Gagner de l'espace mémoire

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Envoyé par tourlourou

je viens de regarder le 1° algo : si j'ai bien compris, il crée une matrice score de 10000*10000 soit 400 Mo si ce sont des entiers (d'ailleurs, il suffit sûrement de Byte), puis une seconde pour les alignements.

pour le second, trop obscur !!!

tu veux comparer des séquences d'ADN ?
quel est le principe ?

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oui je fais la comparaison de deux séquences d'ADN de longueur identiques!
c'est un algorithme qui s'apuie sur le principe du Primal Dual, version amélioré par Hwang et Guo. qui s'appuit sur la recherches des paires d'identé entre les deux séquences et les classer dans des chaines(classes), tout en faisant des remplaacement des colones durant la recherche pour exploiter le maximum de positions sur les deux séquences.