Recuperer positions start et end

Version imprimable

Bonjour

j'essaye de récupérer les positions start et end. Mon fichier test possède 5 séquences.
Mon code fonctionne les 3 premières séquences et apres il me donne le message d'erreur suivant :

Code:

Can't call method "start" on an undefined value

voici mon code

Code:

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{my $v = 1;
print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
 
	while ( my @rids = $factory->each_rid ) 
		{
		foreach my $rid ( @rids )
			{
			my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
			if( !ref($rc) ) 
				{
				if( $rc < 0 ) 
					{
					$factory->remove_rid($rid);
					}
				print STDERR "." if ( $v > 0 );
				sleep 5;
				} 
			else 
			{
			my $result = $rc->next_result();
			print $result,"\n";
			$factory->remove_rid($rid);
			for (my $i = 0; $i < 1; ++$i) 
				{
				my $hit = $result->next_hit;
				my $hsp = $hit->next_hsp;
                                my $start_hit=$hsp->start('hit');
                                my $end_hit=$hsp->end('hit')
				next unless ( $v > 0);
 
	open (FILE2, ">>$Fichier");
   	print FILE2 ($hit->accession,"\t\t ", $start_hit, "\t\t ",$end_hit),"\n";
      	close(FILE2);
				}
			}
			}
		}
}

mon code fonctionne très bien sans la demande d'affichage du start et du end.
La position de l'erreur est peut être aléatoire.

Pourquoi ça ne marche pas? 8O
Merci

19/10/2009, 11h49
50Nio
Bonjour,

Ton erreur signifie que:
Code:

1 2 3 my $hsp = $hit->next_hsp; my $start_hit=$hsp->start('hit');
A la deuxième ligne de ce code $hsp est indéfini, ce n'est pas un objet avec ta méthode start.
Donc ta ligne d'avant a échoué, ton objet $hsp n'est pas ce que tu attendais.

Si tu envois les "use" qu'il faut je peux tester de manière plus poussée, j'ai un BioPerl installé.
19/10/2009, 13h03
Philou67430

Je serais presque prêt à parier que next_hsp retourne dans ce cas, "undef"...
Un conseil : teste $hsp avant de l'utiliser.

Code:

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			my $result = $rc->next_result();
			print $result,"\n";
			$factory->remove_rid($rid);
			for (my $i = 0; $i < 1; ++$i) 
				{
				my $hit = $result->next_hit;
				my $hsp = $hit->next_hsp;
                                my $start_hit=$hsp->start('hit');
                                my $end_hit=$hsp->end('hit')

Code:

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				my $result = $rc->next_result();
				$factory->remove_rid($rid);
 
				while ( my $hit = $result->next_hit ) {
					next unless ( $v > 0);
						while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {

Essaie avec des boucles while au lieu d'une variable incrémentée

22/10/2009, 20h20
Bioinfoe
@ Jasmine : j'ai toujours le même problème

@Philou67430 : comment un hsp pourrait être indéfini?

@ 50Nio : voici me use
Code:

1 2 3 4 5 use strict; use warnings; use Bio::Tools::Run::RemoteBlast; use Bio::DB::GenBank; use Bio::SeqIO;
Merci
23/10/2009, 08h39
Jasmine80

Ce serait plus facile de t'aider si on avait tout le code à tester, ainsi que la séquence posant problème.
23/10/2009, 08h43
Philou67430

Citation:

Envoyé par Bioinfoe

@Philou67430 : comment un hsp pourrait être indéfini?

