Langage - BioInformatique

Bonsoir,

Je compte prendre la voix de la BioInformatique dans mes études et pour cela j'aimerai savoir quel langage est généralement utilisé. Un prof a parlé de lambda-calcul, j'ai pu en conclure qu'il utilisait peut être un langage fonctionnel (Haskell? Objective Caml?). Auriez vous plus de renseignement sur les langages utilisés en BioInfo? J'ai entendu parler de Perl aussi (ce forum) qui était assez utilisé dans ce domaine. Qu'en est il de python et de son module biopython?

Merci encore,
Bonne soirée. :ccool:

Cacophrène qui est également dans la bio-informatique utilise OCaml mais je suis certain que d'autres langages sont aussi ou même plus populaires.

Je pense que c'est à toi d'avoir (ou de te forger) une opinion personnelle plutôt que d'attendre que d'autres t'apportent une réponse toute prête.

C'est vrai qu'ils y a plusieurs langages pouvant être utilisés en bioinformatique. Dans les offres d'emploi, les 3 qui m'ont semblé les plus demandées étaient Ruby, Perl et Python mais ça dépend un peu de la boîte où tu tombes, chacune a ses préférences. Je pense que l'important est de bien maitriser un langage, peu importe lequel, ensuite tu peux facilement te reconvertir dans un autre.

www.bioinformaticszen.com

Voici un article que je n'ai pas lu mais qui pourrait t'intéresser.
A comparison of common programming languages used in bioinformatics

Bonjour
Il y aussi java (biojava), car compatible avec pas mal de choses, sinon je suis d'accord avec jasmine, le but et de maitriser un langage que tu devra savoir adapter aux différents sujet.

Bonne journée

Je suis d'accord dans le principe que l'apprentissage d'un langage permet ensuite de passer à un autre.
Reste qu'un des buts d'une formation, hormis celui d'étendre ses connaissances, est de trouver un travail. Les places à prendre ne sont pas si nombreuses. Tu verras aussi que les offres de CDD demandent un nombre de compétences conséquent. Dans la plupart des labos, on choisira donc celui ou celle qui est déjà formé(e) à une technologie et qui pourra donc être opérationnel de suite.
Et puis à vouloir tenter l'originalité, tu pourrais aussi passer pour celui qui aura beaucoup de mal à s'adapter à une équipe déjà en place ....

Et pour compléter ma réponse: Pour compléter mon équipe, je prendrai des petits nouveaux qui programment dans le langage utilisé dans ma boîte.
Pas de temps à perdre à discuter sur le choix d'un langage par rapport à un autre, et finir en troll entre java, python et perl par exemple.
Dans ma structure, la programmation est juste un moyen, et pas une fin en soit. L'important, c'est le résultat bio et son exploitation.
.... Ceci explique peut-être cela ...

:lol: le langage importe peu pourvu qu'on utilise le même que toi

est-ce que tu pourrais être plus spécifique: quelle est selon-toi la liste des langages recommandés pour une insertion professionnelle dans la bio-informatique ?

Citation:

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Envoyé par SpiceGuid

:lol: le langage importe peu pourvu qu'on utilise le même que toi

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Je n'irai pas jusque là :aie:!
Je dis juste que les nouveaux diplômés devront s'intégrer la plupart du temps dans des équipes avec des outils et des développements existants.
[Sauf à tomber dans un labo de bio pur, et à être le seul bioinfo de formation ... et là, je crois que les forums dvp.com seront vos amis!]

Et donc naturellement, le recrutement se dirigera le plus souvent vers des petits nouveaux qui ont un minimum de bagages, pour que le retour sur investissement soit rapide. Car il faudra également intégrer toutes les technologies et les spécificités du labo ...

A regarder la plupart des offres, je conseillerai Java, C++, Perl et Python. Ce sont d'ailleurs les langages enseignés dans la plupart des formations.
D'ailleurs, pour en finir avec les conseils ... faîtes attention à vos stages de master. Ils conditionneront plus qu'ailleurs vos prochains postes. Alors, modélisation, phylogénie, protéomique, .... faîtes votre choix le plus tôt!
Le domaine d'application conditionnera d'ailleurs les outils et langages utilisés.

Bonjour,

Tout fraichement inscrit et bioinformaticien de formation et maintenant d'emploi, j'aimerais contribuer au débat.
Je suis, tout d'abord d'accord avec Stoyak, généralement les offres de postes dans ce domaine précise les langages et technologies à utiliser dans leurs annonces car souvent c'est pour continuer un développement en cours, ajouter de nouvelles fonctionnalités à leurs programmes etc. Donc, avoir les bases dans ces langages leur font gagner du temps (et de l'argent ;) ). Les plus souvent rencontrés sont Perl et/ou Python, Java et C/C++ pour le développement et des conaissances en SGBD et en techno Web si base de données couplé à un serveur Web.
Pour ma part, je pense que la base en bioinformatique réside dans le parsing de texte qui représente une part considérable dans le boulot : pour cela Perl ou Python font l'affaire. Sinon, pour du traitement lourd je recommanderais C ou C++. Pour le reste Java est aussi largement utilisé. Une connaissance des scripts Shell est un plus pour automatiser certains traitements.
Enfin, de temps en temps, R est utilisé pour tout ce qui est statistiques.
En conclusion, il n'y a pas de langage miracle (à part peut être Perl/Python) comme dans tous les emplois en informatique pur mais avoir des bases générales dans les langages de programmation usuels permettent de vite s'adapter au travail.
Voilà, en espérant que ma remarque aidera .

Citation:

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Envoyé par Beniou

En conclusion, il n'y a pas de langage miracle (à part peut être Perl/Python) comme dans tous les emplois en informatique pur mais avoir des bases générales dans les langages de programmation usuels permettent de vite s'adapter au travail.

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Perl et Python sont lents (tu conseilles toi-même de te rabattre sur d'autres langage pour le "traitement lourd") et relativement fragiles de par leur typage dynamique (bien qu'il soit également considéré comme un avantage par certains, la plupart de ces enthousiastes n'ayant du typage statique qu'une vision partielle, limitée aux langages mainstream comme C/C++ ou Java). OCaml ou Haskell sont compilés en exécutables très performant (généralement un peu plus lent que du C mais incomparables aux langages interprétés) et ont une expressivité tout à fait comparables aux langages de scripts Perl/Python/Ruby alors même qu'ils sont typés statiquement (mais avec de l'inférence de type et un système de type bien plus riche que le mainstream). Leurs défauts sont principalement le manque de librairie (encore qu'Haskell dispose de quelques outils en BioInformatique) et le fait qu'ils soient peu connus et utilisés par les employeurs potentiels à l'heure actuelle.

De ce fait une double compétence (en Haskell/Ocaml et dans un langage plus mainstream et "employable") peut être l'idéal si néanmoins on a la motivation et les capacités nécessaires.

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Jedaï

Pour un exemple de ce que je disais à propos d'Haskell à la fois assez haut-niveau et assez performant pour être un bon choix, lisez cet article.

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Jedaï