Matlab et varimax

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13/01/2009, 16h18
soeursourire

Matlab et varimax

Salut!

J'ai utilisé une ACP pour rechercher ce qui varie le plus dans mes images de 100x100pixels. Donc j'ai utilisé princomp sur une matrice de 3150 par 10000. J'obtiens donc COEFF, LATENT et SCORE. Maintenant j'aurais voulu faire une rotation varimax sur mes données. J'ai donc essayé ca:

Code:

COEFFnew = rotatefactors(COEFF);

Malheureusement j'ai ce message d'erreur:

Citation:

??? Error using ==> svd
Input to SVD must not contain NaN or Inf.

Error in ==> rotatefactors>orthomax at 205
[L, D, M] = svd(A' * (d*B.^3 - gamma*B * diag(sum(B.^2))));

Error in ==> rotatefactors at 152
[B, T] = orthomax(A, 1, normalize, reltol, maxit);

Est-ce que je fais quelque chose de faux? Comment puis-je résoudre ce problème?
Merci d'avance pour votre aide
13/01/2009, 16h23
Caro-Line

Le message indique juste qu'il y a des NaN ou des Inf dans le calcul fait par SVD.
C'est donc que ta matrice d'entrée COEFF ne doit pas être "normale".
A quoi ressemble-t-elle ?
Y aurait-il des données inconnues (NaN ou Inf) dedans ?
13/01/2009, 16h27
soeursourire
Ben pourtant non a priori:
COEFF est une matrice de 10000x3149 (la sortie de princomp)
et si je fais:
Code:

1 2 X=find(isnan(COEFF(:))==1); Y=find(isinf(COEFF(:))==1);
X et Y sont vides donc il ne devrait pas y avoir de NaN ni de Inf...
13/01/2009, 16h33
Caro-Line

Comme c'est l'entrée de SVD qui pose problème il faudrait que tu fasses les calculs en pas à pas pour voir à quel moment ça dégénère.
Soit tu le fais en mode debug, soit tu écris en ligne de commande chaque ligne de la fonction ROTATEFACTORS pour voir où ça coince.
13/01/2009, 16h34
Jerome Briot
Citation:
Envoyé par soeursourire

Code:

1 2 X=find(isnan(COEFF(:))==1); Y=find(isinf(COEFF(:))==1);
A noter que le test s'effectue plus proprement comme ceci :
Code:

1 2 X = any(isnan(COEFF(:))); Y = any(isinf(COEFF(:)));
13/01/2009, 16h54
soeursourire
Si j'essaye sur une matrice aléatoire de la meme taille j'ai un problème de mémoire vous croyez que mon problème pourrait venir de la taille de ma matrice?
Code:

1 2 C=rand(10000,3149); Cb=rotatefactors(C);
Citation:

??? Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.

Error in ==> rotatefactors>orthomax at 205
[L, D, M] = svd(A' * (d*B.^3 - gamma*B * diag(sum(B.^2))));

Error in ==> rotatefactors at 152
[B, T] = orthomax(A, 1, normalize, reltol, maxit);
13/01/2009, 17h07
soeursourire
En faisant:
Code:

1 2 X = any(isnan(COEFFs(:))); Y = any(isinf(COEFFs(:)));
X=0 et Y=0
13/01/2009, 17h14
Jerome Briot
Pour le Out of Memory, c'est un problème différent du premier.
Mais effectivement, il va certainement falloir s'en occuper en priorité => Out of memory. Type HELP MEMORY for your options

Je ne sais pas si ça a une quelconque influence mais dans ton premier message, tu parles d'une matrice 3150x10000 et ensuite, tu testes avec une 10000x3150... à regarder
Citation:
Envoyé par soeursourire

En faisant:

Code:

1 2 X = any(isnan(COEFFs(:))); Y = any(isinf(COEFFs(:)));

X=0 et Y=0
Je ne disais pas que le principe de ton code de test était faux, mais juste qu'il existait plus simple.
14/01/2009, 12h00
soeursourire

Oki merci.
J'ai reussi à faire une rotation varimax (seulement sur les 23 premieres composantes) avec la fonction doVarimax de la ERP PCA toolbox.
J'aurais une petite question... Si j'obtiens avec ma PCA les scores et les loadings est-ce normal qu'on fasse une rotation sur les loadings mais pas sur les scores? Ils devraient changer aussi non?
14/01/2009, 12h20
Jerome Briot

Citation:

Envoyé par soeursourire

J'aurais une petite question... Si j'obtiens avec ma PCA les scores et les loadings est-ce normal qu'on fasse une rotation sur les loadings mais pas sur les scores? Ils devraient changer aussi non?

Tu obtiendra plus de réponse dans le forum Algo.
N'hésite pas à y ouvrir une nouvelle discussion (en mettant un lien vers celle-ci) avec titre parlant.

Citation:

Envoyé par soeursourire

la ERP PCA toolbox.

Où as-tu trouvé cette toolbox ?
14/01/2009, 12h43
soeursourire

Cette dernière question c'est plutot des statistiques en fait pas de l'algo a mon avis..

Un ami m'a conseillé cette toolkit voici le lien:
http://sourceforge.net/projects/erppcatoolkit/
15/01/2009, 15h53
soeursourire
C'est re-moi... J'ai beau essayé d'arranger la fonction doPCA de cette toolbox pour éviter les problèmes de mémoires (en changeant des double en single par exemple) j'ai d'autres problèmes comme un résultat " no rotation occured".

Sinon je me demandais si je ne devrais pas utiliser princomp pour faire ma PCA et obtenir ainsi les loadings (COEFF) et les scores (SCORE) et ensuite utiliser la fonction rotatefactors de Matlab pour faire une rotation varimax... mais dans ce cas est-ce que je dois faire cette rotation sur COEFF ET sur SCORE pour que ce soit juste?
Code:

1 2 COEFFrot = rotatefactors(COEFF); SCORErot = rotatefactors(SCORE);
15/01/2009, 16h17
Jerome Briot

Citation:

Envoyé par soeursourire

Cette dernière question c'est plutot des statistiques en fait pas de l'algo a mon avis..

Il y a un sous-forum Mathématiques dans le forum Algorithme, je pense sincèrement que tu devrais aller y exposer ton problème ;)
15/01/2009, 16h32
soeursourire

Oki merci j'y vais de ce pas.:)