Problème progra bioinfo.

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12/04/2009, 07h17
Cherisch

Problème progra bioinfo.

Bonjour,

je viens vous demander conseil parce que je doit réaliser un programme, permettant d'analyser des séquences au format fasta présente dans un fichier(télécharger du site NCBI),
et une fois différencier mettre les séquences dans des fichiers distincts. donc pour cela je pensais créer mes fichiers dans une boucle qui différencie le nom demander dans une expression régulière et qui par la suite permette de créer le bon fichier, pour ne pas qu'il se créé tous à chaque fois.

merci beaucoup.
12/04/2009, 12h57
MaliciaR

Salut et bienvenu,

C'est quoi exactement la question? :aie:
12/04/2009, 16h10
Cherisch

je voulais savoir si vous savier comment je peux créer un fichier dans une boucle et comment faire pour que ce fichier porte le nom que l'utilisateur soihait lui donner

Si je comprends bien, tu veux traiter des trucs et écrire les résultats dans un fichier dédié.
Ce n'est pas une bonne idée de créer le fichier dans la boucle, mais en-dehors. En fait, si tu le crées dans la boucle, il sera créé à chaque tour de boucle et à chaque tour de boucle tu écriras des trucs dedans, mais ils seront effacés au tour suivant... Ainsi, tu te retrouveras joyeusement avec un fichier contenant uniquement le résultat du dernier tour de boucle.

Donc, le mieux est que tu le fasses avant la boucle :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 open (MON_FICHIER_ADORE, ">> chemin/mon_fichier_adore.txt") or die ("Erreur lors de la création du fichier : $!\n"); while (1) { #ici, tu auras la condition d'exécution de ta boucle #instructions de la boucle; print MON_FICHIER_ADORE $_; } #fin du traitement, faut fermer le fichier : close MON_FICHIER_ADORE;
Quelques éclaircissements :
* en majuscule, c'est ce qu'on appelle le filehandle ou en français, le descripteur de fichier. C'est ce qui te permet de manipuler ton fichier. Pour libérer la ressource, faut le fermer lorsque tu n'as plus besoin de l'utiliser.
* les ">>" indiquent que tu demandes à ton script de faire les choses suivantes :
- créer un fichier;
- écrire dedans;
- écrire à la queleuleu : càd, que si je m'arrête à la boucle ici, j'aurai sauvegardé dedans tous les trucs dont j'ai besoin; si je l'utilise plus tard, dans une autre boucle, avec les mêmes ">>" dans le open, je vais écrire les résultats de la 2nde boucle à la suite de ceux de la 1re (je ne vais pas les écraser). Pour comprendre ça, fais le parallèle avec le ">" au lieu de ">>".
* les variables $! et $_ sont dites spéciales. Je te recommande, si tu ne les connais pas, de te documenter dessus. Il y a de nombreuses ressources sur ce site qui te permettront de le faire :)

J'espère que cela t'aide. N'hésite pas si tu as d'autres questions :)

12/04/2009, 20h29
Cherisch

non en faite ce que je souhaite faire c'est un programme qui lit les séquences et écrit chaque seq dans un fichier différent en fonction de c qui est cherché. c'est pour cela que j'avait pensé le mettre dans une boucle. par xemple j'ai des séquences pour 3 peuples mais je ne ve afficher que celle d'un seul peuple donc je ne créer donc qu'un seul fichier pour cette population et pas les 3 fichiers différents.

je sais je n'explique pas très bien je suis désolée

Si tu veux faire ça, tu dois faire des conditions, ça donnera grossièrement un truc du genre :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 while ( my $titre = <FICHIER_SEQUENCES> ) { #c'est là où sont stockées les séquences que tu souhaites trier if ( $titre =~ /peuple1/ ) { #le titre contient une expression régulière "peuple1" print FICHIER_PEUPLE1 $titre."\n"; } elsif ( $titre =~ /.../ ) { print FICHIER_PEUPLE2 $titre."\n"; } else { ... } }
Mais je répète : l'ouverture en écriture de ton fichier se fait avant le début de la boucle, pour les raisons que j'ai explicitées plus haut.
Donc, dans l'ordre : tu ouvres ton fichier contenant les séquences en lecture, le fichier qui contiendra tes séquences triées en écriture et tu fais la boucle avec les conditions. Dans l'expression régulière (le truc que j'ai indiqué /peuple1/ ), il faut que tu mettes une suite de caractères qui matchent une suite de caractères dans le titre de tes séquences souhaitées.

Tu veux juste les titres ou les séquences aussi? Quel est le format de tes titres? Quel est ton niveau en programmation en fait?

13/04/2009, 20h58
Cherisch

je voudrais les séquences ensuite,

mon fichier contenant les séquences sont au format fasta et après les avoir triés je les met a nouveau dans un fichier fasta.

sinon mon niveau en progra n'est pas très bon enfin disons surtout que je n'ai pas fait de perl depuis 6 mois donc je commence a oublier...

Citation:

non en faite ce que je souhaite faire c'est un programme qui lit les séquences et écrit chaque seq dans un fichier différent en fonction de c qui est cherché.

Lors de l'utilisation de fichiers fasta, il vaut mieux utiliser le module Bio::SeqIO

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::SeqIO;
 
 
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "file.txt", '-format' => 'Fasta');
 
# lecture séquence par séquence
# on récupère l'identifiant et la séquence en même temps
while ( my $seq = $in->next_seq()){
 
 
        # condition sur l'identifiant 
	if ($seq->primary_id =~ m/regexp1/){
            # fichier de sortie qui sera utiliser
            my $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">file_out.txt", '-format' => 'Fasta');
            # écriture de l'id et de la séquence en même temps
            $out->write_seq($seq);
        }
 
        # condition sur la séquence
        if ($seq->seq  =~ m/regexp2/){
            # fichier de sortie qui sera utiliser
            my $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">file_out2.txt", '-format' => 'Fasta');
            # écriture de l'id et de la séquence en même temps
            $out->write_seq($seq);     
	}
}

PS : si les fichiers de sortie doivent être créés dans le script, utilise le module FileHandle

19/04/2009, 17h04
Cherisch

Ok merci beaucoup

j'ai réussi a faire ce que je voulais avec votre aide:D
20/04/2009, 08h34
Jasmine80

Citation:

Envoyé par Cherisch

Ok merci beaucoup

j'ai réussi a faire ce que je voulais avec votre aide:D

Tant mieux, tu peux donc indiquer que ce sujet est résolu :).