Problème de format avec ClustalW
Bonjour,
J'utilise le module use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw et j'obtiens des fichiers de sortie sous le format msf alors que j'aimerais du fasta.
Je règle pourtant correctement les paramètres
Code:
my @params = ('ktuple' => 4, 'type' => 'dna', 'outfile' => $path.'.fsa', -format => 'Fasta');
Le fichier de sortie porte bien l'extension .fsa mais est écrit comme un msf
Citation:
PileUp
MSF: 1555 Type: N Check: 3105 ..
Name: Bacillus_cereus_AF293851 oo Len: 1555 Check: 7484 Weight: 11.8
Name: Bacillus_cereus_AF267900 oo Len: 1555 Check: 6922 Weight: 38.1
Name: Bacillus_cereus_EU624208 oo Len: 1555 Check: 8699 Weight: 50.0
//
Bacillus_cereus_AF293851 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_AF267900 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_EU624208 CTCAGGATGA ACGCTGGCGG CGTGCCTAAT ACATGCAAGT CGAGCGAACG
Bacillus_cereus_AF293851 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_AF267900 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_EU624208 GATTAAGAGC TTGCTCTTAA GAAGTTAGCG GCGGACGGGT GAGTAACACG
Bacillus_cereus_AF293851 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_AF267900 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_EU624208 TGGGTAACCT GCCCATAAGA CTGGGATAAC TCCGGGAAAC CGGGGCTAAT
Alors que je voudrais
Citation:
>Bacillus_cereus_AF293851
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
-------------------------------ACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTT
GTAACACCCGAAGTCGGTGGGGTAACCTTTTTGGAGCCAGCCGCCTAAGGTGGGACAGAT
GATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTT
...
>Bacillus_cereus_AF267900
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
---ATGGAGAATTGATG----AACGCTGT-TCATCAATA-AAGTTTCCGTGTTTCGTTTT
GTTCAGTTTTGAGAGAACTATC
...
Avez-vous une idée?
Merci pour votre aide.