Vérifier l'existence d'un accession Bio::DB::GenBank
Bonjour,
J'aimerais savoir comment faire afin d'éviter que mon programme s'arrête dès qu'il rencontre un accession erroné.
Code:
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| use strict;
use warnings;
use Bio::DB::GenBank;
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
foreach my $acc ('acc_error', 'X53228'){
my $seq = $gb->get_Seq_by_acc($acc);
if($seq == 0){
print "erreur pour $acc\n";
}
else{
my $description = $seq->desc();
print "Acc = $acc\nDescription = $description\n";
}
} |
le script s'arrête et j'obtiens l'erreur
Citation:
------------- EXCEPTION -------------
MSG: acc acc_error does not exist
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:181
STACK toplevel P:\Perl\scripts\INTERR~1\RECHER~1\GET_SE~1.PL:23
--------------------------------------
Savez-vous quel test effectuer afin de vérifier que l'acc existe et ainsi passer à la suite de la liste sans que le programme ne plante?
Merci,
