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| #!/usr/bin/perl -w
##packages utilises
use strict;
use Bio::SeqIO;
#pour la récupération des arguments
use vars qw($opt_h $opt_f);
use Getopt::Std;
##recuperation des arguments - initialisation
getopts("hf:") or die("erreur(s) de saisie dans les options. Faire -h pour obtenir l'aide\n");
if (defined($opt_h))
{
&help;
exit;
}
elsif(!defined($opt_f))
{
die("Parametre manquant : -f doit etre definit. Faire -h pour obtenir de l'aide.\n");
}
my $out_file;
if($opt_f =~ m/(.+)\.(fa|fasta)/)
{
$out_file = "$1.embl";
}
# Creation d'un objet SeqIO contenant les sequences du fichier fasta passe en paramtre au script
my $in = Bio::SeqIO->new(-file => $opt_f , '-format' => 'fasta');
# Creation d'un deuxieme objet seqIO qui contiendra les sequences au format EMBL
my $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$out_file" , '-format' => 'EMBL');
# Pour chaque sequence de l'objet $in
while ( my $seq = $in->next_seq() )
{
# on precise que (dans notre cas) l'accession_number correspond a l'identifiant de la sequence fasta
$seq->accession_number($seq->primary_id);
#et on imprime la sequence au format EMBL dans le fichier de sortie
$out->write_seq($seq);
}
sub help
{
print qq{
fasta_to_embl.pl prend en parametre un fichier au format fasta et le convertit au format EMBL (dans un nouveau fichier)
Paramètres :
-f : fichier fasta ou multifasta a convertir
};
} |
