erreur code, Blast Bioperl
Bonjour
J'essaye de faire un script pour fournir a blast un fichier de séquences et recevoir en sortie un fichier avec les informations relatives a ces séquences.
jessaye d'utiliser le fameux code fourni par Bio::Tools::Run::RemoteBlast -
Mais il a une erreur dans le bast, le code ne rentre jamais dans le esle de la boucle suivante
Code:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
| if( !ref($rc) ) {
if( $rc < 0 ) {
$factory->remove_rid($rid);
}
print STDERR "." if ( $v > 0 );
sleep 5;
} else {
my $result = $rc->next_result();
#save the output
my $filename = "Result";
$factory->save_output($filename);
$factory->remove_rid($rid);
print "\nQuery Name: ", $result->query_name(), "\n";
while ( my $hit = $result->next_hit ) {
next unless ( $v > 0);
print "\thit name is ", $hit->name, "\n";
while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
print "\t\tscore is ", $hsp->score, "\n";
}
}
}
}
}
} |
Quelqu'un pourrait m'expliquer comment le v est calculé?
dans un code légèrement diffèrent j'ai cette erreur
Can't call method "next_result" on an undefined value
Merci