Extraire des blocs de données dans un fichier. AWK?

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25/06/2009, 12h14
oliverjack

Extraire des blocs de données dans un fichier. AWK?

Bonjour à tous

J'ai un fichier composé de blocs de données X,Y,Z séparés par un charactere ">"

Exemple:

42.5410004 0.644999981 13.8727398
44.1360016 0.791999996 21.1379795
51.4070015 1.41900003 14.7873116
52.9020004 1.13199997 19.1322193
54.4259987 1.03100002 23.6299133
59.7490005 1.67999995 16.2121506
63.5789986 1.28299999 19.9306469
64.2229996 1.30299997 18.8378506
67.4649963 1.53699994 26.7516766
>
3.89400005 1.13999999 23.7990761
5.55200005 0.379999995 18.7354698
6.38700008 0.379999995 13.1045876
8.33500004 0.779999971 23.61022
8.74100018 1.07000005 27.360714
10.5299997 1.18799996 21.182085
16.4780006 1.847 15.4479456
20.0279999 1.11500001 16.2119923
22.1509991 1.06099999 16.6239166
....
>

Les blocs ont toujours la même taille (28lignes)

Je voudrais écrire un script awk qui me permette d'extraire le premier bloc dans un fichier temporaire qui sera utilisé par un programme tiers, puis faire la même chose pour le second bloc et ce jusqu'au dernier bloc.

Est ce que quelqu'un peut m'aider, je suis plutôt rouillé et j'ai pas beaucoup de temps devant moi

Merci beaucoup

Citation:

Envoyé par oliverjack

Bonjour à tous

J'ai un fichier composé de blocs de données X,Y,Z séparés par un charactere ">"

Exemple:

42.5410004 0.644999981 13.8727398
44.1360016 0.791999996 21.1379795
51.4070015 1.41900003 14.7873116
52.9020004 1.13199997 19.1322193
54.4259987 1.03100002 23.6299133
59.7490005 1.67999995 16.2121506
63.5789986 1.28299999 19.9306469
64.2229996 1.30299997 18.8378506
67.4649963 1.53699994 26.7516766
>
3.89400005 1.13999999 23.7990761
5.55200005 0.379999995 18.7354698
6.38700008 0.379999995 13.1045876
8.33500004 0.779999971 23.61022
8.74100018 1.07000005 27.360714
10.5299997 1.18799996 21.182085
16.4780006 1.847 15.4479456
20.0279999 1.11500001 16.2119923
22.1509991 1.06099999 16.6239166
....
>

Les blocs ont toujours la même taille (28lignes)

Je voudrais écrire un script awk qui me permette d'extraire le premier bloc dans un fichier temporaire qui sera utilisé par un programme tiers, puis faire la même chose pour le second bloc et ce jusqu'au dernier bloc.

Est ce que quelqu'un peut m'aider, je suis plutôt rouillé et j'ai pas beaucoup de temps devant moi

Merci beaucoup

Je connais pas assez bien awk pour faire ça. Mais ça se fait en shell pur sans pb
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 #!/bin/sh exec 3>"/tmp/fic_0" bloc=0 cat fichier_a_traiter |while read lig do if test "$lig" = ">" then bloc=`expr $bloc + 1` exec 3>"/tmp/fic_$bloc" continue fi echo "$lig" 0>&3 done
Ou bien, si le shell n'est pas assez rapide, en Python...
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 #!/bin/env python # coding: Latin-1 -*- f_in=open("fichier_a_traiter", "r") f_out=open("/tmp/fic_0", "w") bloc=0 for lig in f_in: if "$lig" == ">": f_out.close() bloc+=1 f_out=open("/tmp/fic_%d" % (bloc), "w") continue # if f_out.write(lig) # for f_in.close() f_out.close()

Juste pour être complet, la version awk :

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
BEGIN {
    tempo = "/tmp/fic_0"
    printf "" > tempo
}
 
/^>$/ {
    close(tempo)
    bloc++
    tempo = "/tmp/fic_" bloc
    printf "" > tempo
    getline
}
 
{ print >> tempo }
 
END { close(tempo) }