Mais par où commencer?

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25/05/2009, 16h49
Scorpe51

Mais par où commencer? [Qt - GDCM - Dicom images]

Bonjour à tous!

Je vous fais part de mon petit désagrément!

Je dois réaliser un projet me permettant d'ouvrir des images et faire quelques calculs avec, que j'expliquerais par la suite.

J'ai décidé de me tourner vers Qt, qui me semble une alternative correcte et un framework puissant.

Seulement voilà, je dois tout d'abord ouvrir des images DICOM (format d'image médical). Ah, ça coince. Je ne sais pas comment transformer une image lue d'une autre librairie pour l'afficher dans un programme affiché par Qt.

Ensuite, admettons que j'arrive à afficher cette image (mais admettons). J'ai simplement essayé en BMP (ça j'y arrive).

Il s'agit ensuite de pouvoir, par exemple, afficher des outils comme ImageJ pour ceux qui connaissent. Par exemple je souhaiterais tracer un trait, puis récupérer le profil d'intensité des pixels (un graphique contenant l'intensité en fonction de la distance).

Bon, pour tracer un trait, mon niveau de débutant en Qt me laisse sans voix... Même en réussissant à récupérer la position de la souris, je ne vois vraiment pas comment faire...

La seule partie où j'ai réussi à me débrouiller, c'est afficher les données de profil d'intensité (obtenue par ImageJ) grâce à QWT. Ouf. Tout de même.

Et là comme je me sentais seul, j'ai décidé de venir poster! :mrgreen:

Avez-vous des suggestions?
25/05/2009, 17h14
Gulish

Salut,

Alors première question : est ce que ImageJ ( que je ne connais pas du tout) contient tous les outils graphiques que tu désires ? Car si c'est le cas, recoder un outil similaire et en plus te taper l'algorithme de conversion DICOM -> JPEG (ou equivalent) me semble un perte de temps. Le mieux serait d'appeler ImageJ à partir de ton application Qt, puis d'interagir avec pour récupérer les données qui t'intéressent, puis les traiter avec Qt.

Sinon, pour convertir les DICOM en un autre format, il doit bien exister des algos ou des petits softs de conversion. Tu pourrais également les appeler depuis ton appli Qt, puis afficher l'image convertie ( au lieu d'inclue l'algo en dur dans ton appli ).

Sinon, pour dessiner sur un QWidget, ce n'est pas forcément très intuitif au départ, mais c'est très puissant. La classe principale est QPainter, et tu as un petit exemple dans la FAQ.

Voila quelques idées en vrac,

Bonne chance

G.
25/05/2009, 17h28
Scorpe51

Salut Gulish!

Merci pour cette petite réponse qui permet de reprendre un peu de poil de la bête (eh oui les projets autonomes comme ça, les hauts et les bas ça vient vite...).

J'avais effectivement pensé à un outil de conversion et effectivement il semble plus judicieux d'externaliser la fonction. Moins de perte de temps comme tu dis, et grâce à la modularité des applications POO il est possible de rajouter ça plus tard...

Reste à trouver un format de niveaux de gris contenant la même profondeur (16-bits il me semble) sans pertes.

Je vais à nouveau jeter un oeil à QPainter. Il est donc possible, au mouvement, clic et relâchement de la souris uniquement dans mon widget image, de récupérer les coordonnées par rapport à l'image et d'y dessiner le segment en temps réel? Et ensuite, par exemple si je veux à nouveau reprendre ce segment et modifier ça taille en temps réel?

Après, une fois les coordonnées récupérées, l'intensité de signal est une autre affaire...
25/05/2009, 22h19
AlexandreP
Bonjour,

Concernant les fonctions de détourage, de dessin de profil, de tous ce qui touche à la partie "interface", Qt sera parfait.

Pour accéder au informations de type Dicom, il existe un projet qui est pas mal : gdcm (http://apps.sourceforge.net/mediawik...itle=Main_Page)

Pour le traitement, je te conseille la chose suivante :
1. Qt ne va pas gérer directement des images de 16bits de niveau de gris, même en utilisant le tiff. Il va donc falloir récupérer les données à partir du Dicom sous forme de tableau deux dimensions d'unsigned short au minimum.
2. Utiliser la classe QImage qui te permettra d'accéder à un format d'image 8bits et pixel par pixel pour créer une image affichable.
3. Utiliser cette image pour récupérer les coordonnées de pixels à traiter.
4. Faire les traitements sur le tableau d'unsigned short.
J'ai pas mal bosser dans l'imagerie médicale, et il vrai que ImageJ est dur à remplacer, mais reste quand même à moderniser...
26/05/2009, 08h35
Gulish

Citation:

Il est donc possible, au mouvement, clic et relâchement de la souris uniquement dans mon widget image, de récupérer les coordonnées par rapport à l'image et d'y dessiner le segment en temps réel? Et ensuite, par exemple si je veux à nouveau reprendre ce segment et modifier ça taille en temps réel?

