J'ai aussi Ubuntu sous Virtual Box.
C'est simple, les séquences sont comprises entre 2 amorces ^^ il a suffit de vérifier en un coup d'œil sur un alignement pour bien voir que toutes mes séquences ont été récupérée en entier. Si les extrémités n'avaient pas été conservées, j'aurais pu utiliser l'algorithme que m'a proposé Philou.
Voila, ce sujet est donc résolu et j'ai en plus appris plusieurs petites astuces pour au cas où le problème se poserait à nouveau. Merci beaucoup à vous deux.