False discovery rate

Bonjour à tous,

J'essaie de faire tourner un programme pour calculer le FDR, mais je ne comprends pas le message d'erreur qui sort, en sachant qu'avec un autre vecteur le programme fonctionne! le code est:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21

bh <- function(x, fdr) { thresh <- F; crit<-0; len<-length(x) answer <- array(len); first <- T; for(i in c(len:0)) { crit<-fdr*i/len; if (x[i] < crit || thresh == T) { answer[i]<-T thresh <- T if (first) { cat(i ,"genes selected at FDR =", fdr ,"\n") first = F; } } else { answer[i]<-F } } answer }

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le message d'erreur est :

Citation:

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Error in if (x[i] < crit || thresh == T) { :
missing value where TRUE/FALSE needed

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Merci d'avance

Bonjour,

À tous les coups c'est parce que les indices en R commencent à 1

Code:

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1 2 3

for(i in len:1) { # l'opérateur ":" est prioritaire sur tous les autres, inutile de protéger crit<-fdr*i/len; if (x[i] < crit | thresh) { # détails : 1 "|" suffit, tresh == TRUE est inutile puisque déjà un "vecteur" logique

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Une petite remarque : éviter T et F pour TRUE et FALSE.
Que se passerait-il si un petit malin s'amusait à faire (c'est tout à fait possible)

Code:

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1 2	T <- FALSE F <- TRUE

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alors que

Code:

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1 2 3

> TRUE <- FALSE Erreur dans TRUE <- FALSE : membre gauche de l'assignation (do_set) incorrect

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