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| #!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
# use utf8;
use Bio::SeqIO;
use FileHandle;
use List::MoreUtils qw(any);
use File::Basename;
use Tk;
use Tk::BrowseEntry;
# correspondances types de fichiers et extensions
my %correspondence = (
abi => ['.ab', '.abi1'],
ace => '.ace',
agave => '.xml',
alf => '.alf',
bsml => '.bsml',
bsml_sax => '.bsml',
chaosxml => '.xml',
ctf => '.ctf',
embl => ['.ebl', '.emb', '.dat'],
excelx => '.exl',
exp => '.exp ',
fasta => ['.fsa', '.fast', '.seq', '.fa', '.nt', '.aa'],
fastq => '.fastq',
flybase_chadoxml => '.xml',
game => '.xml',
gcg => '.gcg',
genbank => ['.gbank', '.genbank'],
interpro => '.xml',
phd => '.phred',
pir => '.pir',
pln => '.pln',
raw => '.txt',
scf => '.scf',
swiss => '.SwissProt',
tab => '.txt',
tigr => '.xml',
tigrxml => '.xml',
tigr => '.xml',
ncbi => '.xml',
ztr => '.ztr',
);
my @filetypes;
foreach ( sort keys %correspondence ) {
push @filetypes, [$_, $correspondence{$_} ];
}
push @filetypes, [ 'Tous les fichiers', '*' ];
my $main = MainWindow->new(
-background => 'blue',
-title => 'Formatage de fichier',
);
$main->minsize( 250, 150 );
my $InFileLabel = $main->Label(
-text => "Fichier d'entrée : ",
-background => 'blue',
-foreground => 'white',
-justify => 'left',
);
my $input_file;
my $InputLabel = $main->Button(
-text => 'sélection',
-activeforeground => 'red',
-borderwidth => 5,
-command => [ \&Input_file, $main, \@filetypes, \$input_file],
);
my $InTypeLabel = $main->Label(
-text => "Type du fichier d'entrée : ",
-background => 'blue',
-foreground => 'white',
);
my $in_format;
my $InTypeEntry = $main->BrowseEntry(-variable => \$in_format);
$InTypeEntry->insert("end", sort keys %correspondence);
my $OutTypeLabel = $main->Label(
-text => "Type du fichier de sortie : ",
-background => 'blue',
-foreground => 'white',
);
my $output_file;
my $OutputLabel = $main->Button(
-text => 'sélection',
-activeforeground => 'red',
-borderwidth => 5,
-command => [ \&Output_file, $main, \@filetypes, \$output_file],
);
my $OutFileLabel = $main->Label(
-text => "Fichier de sortie : ",
-background => 'blue',
-foreground => 'white',
-justify => 'left',
);
my $out_format;
my $OutTypeEntry = $main->BrowseEntry(-variable => \$out_format);
$OutTypeEntry->insert("end", sort keys %correspondence);
# bouton calculer
my $btn_execute = $main->Button(
-text => 'Formatage',
-activeforeground => 'red',
-borderwidth => 5,
-command => [ \&Execute, $main, \$input_file, $in_format, \$output_file, $out_format],
);
# bouton quitter
my $btn_quitter = $main->Button(
-text => 'Quitter',
-activeforeground => 'red',
-borderwidth => 5,
-command => \&Quitter,
);
# Effet clavier, touche entrée
$main->bind( 'Tk::Entry','<Return>', sub { $btn_execute->invoke(); } );
# Placement de mes widgets
$InFileLabel->grid( -row => 0, -column => 0, -sticky => 'w' );
$InputLabel->grid( -row => 0, -column => 1, -sticky => 'w', -pady => 20,);
$InTypeLabel->grid( -row => 1, -column => 0, -sticky => 'w' );
$InTypeEntry->grid( -row => 1, -column => 1, -sticky => 'w', -columnspan => 2);
$OutFileLabel->grid( -row => 2, -column => 0, -sticky => 'w');
$OutputLabel->grid( -row => 2, -column => 1, -sticky => 'w', -pady => 20,);
$OutTypeLabel->grid( -row => 3, -column => 0, -sticky => 'w' );
$OutTypeEntry->grid( -row => 3, -column => 1, -sticky => 'w', -columnspan => 2);
