séquence à modifier

Voici la solution que j'ai trouvé mais cela ne me parait pas terrible, je me demande si il n'y a pas moyen de mieux faire avec des expressions régulières.

Code:

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use strict;
use warnings;
 
my $seq = 'ATgcTGtC';
my $seq_ali = 'ATG..CTGT.C';
my $seq_ali_modif = "";
 
my @a_seq_ali = split (//, $seq_ali);
my @a_seq = split (//, $seq);
 
my $j = 0;
 
foreach my $nuc (@a_seq_ali){
    if($nuc !~ /\./){
        print "$nuc\t$a_seq[$j]\n";
        if($a_seq[$j] !~ /$nuc/i){
            print "ERREUR\n";
        }
        else{
            $seq_ali_modif .= $a_seq[$j];
        }
        $j++;
    }
    else{
        $seq_ali_modif .= '.';
    }
}
 
print $seq_ali_modif ."\n";
# ATg..cTGt.C

Avec une expression régulière dans ce genre

Code:

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my ($sous_seq, $reste) = ($seq_ali =~ /^([a-z]+)\.(.*)$/i);
# on récupère la première partie avant le point
if ($seq =~ /($sous_seq)(.*)$/i){
    $seq_ali_modif = $1.$reste;
    # on place les minuscules
}

Merci pour vos conseils,