Parceque la doc de cette méthode précisant le retour de next_hsp évoque clairement cette possibilité :

Citation:

Envoyé par Bio::Search::Hit::HitI

next_hsp

Title : next_hsp
Usage : while( $hsp = $obj->next_hsp()) { ... }
Function : Returns the next available High Scoring Pair
Example :
Returns : L<Bio::Search::HSP::HSPI> object or null if finished
Args : none

Pour bien gérer ce genre de méthode, la bonne manière est la boucle proposée par jasmine.
D'ailleurs, le SYNOPSIS de la doc de Bio::Tools::Run::RemoteBlast ne dit pas autre chose.
23/10/2009, 08h54
Jasmine80
Bio::Search::Result::GenericResult

Citation:

Title : next_hit
Usage : while( $hit = $result->next_hit()) { ... }
Function: Returns the next available Hit object, representing potential
matches between the query and various entities from the database.
Returns : a Bio::Search::Hit::HitI object or undef if there are no more.
Args : none

Essaie avec
Code:

1 2 3 4 5 6 my $hsp = $hit->next_hsp; if (defined $hit){ my $start_hit=$hsp->start('hit'); my $end_hit=$hsp->end('hit') }

@Jasmine ça ne marche toujours pas

@ Philou67430 : ma question était plutôt dans quel cas concret un hit peut ne pas être relié a un hsp. chaque hit devrait normalement avoir 1 ou plusieurs hsp non?

Voici mon code complet et la séquence sur laquelle sa bug

Code:

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sub RechercheBlast {
my ($factory) = @_;
 
my $v = 1;
print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
 
	while ( my @rids = $factory->each_rid ) 
		{
		foreach my $rid ( @rids )
			{
			my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
			if( !ref($rc) ) 
				{
				if( $rc < 0 ) 
					{
					$factory->remove_rid($rid);
					}
				print STDERR "." if ( $v > 0 );
				sleep 5;
				} 
			else 
			{
			my $result = $rc->next_result();
			print $result,"\n";
			$factory->remove_rid($rid);
 
				while ( my $hit = $result->next_hit ) {
					next unless ( $v > 0);
						while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
				my $hit = $result->next_hit;
				my $hsp = $hit->next_hsp;
						next unless ( $v > 0);
 
				$tab_Acc[$j]=$hit->accession;
				$tab_star[$j]=$hsp->start('hit');
				$tab_end[$j]=$hsp->end('hit');
 
			$j++;
 
				}}
			}
			}
		}
}

séquence à problème

Code:

CUGCGACAAGUAAUUCCGAACGGA

Essaie ce code et dis moi si il fonctionne.

Code:

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#!/usr/bin/perl
 
 
#------------------------ Short_BLAST.pl
 
use warnings;
use strict;
 
use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
 
 
my $seq = 'CUGCGACAAGUAAUUCCGAACGGA';
 
 
 
 
 
my  @tab_Acc;
my @tab_Desc;
my  @tab_star;
my  @tab_end;
 
my $j = 0;
 
 
# paramètres de blast
my @params = 	( 	
				 '-prog' => 'blastn',
				 '-data' => 'nr',
				 '-expect' => 1000,	# petites séquences : normalement 1000
				 '-W' => 5,		# petites séquences : normalement 7
		);
 
 
 
#change a retrieval parameter
# $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::RETRIEVALHEADER{'HITLIST_SIZE'} = 500;
 
$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'ENTREZ_QUERY'} = 'Triticum aestivum [ORGN]';
 
 
my $factory = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(@params);
my $v = 1; #$v is just to turn on and off the messages
 
 
print "seq : ".$seq."\n\n";
 
my $input = Bio::Seq->new( -display_id => 'id',
					-seq => $seq);
 
 
my $r = $factory->submit_blast($input);
 
 
print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
 
while ( my @rids = $factory->each_rid ) {
 
	foreach my $rid ( @rids ) {
 
		my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
 
		if( !ref($rc) ) {
 
			if( $rc < 0 ) {
				$factory->remove_rid($rid);
			}
 
			print STDERR "." if ( $v > 0 );
			sleep 5;
		} 
 
		else {
			my $result = $rc->next_result();
			$factory->remove_rid($rid);
 
			while ( my $hit = $result->next_hit ) {
 
				next unless ( $v > 0);
 
					while( my $hit = $result->next_hit) {							
 
						while( my $hsp = $hit->next_hsp){
 
							$tab_Acc[$j]=$hit->accession;
							$tab_Desc[$j]=$hit->description;
 
