Introduction à Perl pour la bioinformatique

Version imprimable

04/06/2009, 21h26
djibril

Introduction à Perl pour la bioinformatique
Bonjour,

https://images-na.ssl-images-amazon....8.LZZZZZZZ.jpg

Description :

Citation:

Ce livre est une introduction pratique à la programmation en Perl pour les biologistes. Perl excelle dans les fonctions indispensables à cette discipline : traitement de chaînes de caractères, mise en réseau, possibilité de piloter d'autres programmes et prototypage rapide. Cet ouvrage ne nécessite aucune connaissance préalable de la programmation. Il envisage la programmation comme un outil à part entière et désormais indispensable de la recherche en biologie...
Lire la suite
- Avez-vous lu ce livre ou pensez-vous le lire ?
- Souhaitez-vous ajouter une critique de ce livre sur la page de la rubrique ?
- Avez-vous un commentaire à faire ?
:merci:
05/06/2009, 13h12
MaliciaR

Bonjour,

Mon avis sur ce livre est partagé. Ne connaissant rien en programmation, j'avais commencé à apprendre à utiliser Perl dans le cadre de mon stage en bioinformatique avec ce livre. Il faut dire que l'impression première que j'ai eue est qu'il est très abordable, même s'il peut également être bien verbeux. Plus j'avançais avec, moins je me trouvais autonome : j'ai clairement l'impression que les choses sont recrachées tout prêtes. Mais des notions fondamentales telle recursivité ne sont abordées que de façon totalement exceptionnelle moins d'une page dans le chapitre 11, si je ne m'abuse...). Souvent, même l'algo y est limite omis ou en tout cas, son importance est (bien) diminuée. Je trouve que les hashes sont des éléments essentiels en Perl et leur présentation très succinte est dommageable. De même, on ne conseil au lecteur d'aller voir la perldoc que vers le chapitre 9...
Le jour où je l'ai laissé de côté pour reprendre d'autres docs, j'ai découvert avec déplaisir que ce livre m'avait donné pas mal de mauvaises habitudes.
Ce livre peut en fait se résumer à son Appendix B qui synthétise très bien pas mal de notions et utilisations et à la partie où l'utilisation du débuggeur est un peu explicitée.

Je considère donc que c'est un livre à vraiment prendre avec des pincettes : si c'est pour quelqu'un qui a envie de limite recopier du code et de l'utiliser sans plus, c'est très bien. En revanche, si la personne veut vraiment apprendre à faire de la programmation, je ne trouve pas son utilisation première très adéquate. Des cours et tutoriels pour apprendre le langage Perl sont à mes yeux plus intéressants autant pour comprendre les intérêts et la puissance de ce langage que pour apprécier justement le "There is more than one way to do it". Je trouve "Genomic Perl - From bioinformatics basics to working code" mieux écrit et plus efficace.

Cordialement,
05/06/2009, 13h37
stoyak

Je partage ton avis général sur le livre .... Il peut servir en première intention, pour voir le but de la programmation en biologie ... Donner envie aux étudiants à se lancer dans la bioinformatique par exemple!

Citation:

Envoyé par MaliciaR

Je considère donc que c'est un livre à vraiment prendre avec des pincettes : si c'est pour quelqu'un qui a envie de limite recopier du code et de l'utiliser sans plus, c'est très bien. En revanche, si la personne veut vraiment apprendre à faire de la programmation, je ne trouve pas son utilisation première très adéquate.

En même temps, je crois que c'est le but du livre, comme c'est résumé sur la quatrième de couverture :

Citation:

Cet ouvrage servira de tremplin aux biologistes qui, néophytes en programmation, pourront rapidement progresser et réussir leurs projets. Les informaticiens désireux de s'initier à la bioinformatique y trouveront un aperçu de la problématique de cette discipline.

Tout est dit: du code pour les biologistes pour mener à bien leurs projets ... un bouquin à lire en diagonale pour les autres, et pour se former à PERL voir les cours et tutoriels : http://perl.developpez.com/cours/
05/06/2009, 13h55
Jasmine80

C'est bien comme son titre l'indique une introduction à perl. J'ai lu ce livre alors que je programmais déjà en perl ... peut-être à tort. Il ne m'a rien apporté, je ne vois pas trop l'utilité de décrire les différentes façons d'installer Perl selon la plateforme, alors que ça se trouve en un clic sur le net. Ni d'apprendre que si on a deux variables $dna1 et $dna2 pour les concaténer on fait $dna1.$dna2. Oui, on utilise Perl pour analyser des données biologiques, on apprend comment lire un fichier PDB ... mais c'est général à n'importe quel fichier. On explique que pour obtenir de l'ADN à partir d'ARN il faut utiliser =~ s/T/U/gi. Je pense qu'on en apprend plus avec Learning Perl et que celui-ci est bien plus concis, entre autre il ne se perd pas dans des programmes sur 4 pages. De plus, la majorité des programmes décrits sont peut-être utiles pour comprendre le langage mais existent bien souvent dans des modules CPAN et sont donc déconseillés.

