StandAloneBlast et bl2seq

bonjour

Je veux utilisé la fonction bl2seq, voici mon code ( code fournit par CPAN)

Code:

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#use strict; use warnings; use Bio::Tools::Run::RemoteBlast; use Bio::DB::GenBank; use Bio::SeqIO; use Bio::Tools::StandAloneBlast;     # Get 2 sequences $str = Bio::SeqIO->new(-file=>'input' , -format => 'Fasta'); my $seq3 = $str->next_seq(); my $seq4 = $str->next_seq();   # Run bl2seq on them $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(-program => 'blastn', -outfile => 'bl2seq.out'); my $bl2seq_report = $factory->bl2seq($seq3, $seq4);   # Use AlignIO.pm to create a SimpleAlign object from the bl2seq report $str = Bio::AlignIO->new(-file=> 'bl2seq.out',-format => 'bl2seq'); $aln = $str->next_aln();

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J'ai installé blast. J'obtiens ce message d'erreur

Code:

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Can't locate Bio/Tools/StandAloneBlast.pm in @INC

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J'ai 2 questions : Pourquoi ça ne marche pas?
et j'ai vu que bl2seq peut être utilisé avec AlignIO ou StandAloneBlast quelle est la différence ?

Merci et bonne journée

Pour le module StandAloneBlast il te manque une partie (Run) pour que ce soit correct :

Code:

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1 2	use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;

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Pour ta deuxième question : voici un bout de doc du CPAN : "For bl2seq execution, StandAloneBlast.pm can be combined with AlignIO.pm to directly produce a SimpleAlign object from the alignment of the two sequences produced by bl2seq as in"...

Grosso modo le module StandAloneBlast sert à lancer le programme bl2seq, et les flux d'entrée/sortie du programme bl2seq sont gérés par le module AlignIO.

Un bonne lecture de la doc CPAN de ces deux modules te donneront plus de renseignements.

Citation:

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Envoyé par Beniou

Grosso modo le module StandAloneBlast sert à lancer le programme bl2seq, et les flux d'entrée/sortie du programme bl2seq sont gérés par le module AlignIO.

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Merci :)

sinon j'ai changé le RUN mais ça ne marche toujours pas , la compilation se fait mais je n'obtiens aucun résultat. j'ai "juste" un WARNING

Code:

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-------------------- WARNING --------------------- MSG: cannot find path to bl2seq ---------------------------------------------------

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Ce message veut dire qu'il ne trouve pas le chemin jusqu'à l'executable bl2seq pour exécuter Blast. Tu dois ajouter le répertoire contenant les exécutables de Blast (dont bl2seq) à ta variable d'environnement $PATH et/ou bien d'ajouter une variable d'environnement $BLASTDIR pointant vers ton répertoire d'installation de Blast.
Ex: sous Unix dans un shell bash

Code:

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1 2	export BLASTDIR=/chemin/vers/blast

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Sous Windows il faut passer par les paramètres systèmes puis variable d'environnement.

Si tu as un soucis n'hésite pas.

Tu peux aussi directement passer le chemin vers l'exécutable en paramètre

Code:

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$factory->executable("bl2seq", "C:/BLAST/bin/bl2seq.exe");

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Je te conseille d'enlever le dièse placé devant ton 'use strict' et de déclarer toutes tes variables avec 'my'.

Bonjour

Citation:

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Envoyé par Beniou

Sous Windows il faut passer par les paramètres systèmes puis variable d'environnement.

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?? :calim2:

Jasmine j'ai spécifié le chemin mais ça ne marche toujours pas...

Code:

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Can't call method "executable" on an undefined value

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Merci

As-tu bien déclaré $factory au préalable?

Code:

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my $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(-program => 'blastn', -outfile => 'bl2seq.out');   $factory->executable("bl2seq", "C:/BLAST/bin/bl2seq.exe");

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Citation:

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Envoyé par Jasmine80

As-tu bien déclaré $factory au préalable?

Code:

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my $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(-program => 'blastn', -outfile => 'bl2seq.out');   $factory->executable("bl2seq", "C:/BLAST/bin/bl2seq.exe");

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Mes lignes de code étaient inversées :oops:

Merci à tous :ccool:

Ce que Beniou voulait dire avec les variables d'environnement est qu'une autre solution pour résoudre ton problème est de rajouter dans ta variable PATH le chemin vers l'exécutable Blast. Sous Windows cela se fait via : Panneau de configuration > Système > Avancé > Variables d'environnement.