							$tab_star[$j]=$hsp->start('hit');
							$tab_end[$j]=$hsp->end('hit');
 
							$j++;
						}
					}
			}
 
		}
	}
}
 
 
for my $i (0..$j-1){
	print "$i\t$tab_Acc[$i]\t$tab_star[$i]\t$tab_end[$i]\t$tab_Desc[$i]\n";
}

26/10/2009, 10h58
Philou67430

Je n'entends rien aux hit et hsp. Je lis simplement la documentation, et je me dit que le cas d'erreur que tu donnes peut très bien s'expliquer par ça.

Or, dans ton script, tu prends pour hypothèse que:
- $result->next_hit retourne toujours au moins un $hit
- $hit->next_hsp retour toujours au moins un $hsp

Avant d'utiliser ces deux ressources, et afin d'éviter tout problème, il est toujours préférable de vérifier la validité du l'objet retourné.

Concernant les aspects "biologiques" de la chose, je ne peux émettre aucun jugement, je ne suis pas expert du domaine, loin de là.

Oui, c'est vrai mais vu les paramètres utilisés et la taille de sa séquence, il ne peut que trouver des résultats même si celle-ci était aléatoire ce qui n'est probablement pas le cas. Le blast servant à identifier la séquence qu'on a et qui provient d'un organisme, cet organisme ou d'autres très proches sont dans les hits trouvés.

Citation:

DB : All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS,GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)
DB enties number : 10157412

La recherche se fait dans plusieurs DB et représente un nombre énorme de séquences.

L'expected value qui est la probabilité que la séquence hit trouvée le soit par hasard (e-val >= 1), et mise à 1000, on accepte donc les séquences trouvées par hasard.

Mais il est vrai que si il est trop exigeant avec sa requête et qu'il y ajoute des limites il pourrait ne rien trouver. Si il a en effet utilisé des limites telle que

Code:

$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'ENTREZ_QUERY'} = 'Triticum aestivum [ORGN]';

(comme suggéré dans sa précédente discussion), il devrait vérifier si un hit est bien trouvé. (ce qui n'est toujours pas le problème avec la séquence qu'il a donné pour laquelle même avec cette limitation, 69 hsp sont trouvés).

:ccool: Merci Philou pour cette remarque tu as entièrement raison.

J'ai corrigé le code plus haut, j'ai utilisé des while ... j'avais réutilisé le code de départ (avec des erreurs) mais c'est plus propre avec des boucles.

Code:

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103
#!/usr/bin/perl
 
 
#------------------------ Short_BLAST.pl
 
use warnings;
use strict;
 
use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
 
 
my $seq = 'CUGCGACAAGUAAUUCCGAACGGA';
 
 
 
 
 
my  @tab_Acc;
my @tab_Desc;
my  @tab_star;
my  @tab_end;
 
my $j = 0;
 
 
# paramètres de blast
my @params = 	( 	
				 '-prog' => 'blastn',
				 '-data' => 'nr',
				 '-expect' => 1000,	# petites séquences : normalement 1000
				 '-W' => 5,		# petites séquences : normalement 7
		);
 
 
 
#change a retrieval parameter
# $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::RETRIEVALHEADER{'HITLIST_SIZE'} = 500;
 
$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'ENTREZ_QUERY'} = 'Triticum aestivum [ORGN]';
 
 
my $factory = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(@params);
my $v = 1; #$v is just to turn on and off the messages
 
 
print "seq : ".$seq."\n\n";
 
my $input = Bio::Seq->new( -display_id => 'id',
					-seq => $seq);
 
 
my $r = $factory->submit_blast($input);
 
 
print STDERR "waiting..." if( $v > 0 );
 
while ( my @rids = $factory->each_rid ) {
 
	foreach my $rid ( @rids ) {
 
		my $rc = $factory->retrieve_blast($rid);
 
		if( !ref($rc) ) {
 
			if( $rc < 0 ) {
				$factory->remove_rid($rid);
			}
 
			print STDERR "." if ( $v > 0 );
			sleep 5;
		} 
 
		else {
			my $result = $rc->next_result();
			$factory->remove_rid($rid);
 
			while ( my $hit = $result->next_hit ) {
 
				next unless ( $v > 0);
 
					while( my $hit = $result->next_hit) {							
 
						while( my $hsp = $hit->next_hsp){
 
							$tab_Acc[$j]=$hit->accession;
							$tab_Desc[$j]=$hit->description;
 
