encodage et href='javascript'

tu donnes toi même la moitié de la réponse dans la question
dans le href le contenu de la chaine est traité comme une url...
si tu echappes la chaine pour l'url tu a le même résultat
Code:

1 2 <a href='javascript:alert(escape("%23%21%3F"))'>ici</a><br> <a href='' onclick='alert("%23%21%3F");return false;'>ici</a>
ou à l'inverse
Code:

1 2 3 <a href='javascript:alert("%23%21%3F")'>ici</a><br> <a href='' onclick='alert(decodeURIComponent("%23%21%3F"));return false;'>ici</a>
Il est en effet préférable de passer par le onclick et inhiber le href au moyen d'un return false afin de rester sur la page.