$btn_execute->grid( -row => 4, -column => 0, -pady => 20, );
$btn_quitter->grid( -row => 4, -column => 2, -pady => 20 );
MainLoop;
sub Quitter {
exit(0);
}
sub Input_file {
my ($main, $ref_filetypes, $input_file) = @_;
${$input_file} = $main->getOpenFile(
-filetypes => $ref_filetypes,
);
}
sub Output_file {
my ($main, $ref_filetypes, $output_file) = @_;
${$output_file} = $main->getSaveFile(
-filetypes => $ref_filetypes,
);
}
sub Error {
my ($main, $message) = @_;
# fenêtre d'erreur
#--------------------
my $error_frame = $main->Toplevel(
-title => 'MESSAGE D\'ERREUR',
-background => 'red',
);
$error_frame->minsize( 250, 50 );
$error_frame->Label(
-text =>
"Le fichier $message est invalide",
-background => 'red',
-font => "courrier 10 bold",
-foreground => 'black',
)->pack;
}
sub Execute {
my ($main, $input_file, $in_format, $output_file, $out_format) = @_;
if (! -e ${$input_file}){
&Error ($main, "d'entrée : $input_file");
}
if (! -e ${$output_file}){
&Error ($main, "de sortie : $output_file");
}
# récupération des fichiers
#----------------------------
my ( $in_name, $in_dir, $in_ext ) = fileparse( ${$input_file}, qr/\.[^.]*/ );
# extension choisie par l'utilisateur : $out_ext_cho
my ( $out_name, $out_dir, $out_ext_cho ) = fileparse( ${$output_file}, qr/\.[^.]*/ );
# vérification que $infile et $in_format correspondent
# ne se fait automatiquement via Bio::SeqIO qui ne renvoie
# pas de message d'erreur
if (defined $in_ext){
# plusieurs possibilités d'extension
if ( ref($correspondence{$in_format}) eq 'ARRAY' ){
# si l'extension n'est pas valide, on affiche un message d'erreur
unless (any { $in_format =~ m/$_/ } @{$correspondence{$in_format}}){
&Error ($main, "d'entrée : type $in_format ne correspond pas à l'extension $in_format\n");
}
}
# une seule possibilité d'extension
elsif ($in_ext ne $correspondence{$in_format}){
&Error ($main, "d'entrée : type $in_format ne correspond pas à l'extension $in_format\n");
}
}
# vérification que $in_format et $out_format soient différents
# extension imposée : $out_ext (si l'extension choisie n'est pas valide)
my $out_ext;
# vérification que $out_ext_cho soit défini
# vérification que l'extension choisie pour
# le fichier de sortie soit possible
if (defined $out_ext_cho){
# plusieurs possibilités d'extension
if ( ref($correspondence{$out_format}) eq 'ARRAY' ){
# si l'extension est valide, on garde le choix de l'utilisateur
if (any { $out_format =~ m/$_/ } @{$correspondence{$out_format}}){
$out_ext = $out_ext_cho;
}
# sinon, on prend la première de la liste
else {
$out_ext = $correspondence{$out_format}->[0];
}
}
# une seule possibilité d'extension
else{
$out_ext = $correspondence{$out_format};
}
}
# aucune extension n'a été définie par l'utilisateur
else{
# recherche de l'extension du fichier de sortie
# si plusieurs sont possibles, création d'une liste déroulante
# permettant le choix à l'utilisateur
if ( ref($correspondence{$out_format}) eq 'ARRAY' ){
$out_ext = $correspondence{$out_format}->[0];
}
else{
$out_ext = $correspondence{$out_format};
}
}
# création des 2 objets Bio::SeqIO
my $in = Bio::SeqIO->new(-file => ${$input_file} , '-format' => $in_format);
my $out = Bio::SeqIO->new(-file => '>'.${$output_file} , '-format' => $out_format);
# récupération et formatage des données
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
$out->write_seq($seq);
}
} |