							$tab_star[$j]=$hsp->start('hit');
							$tab_end[$j]=$hsp->end('hit');
 
							$j++;
						}
					}
			}
 
		}
	}
}
 
 
for my $i (0..$j-1){
	print "$i\t$tab_Acc[$i]\t$tab_star[$i]\t$tab_end[$i]\t$tab_Desc[$i]\n";
}

Un hit pouvant avoir plusieurs hsp, je les récupère tous ... est-ce bien ce que tu veux faire?

Résultat :

Code:

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67
68
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71
seq : CUGCGACAAGUAAUUCCGAACGGA
 
0	FM242578	63114	63135	Triticum aestivum, storage protein activator (spa) locus region, D genome, clone BAC Ren2409K09
1	AM932686	4610	4631	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B95G2
2	AM932686	4683	4701	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B95G2
3	AM932686	3084	3094	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B95G2
4	AM932686	102337	102350	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B95G2
5	AK330571	183	206	Triticum aestivum cDNA, clone: SET4_M12, cultivar: Chinese Spring
6	AK330571	116	133	Triticum aestivum cDNA, clone: SET4_M12, cultivar: Chinese Spring
7	AM932682	94301	94324	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B63B7
8	AM932682	94232	94254	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B63B7
9	AM932682	10009	10019	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B63B7
10	AM932682	20130	20143	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B63B7
11	DQ128051	125	148	Triticum aestivum clone p2-2, genomic sequence
12	AK336242	1334	1353	Triticum aestivum cDNA, clone: SET1_E02, cultivar: Chinese Spring
13	AK336242	1250	1269	Triticum aestivum cDNA, clone: SET1_E02, cultivar: Chinese Spring
14	DQ889708	301	320	Triticum aestivum isolate 103 polyphenol oxidase (PPO) gene, partial cds
15	DQ889708	236	250	Triticum aestivum isolate 103 polyphenol oxidase (PPO) gene, partial cds
16	CT009735	12623	12642	Triticum aestivum
17	CT009735	12696	12715	Triticum aestivum
18	CT009735	50579	50589	Triticum aestivum
19	BT009295	1820	1842	Triticum aestivum clone wlm1.pk0005.d6:fis, full insert mRNA sequence
20	AK330680	536	559	Triticum aestivum cDNA, clone: SET1_G09, cultivar: Chinese Spring
21	AK335011	540	561	Triticum aestivum cDNA, clone: WT011_M24, cultivar: Chinese Spring
22	AK332103	2554	2577	Triticum aestivum cDNA, clone: WT003_C11, cultivar: Chinese Spring
23	AK332103	2647	2661	Triticum aestivum cDNA, clone: WT003_C11, cultivar: Chinese Spring
24	FJ225151	86	109	Triticum aestivum ferritin 2B gene, promoter region and partial cds
25	AK332645	2660	2682	Triticum aestivum cDNA, clone: WT004_I05, cultivar: Chinese Spring
26	AK332645	2590	2609	Triticum aestivum cDNA, clone: WT004_I05, cultivar: Chinese Spring
27	AM932683	23401	23423	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B81B7
28	AF325196	33711	33733	Triticum aestivum PST19 (Pst19), LRR19 (Lrr19), TAK19-1 (Tak19-1), and LRK19 (Lrk19) genes, complete cds
29	AF325196	28423	28433	Triticum aestivum PST19 (Pst19), LRR19 (Lrr19), TAK19-1 (Tak19-1), and LRK19 (Lrk19) genes, complete cds
30	FM242575	64296	64315	Triticum aestivum, storage protein activator (spa) locus region, A genome, clone BAC Ren1424A05
31	X54688	2073	2094	Wheat alpha-gliadin pseudogene (clone CNN35)
32	X54689	2066	2087	Wheat alpha-gliadin pseudogene (clone CNNE17)
33	X54517	2080	2101	Wheat alpha-gliadin pseudogene (clone CNN16)