Je réponds oui à tes 2 questions, et cela sans trop de travail.

Concernant la conversion d'image, je ne peux pas vraiment t'aider. Apres je pense que le mieux, comme l'a dit LeGars, sera de faire correspondre tes coordonnées récupérées via Qt aux valeurs réelles sur ton image DICOM (pour éviter l'éventuelle perte d'info durant la conversion).

Courage !

G.
26/05/2009, 10h20
Scorpe51

Merci à vous deux pour vos réponses qui m'éclairent :ccool:

Effectivement sans trop le vouloir j'avais déjà pour mon test en BMP un QPixmap pour l'affichage et un QImage pour le traitement. Du moins j'avais prévu...

Je vais donc procéder de cette façon mais en essayant de faire venir les données dicom pour le traitement!

LeGars, je vais regarder attentivement le lien que tu m'as passé, ça m'a l'air intéressant! Effectivement ImageJ c'est le pied pour tester toutes les procédures dont j'avais besoin. Cependant pour ensuite créer le programme qui réponde à mes besoins, sans en faire un petit plugin, là ça devenait... plus difficile. Après c'est subjectif ;).

---

Une autre question maintenant correspondant à un signal. En effet je dois avoir une dérivée d'un profil d'intensité qui me donne une courbe sous forme de trapèze. Cependant à cause de l'intensité d'origine, bruitée, la dérivée l'est aussi (et j'évite de trop tricher sur le lissage de l'intensité d'origine), on m'a conseillé d'appliquer un modèle trapézoïdal sur cette dérivée censée être un trapèze.

Quelqu'un a-t-il des notions sur ce sujet? Réussir à appliquer un modèle sur lequel ensuite baser mon calcul (largeur à mi-hauteur)...

Merci d'avance :)
26/05/2009, 15h24
Scorpe51

Dis voir, LeGars, je sais que ça va faire beaucoup mais... as-tu ajouté les includes de GDCM à Qt, via QtCreator ?

J'ai ajouté les includes, la librairie gdcm.dll, enlevé le fichier stdin.h spéficique à VS, et pourtant il me sort une belle erreur

Code:

main.cpp:16: undefined reference to `_imp___ZN4gdcm11ImageReaderC1Ev'

Une idée? Quelqu'un? :calim2:
26/05/2009, 15h27
Gulish

Et le .lib ?
26/05/2009, 15h45
AlexandreP

Les binaires fournis sont compilés pour Visual C++.
Il faut compiler soit même gdcm avec mingw pour que QtCreator (qui utilise lui aussi mingw) puisse bien linker le projet.

Heureusement pour nous, l'équipe de gdcm avait prévu le coup : utilisation via CMake pour générer les bons Makefile et le tour est joué...
26/05/2009, 16h32
Scorpe51

Merci messieurs pour votre aide :)

Ouhlala d'accord... Pardonnez-moi, j'ai un peu de mal... Et peu de connaissances restantes sur le sujet, je me suis arrêté il y a trois ans...

Hum, je veux pas avoir l'air de trop insister mais... aïe...

J'ai installé cmake... et réussi tant bien que mal à générer un petit makefile. Que j'ai traité grâce au "make" de mon mingw de qt creator.

Ah, le hic, dans mon dossier "bin", il me sort que des fichiers avec des "*.a". Des fichiers 'a' ?

J'avoue être un peu perdu.
26/05/2009, 16h35
AlexandreP

C'est que tout va bien!

Les fichiers .a sont l'équivalent des .lib pour le compilateur mingw... Mais là on sort un peu du sujet ;)
Maintenant tout est près : les .a, les includes, les dlls.
Après c'est tout pareil ;)

Mais... mais... :aie:

Okay. Bon, voici mon fichier pro:

Code:

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TARGET = DICOM_GDCM
CONFIG   += console
CONFIG   -= app_bundle
 
TEMPLATE = app
 
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmCommon.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmDICT.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmDSED.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmexpat.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmgetopt.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmIOD.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmjpeg8.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmjpeg12.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmjpeg16.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmMSFF.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmopenjpeg.a"
LIBS += "D:/gdcm_bin/bin/libgdcmzlib.a"
 
SOURCES += main.cpp
INCLUDEPATH = "C:/Program Files/GDCM 2.0/include/gdcm-2.0"

Et mon (petit) code:

Code:

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#include <QtCore/QCoreApplication>
#include "gdcmReader.h"
#include "gdcmImageReader.h"
#include "gdcmWriter.h"
#include "gdcmDataSet.h"
#include "gdcmAttribute.h"
 
//using namespace gdcm;
 
int main(int argc, char *argv[])
{
    QCoreApplication a(argc, argv);
 
    const char* filename = "dicom.ima";
 
    gdcm::ImageReader ir;
    /*ir.SetFileName(filename);
    if(!ir.Read())
    {
        return 1;
    }*/
 
 
    return a.exec();
}

J'ai même juste fait QUE construire un ImageReader. Alors là 8O...

