récupérer une séquence protéique par l' access number avec python

Bonjour ,

Comme le titre l'indique je voudrais récupérer une séquence protéique via un access number sur la base de donnée swissprot.
Quelqu' un saurait-il comment on s' y prend , la documentation la-dessus est vague ou trop compliqué et ça m'a l'air simple pourtant, ou alors je le fais en perl .:-P


Merci beaucoup

Je ne connais pas python et je travaille en Perl sur des séquences d'ADN en utilisant le module Bio-DB-Genbank, très simple à utiliser. Son équivalent protéique est Bio-DB-SwissProt et semble tout aussi simple.

Salut et bienvenu,

Voilà un pitit code biopython pour récupérer des fiches GenBank :

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

#!/usr/bin/python   #-*- coding: utf-8 -*-   from Bio import GenBank from Bio import SeqIO handle = GenBank.download_many(['1', '2', '3']) for seqrecord in SeqIO . parse (handle, "genbank" ) : print seqrecord.id, seqrecord.description [:50] + "..." print "Sequence length %i," %len ( seqrecord.seq ) print "%i features," %len ( seqrecord.features ) print "from: %s" %seqrecord.annotations ['source'] handle . close ()

---

Pour l'exécuter : dans ta console, tu fais

Code:

---

$ python mon_fichier.py

---

La sortie est sur l'écran.

Tu devrais juste l'adapter pour SwissProt ;) Le module est

Code:

---

from Bio.SwissProt import Sprot

---

EDIT : si tu n'es pas assez à l'aise en Python, fais-le en Perl. Je crois que ce sera plus simple et plus rapide.

Merci !!

un revenant :aie: