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CC=g++ -g
CFLAGS=-Wall -ansi -g -D _DEBUG
LDFLAGS=-Wall -ansi -g -D _DEBUG
EXEC=oxy-genes
TOOLS_DIR=./src/tools/
LIB_EXSTRM=$(TOOLS_DIR)libexecstream/
LIB_TINYXML=$(TOOLS_DIR)tinyxml/
LIB_XML=$(TOOLS_DIR)xmlLight/
SRCDIR= ./src/
BUILDDIR =./build/
DEBUGDIR=./debug/
DEFS := -D TIXML_USE_STL
all: $(EXEC)
oxy-genes: oxygene.o GeneBankGenome.o AnnotatedGene.o DNASequenceTool.o GeneBankFIleReader.o exec-stream.o WapamLauncher.o xmlLight.o OutWapamParser.o XMLParser.o toolsKit.o ProteinSignature.o SignatureDefinitionParser.o FoundGene.o MotifSignatureSearcher.o ConfigData.o GeneAnnotationTool.o OutputWriter.o FastaPerser.o Sequence.o
$(CC) -o $(DEBUGDIR)Oxy-genes $(BUILDDIR)oxygene.o $(BUILDDIR)GeneBankGenome.o $(BUILDDIR)AnnotatedGene.o $(BUILDDIR)DNASequenceTool.o $(BUILDDIR)GeneBankFIleReader.o $(BUILDDIR)exec-stream.o $(BUILDDIR)WapamLauncher.o $(BUILDDIR)xmlLight.o $(BUILDDIR)OutWapamParser.o $(BUILDDIR)XMLParser.o $(BUILDDIR)toolsKit.o $(BUILDDIR)ProteinSignature.o $(BUILDDIR)SignatureDefinitionParser.o $(BUILDDIR)FoundGene.o $(BUILDDIR)MotifSignatureSearcher.o $(BUILDDIR)ConfigData.o $(BUILDDIR)GeneAnnotationTool.o $(BUILDDIR)OutputWriter.o $(BUILDDIR)FastaPerser.o $(BUILDDIR)Sequence.o $(LDFLAGS)
#############################################################################################
#Compilation de Oxy-Genes
#############################################################################################
OutputWriter.o:$(SRCDIR)OutputWriter.cpp $(SRCDIR)OutputWriter.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)OutputWriter.o -c $(SRCDIR)OutputWriter.cpp $(CFLAGS)
ConfigData.o:$(SRCDIR)ConfigData.cpp $(SRCDIR)ConfigData.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)ConfigData.o -c $(SRCDIR)ConfigData.cpp $(CFLAGS)
MotifSignatureSearcher.o:$(SRCDIR)MotifSignatureSearcher.cpp $(SRCDIR)MotifSignatureSearcher.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)MotifSignatureSearcher.o -c $(SRCDIR)MotifSignatureSearcher.cpp $(CFLAGS)
FoundGene.o :$(SRCDIR)FoundGene.cpp $(SRCDIR)FoundGene.h $(SRCDIR)AnnotatedGene.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)FoundGene.o -c $(SRCDIR)FoundGene.cpp $(CFLAGS)
SignatureDefinitionParser.o:$(SRCDIR)SignatureDefinitionParser.cpp $(SRCDIR)SignatureDefinitionParser.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)SignatureDefinitionParser.o -c $(SRCDIR)SignatureDefinitionParser.cpp $(CFLAGS)
ProteinSignature.o:$(SRCDIR)ProteinSignature.cpp $(SRCDIR)ProteinSignature.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)ProteinSignature.o -c $(SRCDIR)ProteinSignature.cpp $(CFLAGS)
OutWapamParser.o:$(SRCDIR)OutWapamParser.cpp $(SRCDIR)OutWapamParser.h $(SRCDIR)XMLParser.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)OutWapamParser.o -c $(SRCDIR)OutWapamParser.cpp $(CFLAGS)
XMLParser.o:$(SRCDIR)XMLParser.h $(SRCDIR)XMLParser.cpp $(LIB_XML)XML_Light.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)XMLParser.o -c $(SRCDIR)XMLParser.cpp $(CFLAGS)
WapamLauncher.o:$(SRCDIR)WapamLauncher.cpp $(SRCDIR)WapamLauncher.h $(LIB_EXSTRM)/exec-stream.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)WapamLauncher.o -c $(SRCDIR)WapamLauncher.cpp $(CFLAGS)
GeneBankFIleReader.o: $(SRCDIR)GeneBankFIleReader.cpp $(SRCDIR)GeneBankFIleReader.h $(SRCDIR)defGenBankParser.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)GeneBankFIleReader.o -c $(SRCDIR)GeneBankFIleReader.cpp $(CFLAGS)
GeneBankGenome.o: $(SRCDIR)GeneBankGenome.cpp $(SRCDIR)GeneBankGenome.h $(SRCDIR)AnnotatedGene.h $(SRCDIR)DNASequenceTool.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)GeneBankGenome.o -c $(SRCDIR)GeneBankGenome.cpp $(CFLAGS)
DNASequenceTool.o: $(SRCDIR)DNASequenceTool.cpp $(SRCDIR)DNASequenceTool.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)DNASequenceTool.o -c $(SRCDIR)DNASequenceTool.cpp $(CFLAGS)
toolsKit.o: $(SRCDIR)toolsKit.cpp $(SRCDIR)toolsKit.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)toolsKit.o -c $(SRCDIR)toolsKit.cpp $(CFLAGS)
AnnotatedGene.o: $(SRCDIR)AnnotatedGene.cpp $(SRCDIR)AnnotatedGene.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)AnnotatedGene.o -c $(SRCDIR)AnnotatedGene.cpp $(CFLAGS)
GeneAnnotationTool.o: $(SRCDIR)GeneAnnotationTool.cpp $(SRCDIR)GeneAnnotationTool.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)GeneAnnotationTool.o -c $(SRCDIR)GeneAnnotationTool.cpp $(CFLAGS)
oxygene.o: $(SRCDIR)Oxygene.cpp $(SRCDIR)GeneBankGenome.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)oxygene.o -c $(SRCDIR)Oxygene.cpp $(CFLAGS)
FastaParser.o: $(SRCDIR)FastaParser.cpp $(SRCDIR)FastaParser.h
$(CC) -o $(BUILDDIR)FastaParser.o $(SRCDIR)FastaParser.cpp $(CFLAGS)
Sequence.o: $(SRCDIR)Sequence.cpp $(SRCDIR)Sequence.h
$(CC) -o $(BUILDIR)Sequence.o
#############################################################################################
#Compilation de la librairie exec-stream
#############################################################################################
exec-stream.o : $(LIB_EXSTRM)/exec-stream.cpp $(LIB_EXSTRM)/exec-stream.h $(LIB_EXSTRM)/posix/exec-stream-helpers.h $(LIB_EXSTRM)/posix/exec-stream-helpers.cpp $(LIB_EXSTRM)/posix/exec-stream-impl.cpp
$(CC) -c -o $(BUILDDIR)/exec-stream.o $(LIB_EXSTRM)/exec-stream.cpp $(CFLAGS)
#############################################################################################
#Compilation de la librairie XML
#############################################################################################
xmlLight.o: $(LIB_XML)XML_Light.cpp $(LIB_XML)XML_Light.h
$(CC) -c -o $(BUILDDIR)/xmlLight.o $(LIB_XML)XML_Light.cpp $(CFLAGS)
clean:
rm -rf *.o |
