Récupérer un fichier depuis un scan et l'envoyer sur un serveur

Bonjour à tous,
J'aimerais savoir si quelqu'un sait comment je pourrais faire pour récupérer un document scanné en fichier pdf et tout ceci à partir d'un scan (je ne connais pas encore le scanner que je vais utiliser). Je sais seulement qu'il y a FOP, iText et PDFBox qui manipulent les PDF... :? Quelqu'un aurait une idée sur quelle API je dois partir pour faire ce dont j'ai besoin ?
Et par la suite, il faut que j'envoie ce document pdf sur un serveur ftp spécifique (comme avec FileZilla par exemple), est-il possible de faire ça en Java ?
Si quelqu'un connaît une API permettant de faire cela, ce serait vraiment super !
Merci par avance pour vos réponses.

P.S. : Je travail en J2SE 6, faudrait-il passer en JEE ?

J'ai résolu le problème de récupération du document PDF. J'aimerais à présent pouvoir à partir de mon programme l'envoyer sur un serveur (comme avec un client FTP type FileZillla).
Quelqu'un aurait une idée à ce sujet ?

Merci.

Tu as lu ça ?

Merci. Je regarde ça.

Finalement, par contrainte de temps, je suis passé par Curl avec une requête HTTP et tout fonctionne ;-)
Merci à vous pour vos réponses.