34	BT009083	874	897	Triticum aestivum clone wkm1c.pk0004.c7:fis, full insert mRNA sequence
35	EU835981	51651	51670	Triticum aestivum clone BAC 1551N13, complete sequence
36	CT009585	3991	4010	Triticum aestivum
37	AK334356	977	995	Triticum aestivum cDNA, clone: WT009_P21, cultivar: Chinese Spring
38	AK332444	1190	1203	Triticum aestivum cDNA, clone: WT003_P24, cultivar: Chinese Spring
39	AK331072	605	618	Triticum aestivum cDNA, clone: SET5_P24, cultivar: Chinese Spring
40	EF028786	979	997	Triticum aestivum CBFIVd-B22 mRNA, complete cds
41	AY963808	8462	8483	Triticum aestivum putative S-locus receptor kinase gene, partial cds; and mitochondrial Mn-superoxide dismutase (MnSOD) gene, complete cds, nuclear gene encoding mitochondrial protein
42	AY963808	5711	5721	Triticum aestivum putative S-locus receptor kinase gene, partial cds; and mitochondrial Mn-superoxide dismutase (MnSOD) gene, complete cds, nuclear gene encoding mitochondrial protein
43	FJ561478	353	365	Triticum aestivum isolate Bob-65 omega secalin gene, complete cds
44	AM932684	184790	184802	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B95C9
45	AM932684	140601	140611	Triticum aestivum 3B chromosome, clone BAC TA3B95C9
46	AB272097	3612	3624	Triticum aestivum waxy gene for granule-bound starch synthase I, partial cds
47	AB272097	1453	1463	Triticum aestivum waxy gene for granule-bound starch synthase I, partial cds
48	AF347069	196	208	Triticum aestivum sucrose-phosphate synthase 7 mRNA, partial cds
49	AJ852544	1193	1205	Triticum aestivum ltp9.6a gene for type 1 non specific lipid transfer protein precursor, exons 1-2
50	AK335941	1069	1088	Triticum aestivum cDNA, clone: SET2_N11, cultivar: Chinese Spring
51	AK335910	242	253	Triticum aestivum cDNA, clone: SET2_M06, cultivar: Chinese Spring
52	AK332981	1618	1629	Triticum aestivum cDNA, clone: WT005_F16, cultivar: Chinese Spring
53	AK331813	1696	1707	Triticum aestivum cDNA, clone: WT002_G19, cultivar: Chinese Spring
54	BT009024	657	668	Triticum aestivum clone wdk3c.pk016.i8:fis, full insert mRNA sequence
55	BT009024	674	685	Triticum aestivum clone wdk3c.pk016.i8:fis, full insert mRNA sequence
56	U60755	850	869	Triticum aestivum delta-24-sterol methyltransferase (TA-MT) gene, complete cds
57	AB505053	814	824	Triticum aestivum Pina gene, 4.4 kbp deletion in coding region, allele: Pina-D1r
58	AK330866	1320	1330	Triticum aestivum cDNA, clone: SET5_I04, cultivar: Chinese Spring
59	AK330348	2378	2388	Triticum aestivum cDNA, clone: SET4_D21, cultivar: Chinese Spring
60	AK330141	333	343	Triticum aestivum cDNA, clone: SET3_L14, cultivar: Chinese Spring
61	AK330141	782	792	Triticum aestivum cDNA, clone: SET3_L14, cultivar: Chinese Spring
62	AK335535	1094	1111	Triticum aestivum cDNA, clone: SET2_J11, cultivar: Chinese Spring
63	AK334745	777	787	Triticum aestivum cDNA, clone: WT010_O13, cultivar: Chinese Spring
64	AK334686	8	18	Triticum aestivum cDNA, clone: WT010_L09, cultivar: Chinese Spring
65	AK334332	652	662	Triticum aestivum cDNA, clone: WT009_L23, cultivar: Chinese Spring
66	AK334129	2508	2518	Triticum aestivum cDNA, clone: WT009_M07, cultivar: Chinese Spring
67	AK333398	1483	1493	Triticum aestivum cDNA, clone: WT006_G02, cultivar: Chinese Spring
68	AK333132	5	15	Triticum aestivum cDNA, clone: WT005_L16, cultivar: Chinese Spring

