Clustering hiérarchique sous R

Salut,
Etant un nouveau utilisateur sous R,
je voudrais réaliser un clustering hierarchique dà partir d'une matrice de distance entre objets;

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

* ObjA ObjB............ ObjA 1 0.5 ObjB 0.5 1 . . .

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j'ai vu dans le help de R qu'il y a un package Hclust mais vraiment par où commencer.

merci de votre aide.

Bonjour,

Code:

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1 2	hc <- hclust(dist(t(matrice)))) # il faut lire l'aide pour bien comprendre la fonctionnalité de hclust plot(hc)

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Manoir

salut,

merci pour la réponse,

j'ai eu cette erreur:

Code:

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1 2 3 4

Erreur dans if (n<2) stop("must have n >=2 objects to cluster") l'argument est de longueur nulle

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je ne sais pas ce que veux dire ce message :cry:

merci pour votre aide.

bonsoir,

peux tu nous décrire ta matrice ?

qd tu fais:

Code:

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1 2	d<-dist(ta matrice) n <- as.integer(attr(d, "Size"))

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ca te donne quoi ?

Manoir

bonsoir manoir,
merci pour la réponse ;-)

je me corrige : en fait il s'agit d'une matrice de similarité entre objets pas de distance, les valeurs sont donc dans [0; 1], ainsi je ne sais pas si pour Hclust on doit faire dist().
voici une vue générale de ma matrice de similarité d'objets.

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

g1 g2 g3 g4 g5 g6 g7 g2 0.363550 g3 0.108952 0.887325 g4 0.183513 0.168189 0.185110 g5 0.193806 0.385945 0.190279 0.979429 g6 0.280036 0.937114 0.666441 0.346085 0.968765 g7 0.074714 0.539372 0.339522 0.787598 0.012323 0.12334

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les commandes que j'ai tapées

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17

y<-read.delim("C:/s.txt", header = TRUE, sep = "\t") hc<-hclust(y,"ward")       erreur: Erreur dans if (n < 2) stop("must have n >= 2 objects to cluster") : l'argument est de longueur nulle   PS: z<-dist(y) donne: Warning message: NAs introduits lors de la conversion automatique     n<-as.integer(attr(z,"Size")) donne: [1] 6

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merci beaucoup.

Re,

Donc, si j'ai bien compris ta matrice y dont tu fais référence dans le code est bien:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

g1 g2 g3 g4 g5 g6 g7 g2 0.363550 g3 0.108952 0.887325 g4 0.183513 0.168189 0.185110 g5 0.193806 0.385945 0.190279 0.979429 g6 0.280036 0.937114 0.666441 0.346085 0.968765 g7 0.074714 0.539372 0.339522 0.787598 0.012323

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?

Code:

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n <- as.integer(attr(y, "Size")) # Message d'erreur?

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Manoir
a demain

salut manoir,
oui c'est ma matrice de similarité

j'ai eu ce code d'erreur

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

y<-read.delim("C:/s.txt", header = TRUE, sep = "\t") hc<-hclust(y,"ward") erreur: Erreur dans if (n < 2) stop("must have n >= 2 objects to cluster") : l'argument est de longueur nulle

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et

n<-as.integer(attr(y,"Size"))
donne: numeric(0)


merci d'avance manoir

Bonjour,

ça tourne bien le code sur mon Pc, ca devrait être un problème d'importation de ton fichier!

Manoir