Il y a également des éléments plus généraux qui sont abordés dans les 40 premières pages tels que l'organisation de l'ADN, des protéines, 7 pages dédiées au débugger, les éditeurs de textes, l'installation de perl, des conseils généraux pour la programmation ... c'est donc vraiment un livre pour débutants autant en informatique qu'en biologie.

Je ne recommande donc pas ce livre à ceux qui connaissent déjà bien Perl et qui pense y apprendre des choses spécifiquement liées à la bioinformatique. Il n'est intéressant que pour ceux qui n'ont pas les bases et qui préfère apprendre avec des exemples traitant des données biologiques. Je leur conseille quand même de lire Learning Perl avant.
05/06/2009, 14h42
Jasmine80

Je ne sais pas si cela existe déjà mais ce qui serait intéressant serait un livre qui parlerait des grands sujets de bioinformatique (Blast, NCBI, Les programmes d'alignements tel que ClustaW ...) et discuterait des différents modules pouvant être utilisés, leur fonctionnement, leurs avantages, leurs inconvénients ... ça ferait une synthèse de modules et permettrait de découvrir des fonctions qu'on ne penserait peut-être pas à rechercher sur CPAN.
18/06/2009, 15h15
Mr6

Du coup, sur la lancée, quel livre à conseiller pour un perlien qui veut s'intéresser à la bioinformatique ?

@+
Mr6
18/06/2009, 17h06
MaliciaR

Citation:

Envoyé par Jasmine80

Je ne sais pas si cela existe déjà mais ce qui serait intéressant serait un livre qui parlerait des grands sujets de bioinformatique (Blast, NCBI, Les programmes d'alignements tel que ClustaW ...) et discuterait des différents modules pouvant être utilisés, leur fonctionnement, leurs avantages, leurs inconvénients ... ça ferait une synthèse de modules et permettrait de découvrir des fonctions qu'on ne penserait peut-être pas à rechercher sur CPAN.

Je pense qu'il y en a, oui :) Je fouillerai dans ma bibliothèque et en proposerai.
18/06/2009, 17h07
MaliciaR

Citation:

Envoyé par Mr6

Du coup, sur la lancée, quel livre à conseiller pour un perlien qui veut s'intéresser à la bioinformatique ?

@+
Mr6

Salut,

Ca dépend de ce que tu veux y faire :) Définis tes objectifs, on essaiera de te conseiller au mieux.
19/06/2009, 07h23
Mr6

Citation:

Envoyé par MaliciaR

Salut,

Ca dépend de ce que tu veux y faire :) Définis tes objectifs, on essaiera de te conseiller au mieux.

Sans aller jusqu'à me trouver un objectif, juste une "introduction à la bioinformatique grace à Perl" :lol:
Plus sérieusement je vois pas mal de posts dans cette section mais pour moi c'est du chinois ces histoires d'alignements de sequences, de blast, etc.... Et j'avoue que c'est un peu frustrant de ne pas comprendre les questions alors que les réponses ne sont probablement pas si compliquées pour qui connait Perl.

Donc en gros, mon seul objectif est ma culture personnelle, et une meilleure compréhension de ce domaine d'appliation de Perl.

@+
Mr6
19/06/2009, 08h12
Philou67430

Citation:

Envoyé par Mr6

Et j'avoue que c'est un peu frustrant de ne pas comprendre les questions alors que les réponses ne sont probablement pas si compliquées pour qui connait Perl.

Donc en gros, mon seul objectif est ma culture personnelle, et une meilleure compréhension de ce domaine d'appliation de Perl.

J'ai eu l'occasion de le dire à Malicia en privé... je partage tout à fait cet avis : comprendre le pourquoi, pour trouver le meilleur comment faire...
19/06/2009, 08h49
MaliciaR

Oui, comprendre pourquoi est indispensable pour trouver le meilleur comment faire :)

Je vais regarder dans mes bouquins. Sinon, j'ai déjà entamé la rédaction d'un pitit tuto de bio pour les non biologistes. Il avance, mais la fin d'année assez tendue que j'ai là en empêche la progression. Cela dit, je pense en sortir une première version pour correction et relecture dans les semaines à venir :) L'objectif est justement, sans faire un cours magistral ou un truc bien gonflant, que les gens n'y connaissant rien comprennent de quoi il retourne.

++