Si j'utilise volontairement une erreur de frappe dans le nom de l'organisme sur lequel est limitée la recherche, aucun hit n'est trouvé et j'obtiens dans les warnings :

Citation:

Subroutine no_hits_found redefined at C:/Perl/site/lib/Bio/Search/Result/GenericResult.pm line 708.
Subroutine set_no_hits_found redefined at C:/Perl/site/lib/Bio/Search/Result/GenericResult.pm line 725.

On dirait donc que ce cas de non hit trouvé est prévu par le blast et que le programme ne plante donc pas. L'erreur de valeur non définie semble venir du double (my $hit, my $hsp).

Remarque :

Code:

1
2
3
4
5
6
				while ( my $hit = $result->next_hit ) {
					next unless ( $v > 0);
						while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
				my $hit = $result->next_hit;
				my $hsp = $hit->next_hsp;
						next unless ( $v > 0);

Le my $hit du while() est valable dans tout le bloc du while, il est donc inutile de refaire un my $hit = $result->next_hit plus bas.

Citation:
Envoyé par Jasmine80
Remarque :
Code:

1 2 3 4 5 6 while ( my $hit = $result->next_hit ) { next unless ( $v > 0); while( my $hsp = $hit->next_hsp ) { my $hit = $result->next_hit; my $hsp = $hit->next_hsp; next unless ( $v > 0);
Le my $hit du while() est valable dans tout le bloc du while, il est donc inutile de refaire un my $hit = $result->next_hit plus bas.
Hum... attention.

Supprimer la ligne modifie le comportement du script, car dans le cas présent, un "hit" est consommé dans la boucle while, et un deuxième hit est consommé dans le my $hit = ... qui suit.

Avec ce que tu proposes, Jasmine, le hit ne sera consommé que dans le while, ce qui induit une différence de comportement du script (je ne juge pas si ce comportement est plus juste que le précédent, car je n'ai pas analysé l'algorithme).

26/10/2009, 16h01
Jasmine80

Citation:

Envoyé par Philou67430

Hum... attention.

Supprimer la ligne modifie le comportement du script, car dans le cas présent, un "hit" est consommé dans la boucle while, et un deuxième hit est consommé dans le my $hit = ... qui suit.

J'ai supposé que le but de Bioinfoe était de récupérer tous les hsp de tous les hits, ce qui serait le plus logique. D'où ma question dans la discussion précédente

Citation:

Envoyé par Jasmine80

Un hit pouvant avoir plusieurs hsp, je les récupère tous ... est-ce bien ce que tu veux faire?

Philou, c'est bien que tu aies souligné ce fait, ça en sera d'autant plus clair.
28/10/2009, 17h00
Bioinfoe

Merci jasmine ça fonctionne.

Citation:

Envoyé par Jasmine80

Un hit pouvant avoir plusieurs hsp, je les récupère tous ... est-ce bien ce que tu veux faire?

justement non, mais ça c'est un autre problème (je suis sensé récupérer tout les hits avec un query converage de 100 et un max identity de 100). Ma boucle initiale for été juste pour tester le tout.

Merci a tous :ccool:
28/10/2009, 17h16
djibril

un petit tag résolu s'il vous plait !!