Problème de migration de données de MS SQL Server vers MySQL

Voilà, je débute dans le développement : j’ai commencé à apprendre les bases de données avec MS SQL-Serveur avec des applications en C#. Avec ces outils, j’ai construit ma première base de données.
Maintenant, je suis passé sur des applications Web en PHP avec base de données MySQL. Possédant un serveur web acceptant MySQL, je souhaite transférer ma base sur ce serveur.
Pour effectuer ma migration, j’utilise MySQL Migration Toolkit. La structure de la base est bien récupérée, le souci vient plutôt du fait que je ne récupère pas identiquement les données : tous les accents (é, è, ê, ô …) sont transformés en point d’interrogation ou autres carrés.
J’ai essayé de modifier les paramètres par défaut lors de la migration : utf8_unicode_ci, utf8_general_ci, latin1 … sans succès.
J'ai cherché un peu partout, je n'ai pas trouvé de cas similaire, comment dois-je procéder ?

Dommage que la solution n'est pas été écrite :(