aide d urgence svp

salut,
j ai une list de Accession Numbers, comme ca:
IPI654437
IPI998672
IPI453535
....
ce que je veux c es un programm qui verifie si ils sont vraiment dans le IPI-Human FÁSTA file, ce fasta file il es comme ca:
>IPI:IPI654437.1|gi|8768767 chromatin hsp
AAAFFDGGTRUZZZ(la sequence koi)....
>IPI:IPIXXXXX.1|.....etc
, et si oui copier moi ceci avec tous ce qui lui appartient
dans le genre >IPI:IPI... dans un nouvea FASTA file
ca serai super les mecs.
thx

Nous ne sommes pas là pour faire ton script à ta place.
Les forumeurs ne sont pas là à ton service, mais juste pour t'aider. Alors bouge toi les pouces et les méninges. Propose un code propre et on essayera de t'aider si nécessaire.
voilà

ok ok , sorry,
bon voile le code que j ai ;
use Bio::SeqIO;

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40

my $acc_file = "C:/Dokumente und Einstellungen/outaleb/Desktop/Perl/Peptide.txt"; my $fasta_file_in = "C:/Dokumente und Einstellungen/outaleb/Desktop/Perl/FASTA1.fasta"; my $fasta_file_out = "C:/Dokumente und Einstellungen/outaleb/Desktop/Perl/FASTA3.fasta";   # Use a hash to keep a record of accessions we want to find my %hash_of_req_acc;   # read all the required accessions from the file into the hash as keys open (ACC_FILE, $acc_file) or die "Couldn't open file: $!\n"; while (<ACC_FILE>) { my $line = $_; chomp $line; $hash_of_req_acc{$_} = 1; } #my $key; #foreach $key ( keys %hash_of_req_acc){ #print $key." = ".$hash_of_req_acc{$key}."\n" ; #}   close ACC_FILE;   my $seqio_object_in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file_in, -format => 'fasta' ); my $seqio_object_out = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file_out, -format => 'fasta' );   # loop through all the sequences in the fasta file while (my $seq_object = $seqio_object_in->next_seq) { # get the sequence accession for easy matching my $seq_acc = $seq_object->accession_number;   # write the sequence object to the output fasta file if we have a #matching accession $seqio_object_out->write_seq($seq_object) if exists $hash_of_req_acc{$seq_acc}; }

---

le problem qu il trouve rien et iapparai pas d erreur; mais il donne rien meme si les nummero y sont dans le fasta file que j ai.
le fasta file es comme ca: sont des centaines

>IPI:IPI00453473.1|REFSEQ_XP:XP_168060 Tax_Id=9606 similar to NOD3 protein
DDHHHU...
>IPI:IPI00177321.1|REFSEQ_XP:XP_168060 Tax_Id=9606 similar to NOD3 protein
DDHHHU..
>IPI:IPI00027547.1|REFSEQ_XP:XP_168060 Tax_Id=9606 similar to NOD3 protein
MMMMM..

et lesAccnumero dont je cherche sont comme ca:
IPI00177321
IPI00453473

ce que je veux qu il verifie qu il sont la et les copier a un nouveau fasta file avec ses description et sequences.
merci et desoler pour tt

Fais quelques print() des données importantes pour vérifier si elles correspondent bien à tes attentes. Le script a l'air correct, mais il y a sans doute un petit problème avec les données.

--
Jedaï

le problem c es que j arrive pas a restricter le AccNum, je veux dire les Numerro que j ai dans la list et ceux dans le fasta file, si je donne

Code:

---

1 2 3 4 5 6

while ( my $seq_obj = $in->next_seq() ) {   my $test = $seq_obj->display_id(),"\n"; #si j utilise accession_number ca donne rien la trouve po:-( print $test,"\n"; }

---

ca donne
IPI:IPI004534739.1|REFSEQ_XP:XP_168060 Tax_Id=9606
IPI:IPI00177321.1|REFSEQ_XP:XP_168060 Tax_Id=9606
IPI:IPI00027547.1|REFSEQ_XP:XP_168060 Tax_Id=9606

et c ca le problem, il fau une nouvelle definition pour le Acession_number function peut etre?? a l aideeeeeeeee
si non la sequence il la donne juste

la c'est juste un problème d'expressions régulières ...

regarde donc l'opérateur =~

merci mais ca maide pas beaucoup ca;
je pense qu on peut le faire avec id_parser() methode;
mais comment????
aller les experts aider moi svp;
thx for all.