Query coverage && Max identity

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18/11/2009, 18h27
Bioinfoe

Bonjour

Après une recherche sur blast, je dois récupérer le hit avec un query coverage=100 ET un max identity =100

j'effectue 2 recherche une sur NCBI et l'autre sur une BD locale avec bl2seq.

Est ce que c'est la même approche dans les 2 cas?
Quelqu'un aurai une idée de comment faire?

Merci

Je ne sais pas si il existe plus simple, mais je fais comme suit :

Code:

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while ( my $hit_bis = $result->next_hit ) {
	next unless ( $v > 0);
 
	while( my $hsp = $hit_bis->next_hsp ) {
 
		#---------------------------------------
		# voir Bio::Search::HSP::GenericHSP
		#---------------------------------------
 
		# Returns a SeqFeature representing the query in the HSP
		# Bio::SeqFeature::Similarity
		my $query = $hsp->query;
 
		# Returns a SeqFeature representing the hit in the HSP
		# Bio::SeqFeature::Similarity
		my $hit = $hsp->hit;
 
		my $query_start = $query->location->{'_start'};
		my $query_end = $query->location->{'_end'};
		my $query_length = $query_end - $query_start + 1;
		my $query_cover = ($query_length/$query_tot_length) * 100;						
 
		my $percentid = $hsp->percent_identity();
	}
}

Avec $query_tot_length étant la longueur de ta séquence passée au blast et $query_length la portion alignée.

Pour ce qui est de l'identité maximale, veux-tu dire pour un hit l'hsp avec l'identité maximale? Si oui, il te suffit de garder en mémoire la liste des pourcentages par hit et de prendre le plus haut.

23/11/2009, 17h14
Bioinfoe

en alignement local avec lb2seq, est-ce qu'on peut modulé l'alignement? autorisé des alignements non parfaits?

Mes séquences sont très petites (20 a 30 nucléotides), quand je blast contre mon génome il ne retrouve aucun alignement, ce qui n'est pas normal...
23/11/2009, 19h12
Beniou

Citation:

Envoyé par Bioinfoe

Mes séquences sont très petites (20 a 30 nucléotides), quand je blast contre mon génome il ne retrouve aucun alignement, ce qui n'est pas normal...

Précise un peu : il ne retrouve rien de significatif ou rien du tout ? Parce que 20-30 nucléotide contre un génome... La pvalue ne va pas être élevée vu que par chance tu peux retrouver facilement 20-30 nucléotide sur un génome entier (que ce soit procaryote ou eucaryote).

Quel longueur de mot utilises-tu pour ta recherche blast et ton seuil "expect threshold" ?
23/11/2009, 20h40
Bioinfoe

j'ai trouvé mon problème : fallait que je change la valeur du Word Size vu que mes séquences sont courtes :oops:

Merci Jasmine, ça marche :D