IDE et structure des applications

Bonjour,

Mes applications Web ont toujours la structure suivante :
Répertoire du projet
------- www : racine du site avec les contenus « publics » (images, pdf etc.)
------- application : l’ensemble des fichiers de l’application
------- cadre de conception (e.g. codeigniter)

De cette manière aucun des fichiers de l’application n’est directement accessible sur le serveur et plusieurs applications peuvent partager le même cadre de conception.
Tout cela me convient très bien mais me pose problème au niveau de la création de projets dans les IDE (PhpEd, Netbeans etc.).

1. Si je crée le projet dans le répertoire racine du projet, alors l’IDE se met à scanner toutes les applications (ce que je ne souhaite pas) et, surtout, la prévisualisation pose souvent problème car elle doit passer par www.
   
2. Si je crée le projet dans le répertoire www, mais alors l’application n’y est pas intégré.
   
3. Si, comme je le fais le plus souvent, je crée le projet dans le répertoire application, alors je n’ai n’y la prévisualisation, ni l’auto-complétion des classes et fonctions du cadre de conception.

Je voulais donc vous demander si vous utilisez une structuration similaire à la mienne et, si oui, comment vous faites au niveau de la création des projets dans l’IDE de votre choix ?

Merci pour votre aide.