[Débutant] Télécharger une ressource hors de son projet

Je vois trois problèmes avec votre méthode. (Ne vous inquiétez pas, vous débutez, c'est normal.)
1. Votre programme serveur WEB (Tomcat, Apache, JBoss ou autre...) interprète probablement l'adresse :
http:\\monhote:port\monAppli\chemin\du\repertoire\sur\mon\serveur\
De la façon suivante :
<dossier d'installation de votre appli web>\chemin\du\repertoire\sur\mon\serveur\
et non :
C:\chemin\du\repertoire\sur\mon\serveur\
En fait, en mettant /chemin/du/repertoire/sur/mon/serveur/
dans l'url, vous donnez une information sur votre serveur à un pirate éventuel. (Un pirate qui saurait exploiter cette information n'en aurait probablement pas besoin, mais autant leur compliquer la vie.)

2. Que se passe-t-il si on uploade deux fichiers différents, mais portant le même nom ?

3. Est-ce que tous les utilisateurs ont le droit d'accès à tous les fichiers? Que se passe-t-il si un comique s'amuse à changer le nom de fichier directement dans la barre d'adresse?

Je vous recommande donc une autre solution.
Premièrement, quand un utilisateur charge un fichier vers votre serveur, enregistrez le dans votre répertoire avec un nom que vous générez vous même, de façon à ce que deux fichiers ne puissent pas avoir le même nom. Assurez vous de pouvoir retrouver la correspondance nom généré --> nom d'origine, soit en enregistrant les noms dans une base de donner, soit en incluant le nom d'origine dans le nom généré. Par exemple, conservez un compteur que vous incrémentez de un à chaque fichier, et prenez <valeur du compteur>_nom d'origne comme nom de fichier.

Deuxièmement, créez une servlet ou une action Struts (je ne sais pas si c'est faisable avec Struts) qui renvoie en sortie non du texte, mais un flux binaire, et qui prenne en paramètre le nom généré d'un fichier. Quand elle est appelée, elle vérifie qu'un fichier portant ce nom existe et que l'utilisateur en cours à le droit d'y accéder s'il y a lieur. Si c'est le cas, elle envoie en sortie le fichier, en le lisant byte par byte et en le renvoyant sur sa sortie. Sinon, redirection vers un message d'erreur. Grâce à elle, on peut télécharger le fichier.

Troisièmement, modifiez la page qui affiche la liste des fichier. Les liens ne sont plus :
<a href="/chemin/du/repertoire/sur/mon/serveur/MonFichier.csv"/>
mais
<a href="/servletOuActionTelechargement?nomFichier=nom GENERE du fichier">nom d'ORGINE du fichier</a>

Ca fait plus de boulot, mais ça marche.

Quelques subtilités. Attention, ici, je pinaille, vous êtes prévenu.
1. Si vous utilisez la solution générant un nom de fichier avec un compteur, méfiez vous de la possibilité que deux utilisateurs y accèdent en même temps. En effet, le serveur exécute les requêtes simultanément sur plusieurs threads (si vous ne savez pas ce que c'est, vous êtes bon pour lire les tutoriaux). Et l'utilisation du compteur s'effectue en deux étapes : ajouter 1, et lire sa valeur pour générer le nouveau nom. Si le serveur change de client entre les deux étapes, ils peuvent se retrouver avec la même valeur! Il faut donc utiliser le mot clé synchronized pour empêcher ça.
2. Si vous ajoutez le nom d'origine du fichier à la fin du nom généré, vérifier qu'il ne contient pas de caractères interdits par votre système de fichier. Il y a des comiques qui sont capables de vous envoyer un fichier dont le nom contient des "\"...
3. Un petit scan antivirus sur tous les fichiers qu'on vous envoie, ce n'est pas plus mal, et attention aux bombes de décompression!
Eh oui, tous ce qui vient de l'extérieur est suspect, et pas seulement pour M. Hortefeux.

Petit coup de pouce : pour renvoyer des données binaires depuis une servlet, utilisez response.getOutputStream().write.

Bon courage.