrondis, genre round(valeur,2) et de récupérer ceux qui font exactement 0.04…

Pour l'export en txt : write(ta_matrice,file='matrice.txt')

Bonjour,

En faisant de simples tests logiques :

Code:

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> tmp <- matrix(abs(rnorm(16)), ncol=4)

> tmp
           [,1]       [,2]      [,3]      [,4]
[1,] 0.01845659 0.03620177 0.1745326 1.2104165
[2,] 0.92438177 0.75788304 1.1103549 0.8198298
[3,] 0.28511323 1.05110880 0.9309158 1.0082303
[4,] 0.53004117 1.69698528 0.3575489 0.7427624

> tmp > 0.035 & tmp < 0.045
      [,1]  [,2]  [,3]  [,4]
[1,] FALSE  TRUE FALSE FALSE
[2,] FALSE FALSE FALSE FALSE
[3,] FALSE FALSE FALSE FALSE
[4,] FALSE FALSE FALSE FALSE

Tu obtiens une matrice facilement exportable vers un fichier texte.

22/11/2009, 15h09
freetryall

Rebonjour et merci pour ces réponses rapides.

Alors on avance mais il y a un problème puisque ma matrice de densité est sous la forme $x (50 colonnes), $y (50 colonnes) qui contiennent les coordonnées dans ma base de concentration en élément chimique et $z (50*50) qui contient mes densités dans une grille adimensionnée.

Donc le principe et de faire un test sur $z, et si c'est TRUE, alors on renvoie les valeurs contenues dans $x et $y.

Par exemple dans ton exemple pitipoisson, j'aimerai que ça me renvoie [1,3] et surtout les valeurs correspondantes [$x de 1,y de 3] afin d'obtenir un final un fichier texte à deux colonnes x et y.
Comment assigner ça?
22/11/2009, 18h05
freetryall

ok, en travaillant avec ma_matrice$z, j'ai pu faire une test de logique. Du coup j'ai obtenu une matrice 50*50 avec des TRUE uniquement là où je veux (mon contour). Il ne me manque pas beaucoup, je veux juste obtenir les indices (V1 et V2) de tous mes TRUE...

Re,

Si ta matrice 50*50 peut avoir en nom des lignes et colonnes les coordonnées, tu peux faire

Code:

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> tmp <- matrix(abs(rnorm(16)), ncol=4) * 0.04
> 
> tmp
            [,1]        [,2]        [,3]        [,4]
[1,] 0.019338784 0.002881907 0.032011557 0.003149141
[2,] 0.044648931 0.027992813 0.049937299 0.025164931
[3,] 0.003797397 0.048093925 0.060285873 0.049143094
[4,] 0.038325938 0.009198378 0.008501078 0.036304599
> 
> colnames(tmp) <- as.character(seq(from=1, by=0.5, length=4))
> row.names(tmp) <- as.character(seq(from=40, by=0.5, length=4))
> 
> tmp2 <- as.data.frame(tmp > 0.035 & tmp < 0.045)
> 
> tmp2
         1   1.5     2   2.5
40   FALSE FALSE FALSE FALSE
40.5  TRUE FALSE FALSE FALSE
41   FALSE FALSE FALSE FALSE
41.5  TRUE FALSE FALSE  TRUE
> 
> reshape(tmp2,
+         ids=as.numeric(row.names(tmp2)), idvar="y",
+         times=as.numeric(colnames(tmp2)), timevar="x",
+         varying=list(colnames(tmp2)), v.names="result",
+         direction="long")
           x result    y
40.1     1.0  FALSE 40.0
40.5.1   1.0   TRUE 40.5
41.1     1.0  FALSE 41.0
41.5.1   1.0   TRUE 41.5
40.1.5   1.5  FALSE 40.0
40.5.1.5 1.5  FALSE 40.5
41.1.5   1.5  FALSE 41.0
41.5.1.5 1.5  FALSE 41.5
40.2     2.0  FALSE 40.0
40.5.2   2.0  FALSE 40.5
41.2     2.0  FALSE 41.0
41.5.2   2.0  FALSE 41.5
40.2.5   2.5  FALSE 40.0
40.5.2.5 2.5  FALSE 40.5
41.2.5   2.5  FALSE 41.0
41.5.2.5 2.5   TRUE 41.5

22/11/2009, 22h17
freetryall

Génial, je suis enfin arrivé à mes fins...!
merci beaucoup en tout cas, cette m'a aidée très précieuse.
Romain