perl et invite de commande

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29/10/2008, 08h49
Jasmine80

perl et invite de commande

Bonjour,

Je suis sous Windows. J'ai un fichier et j'aimerais effectuer cette commande
formatdb -p F -i P:/chemin/fichiers.fa -n P:/chemin/NomBLASTdb
L'ennui est que je dois effectuer cette commande dans
C:\BLAST\bin>

J'ai essayé d'utiliser 'exec' mais je ne sais pas comment indiqué le répertoire où effectuer cette commande.
Dois-je utiliser un module, une variable changeant le répertoire de travail? par défaut perl utilisera le répertoire où se situe le prorgamme.pl, dois-je remplacer ce chemin par C:\BLAST\bin>?

Merci pour votre aide,
29/10/2008, 09h25
stoyak
En effet, pour blast ou clustalw, il faut que la commande soit exécutée depuis le répertoire 'bin'. Or, par défaut, ton script s'exécute dans ton répertoire de travail.
Tu peux donc utiliser la commande chdir pour te placer de manière temporaire dans ton bin.
Code:

1 2 3 my $path_bin = "C:/BLAST/bin"; chdir($path_bin);
Tu peux ensuite exécuter ton code pour formater tes séquences. Une fois fini, tu ré-utilises chdir pour retourner à ton programme principal.

Code:

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my $path = "P:/Theorie/strainsDB/";
my $fasta_file= "strains_seq.fa";
my $blastDB_file = "strains_BlastDB";
 
my $path_bin = "C:/BLAST/bin";
chdir($path_bin);
 
exec("formatdb -p F -i $path"."$fasta_file -n $path"."$blastDB_file")   or die "$!";

Génial, ça fonctionne merci beaucoup. Est-il nécessaire de réinitialiser chdir?

Code:

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#----------------- BLAST_ITS.pl
 
use strict;
use warnings;
use Time::localtime;
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
 
my $start= ctime();
 
my $path = 'P:/Theorie/strainsDB/';
my $fasta_file= 'strains_seq.fa';
my $blastDB_file = 'strains_BlastDB';
 
my $path_bin = 'C:/BLAST/bin';
chdir($path_bin); 
exec("formatdb -p F -i $path"."$fasta_file -n $path"."$blastDB_file")   or warn "$!";
 
my $path_work = 'P:/Perl/script2/Pierre_Alain';
chdir($path_work);
 
print "OK\n";
 
sleep(1000);
 
my $input = Bio::Seq->new(-id=>'input_seq',-seq=>"TGGTGTTGGGCGTTTTTTTGTCTTGCTGCAAGCAAGACTCGCCTTAAAACGATTGGCAGCCGGCCTACTGGTTTCGGAGCGCAGCACATTTTTTGCGCTTGCAACCAGCAAAAGAGGTTGGCGATC");
my $output_file = 'Test_ITS.blast';
my @params = ('program' => 'blastn' , 'database' => $path.$blastDB_file );
my $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(@params);
$factory->outfile($path.$output_file);
$factory->executable('blastall', 'C:/BLAST/bin/blastall.exe');
my $bl2seq_report = $factory->blastall($input);
 
my $end = ctime();
 
print "$start\t$end\n";

Le problème est que le programme crée bien les fichiers pour la base de données Blast mais ensuite, il semble s'arrêter. Ni les print, ni le sleep ne fonctionne :(.

Si je supprime la partie créant les fichiers (tout en laissant les fichiers créés lors de l'exécution précédente.)
Code:

1 2 3 4 5 6 my $path_bin = 'C:/BLAST/bin'; chdir($path_bin); exec("formatdb -p F -i $path"."$fasta_file -n $path"."$blastDB_file") or warn "$!"; my $path_work = 'P:/Perl/script2/Pierre_Alain'; chdir($path_work);
Le code s'effectue jusqu'à la fin et j'obtiens bien le résultat du Blast dans le fichier Test_ITS.blast

Merci pour votre aide,

29/10/2008, 11h31
djibril

sache que exec arrete le script. Utilise plutot system
29/10/2008, 11h53
Jasmine80

Ah voila donc le problème, je pensais que system ne devait être utilisé que quand on voulait un retour d'informations à l'écran. Merci pour votre aide à tous les 2.
13/11/2008, 08h48
Jasmine80

Ce message pour faire remarquer à ceux qui s'inspireraient de ce code que c'est un and et non un or à utiliser.

Code:

system("formatdb -p F -i $path"."$fasta_file -n $path"."$blastDB_file") and warn "$!";

Citation:

Envoyé par jedai

system() renvoie 0 quand il réussit, le code d'erreur quand il échoue, comme sous le shell, contrairement aux commandes Perl habituelles (qui renvoie 0 si elles échouent), l'idiome "... or warn/die ...;" est donc inapproprié, il faut utiliser and à la place de or.