Pourtant dans mon répertoire include il y a tous les .h...

Ahou... Alors je viens de tout enlever de mon fichier "pro". J'ai viré les LIBS, viré le INCLUDEPATH... Toujours la même erreur... C'est bizarre, non?

Essaie de spécifier les headers dans ton .pro :

Code:

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4
 
HEADERS += aaaa.h \
                  bbb.h \
                  ccc.h \

26/05/2009, 16h58
Scorpe51
Merci Gulish.

Voilà ce que ça donne:
Code:

1 2 3 4 WARNING: Failure to find: gdcmImageReader.h WARNING: Failure to find: gdcmReader.h WARNING: Failure to find: gdcmImageReader.h WARNING: Failure to find: gdcmReader.h
J'ai rajouté deux fichiers en-têtes, après avoir spécifié le INCLUDEPATH. Pourtant, ma synthaxe d'include est correcte? Guillemets doubles, etc... ?

Je comprends pas... Il m'avait pourtant sorti une erreur tout au début pour me dire que le type dans le constructeur n'était pas le bon... ça prouve qu'il avait trouvé quelque chose non?
26/05/2009, 17h10
Gulish

C'est pas très propre, mais tu peux toujours essayer de copier tes headers directement dans le dossier courant de ta compilation.

As tu bien recrée le makefile apres modif du .pro ? verifie dans ton makefile si l includepath est correct. Apres, si tout est inclus dans QtCreator (que je ne connais pas), il faut peut etre spécifier le chemin dans l IDE.

G.

Est ce qu'après le make, un "make install" a été effectué ? Sa permet déjà de se placer dans les meilleurs conditions...

Ensuite, je propose le fichier .pro suivant :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 TEMPLATE = app TARGET = DICOM_GDCM CONFIG += console LIBS += -L"C:/Program Files/GDCM 2.0/lib" LIBS += -lgdcmCommon -lgdcmDICT -lgdcmDSED -lgdcmexpat -lgdcmgetopt -lgdcmIOD -lgdcmjpeg8 -lgdcmjpeg12 -lgdcmjpeg16 -lgdcmMSFF -lgdcmopenjpeg -lgdcmzlib SOURCES += main.cpp INCLUDEPATH = "C:/Program Files/GDCM 2.0/include/gdcm-2.0"
Puis ne pas oublier de copier les dll dans le dossier de l'exe ;)

26/05/2009, 17h25
Scorpe51

Merci... mais je crois bien que je vais laisser refroidir pour ce soir... Il me sort la même erreur :roll:... Je vais (fraîchement) aborder ça demain...

Ouille. ça décoiffe ces erreurs là lol.

Merci de vous être penchés sur le sujet aujourd'hui ;).
26/05/2009, 17h43
Gulish

Tu as aussi les erreurs en copiant les headers dans le dossier ( cf mon dernier post). Parce que si c'est le cas, alors tu as fait une faute de frappe dans tes includes.

G.
02/06/2009, 13h23
Scorpe51

Ah mais oui !!

Messieurs bonjour !!

Je viens poster pour... annoncer la résolution de mon problème :D.

En effet j'étais parti sur autre chose, et je me suis dit, allez, réessayons...

En fait, je n'avais pas correctement créé les makefiles avec CMake, j'avais oublié le tag "BUILD_APPLICATION".

J'ai utilisé CMake en GUI. Sachant que je n'étais pas du tout familier avec ces compilations de librairies externes, il faut quand même s'y mettre pour trouver...

Et finalement, il m'a sorti des fichier DLL dans mon dossier bin, et... alléluia! Cependant, je dois toujours inclure le dossier contenant les sources (là où il y a tous les .h), et désactiver le stdin spécifique à Visual Studio.

Donc l'erreur que j'avais au début, c'est qu'il ne trouvait pas les contenu des classes (censés se trouver dans des .cxx ou .cpp ayant le même nom de classe je suppose)...

Bref, voici un sujet clos.

Maintenant je suis en train de lutter pour transformer une image dans un tableau d'unsigned short, en récupérer une deuxième en 8-bits que je puisse transformer en QImage pour l'afficher. Et des traitements comme le windowing et le contraste...